나미지 중학교가 폐교되어 육지에 있는 미하마 중학교로 전학을 가게 된 바다 마을 친구들은 첫날부터 육지 친구들과 서로 신경전을 벌인다. 하루는 마나카가 울면서 교실을 뛰쳐나가 숲에서 넘어지며 정신을 잃는다.

우로코의 저주가 풀려 마나카의 무릎에 있던 물고기가 사라졌는데도 있는 척 츠무구에게 거짓말을 한다. 얼떨결에 배 끌기 여신 님을 만들기에 참가한 히카리는 불평만 늘어놓는다.

아카리가 육지 남자를 만난다는 것에 화가 난 히카리는 그 남자를 찾아가 주먹부터 휘두르려 한다. 아카리와 결혼할 거냐고 묻는 대답에 곤란해하자 주먹을 날렸는데 츠무구의 할아버지에게 저지당하며 기절한다.

여사 님이 망가진 걸 보고 히카리는 비린내 난다고 놀리는 반 친구들이 범인이라 오해한다. 오해가 풀리자, 마나카는 자기도 함께 반 친구들에게 사과해 주겠다며 히카리를 지켜주겠다고 말한다.

아카리는 이타루를 만나 헤어지자고 말하고 미우나에게도 눈앞에서 사라지겠다고 말한다. 갑자기 미우나가 없어졌다는 아카리의 전화를 받은 히카리는 육지로 올라가 친구들과 함께 미우나를 찾아 나선다.

히카리를 향한 치사키의 마음을 의식한 마나카는 자꾸 치사키의 눈치를 본다. 그런 마나카가 더 불편해진 치사키는 먼저 집에 가버리고 속상한 마나카는 혼자 걸어오다 츠무구를 만나 조언을 듣는다.

여사 님을 완성한 아이들은 취소되었던 배 끌기를 하자고 제안한다. 하지만 배 끌기 재개를 위해 만난 자리에서 바다 마을과 육지 마을 어른들은 서로의 주장만 내세우며 아이들 앞에서 치고받고 싸운다.

바다 마을을 떠난 히카리와 아카리는 이타루의 집에서 지내기로 한다. 미우나는 아카리에게 자신의 마음을 전하기 위한 선물을 사러 히카리와 바다 친구들과 함께 시내로 간다.

육지에 따스한 눈이 내리는 이상 기후가 발생하고 히카리를 제외한 바다 마을 친구들이 등교를 안 하자, 히카리가 바다 마을로 찾아간다. 예전과 달라진 모습의 마을을 배회하다 우연히 마나카를 만나 자초지종을 듣게 된다.

바다 마을을 지키기 위해서는 동면해야 한다고 들은 히카리는 납득할 수 없다며 우로코를 찾아가 따진다. 육지 사람들에게 이 사실을 알리지만, 배 끌기 외엔 마땅한 대안이 없어 다시 배 끌기를 진행하려고 한다.

오시오오시 어협에서 히카리를 찾아와 배 끌기를 해달라고 부탁한다. 하지만 우로코는 배 끌기를 해도 아무 소용이 없다고 말한다. 아카리는 모두를 불러놓고 결혼식과 배 끌기를 같이 진행하자고 제안한다.

배 끌기 준비가 순조롭게 진행되는 가운데, 바다 마을에서 어린애들이 동면을 기다리지 못하고 잠든 모습을 보고 죽은 것 같다고 말하는 카나메. 다신 못 볼지도 모른다는 카나메의 말에 히카리는 마나카를 좋아한다고 고백하지만, 마나카는 놀라 뛰쳐나간다.

히카리의 마음을 알게 된 마나카는 히카리에게 배 끌기가 끝나면 할 말이 있다고 말한다. 드디어 성대한 배 끌기가 시작되고 히카리는 깃발을 힘차게 흔들며 바다로 나가는데 갑자기 바다에 소용돌이가 휘몰아쳐 아카리가 바다에 빠지고 만다.

치사키 혼자 동면하지 않고 남게 되어 츠무구의 집에서 함께 지낸다. 츠무구는 해양학을 공부하는 대학생이 되었고, 바다 마을을 연구한다. 그렇게 5년이 지나 삼맴돌이를 볼 수 있는 어느 날 미우나와 츠무구는 히카리를 만난다.

삼맴돌이를 보았던 날 히카리가 돌아왔다. 5년 전 모습 그대로 나타난 히카리는 변해있는 계절과 친구들, 가족이 낯설고 혼란스러워 선뜻 치사키를 만나러 가지 못한다. 미우나는 헤매는 히카리를 위해 깃발을 흔든다.

히카리의 교복을 맞추기 위해 미우나와 사유가 함께 시내로 나갔다. 그런데 사유와 미우나가 말다툼하는 바람에 미우나 혼자 먼저 가버렸다. 미우나는 발을 헛디뎌 바다에 빠지고 귓가에 무슨 소리가 들리자 바닷속에서도 숨을 쉴 수 있게 된다.

카나메가 돌아왔다. 미우나와 카나메가 바닷속에서 들었다던 소리를 근거로 츠무구와 미하시 교수가 검토한 결과를 검증하기 위해 카나메, 히카리, 미우나가 시오시시오로 향한다.

히카리, 미우나, 카나메는 시오시시오에 도착했지만, 다들 잠들어 있는 마을 모습에 마음이 좋지 않다. 혼자 남겨진 미우나는 폐교에서 우로코를 만나 마나카가 어디 있는지 묻는다.

잠든 마나카를 아카리의 집에서 돌보게 된다. 시오시시오게 다시 들어가게 된 치사키와 히카리는 츠무구의 할아버지가 해주신 해신 님과 여사 님 얘기를 듣고 우로코 님을 찾기로 한다.

마나카가 깨어날 기미가 안 보이자 히카리는 차가운 바닷속으로 우로코를 찾아 나선다. 그러다 히카리가 고열로 쓰러지고 미우나는 거짓말까지 하며 학교에 안 가고 히카리를 간호한다.

다시 깨어난 마나카는 따스한 눈으로 덮인 육지 모습을 보고 천진난만하게 좋아한다. 하지만, 히카리가 배 끌기가 끝나면 한다던 얘기가 뭐냐고 묻자, 기억을 하지 못한다.

우로코 님을 찾기 위해 여러 가지 방법을 동원하지만, 쉽게 모습을 보이지 않는다. 우연히 사당을 발견한 히카리와 미우나는 그곳에서 우로코 님을 만나 마나카 잃어야 했던 게 무엇인지 듣게 된다.

마나카가 빼앗긴 게 무언인지 알게 된 히카리는 그걸 되찾기 위해 친구들을 모아두고 상의해 보지만, 의견이 분분하다. 히카리는 우연히 발견한 붉은 갯민숭달팽이의 돌을 마나카에게 소중히 간직하라고 준다.

츠무구는 우로코 님을 찾아가 다시 배 끌기를 하자고 제안한다. 분주하게 배 끌기를 준비하는 육지 마을 사람들은 뭔가 활기차다. 하지만 히카리는 걱정되는 마음에 표정이 밝지 않다.

마나카의 마음을 되찾기 위해, 육지의 미래를 위해 재개된 배끌기 행사. 모두가 힘을 합쳐 행사를 준비하던 도중 미우나는 마나카가 품고 있던 진짜 마음을 알게 되는데...

마나카를 대신하여 해신에게 끌려가버린 미우나. 마나카의 감정, 그리고 미우나의 숨겨왔던 감정을 알게 된 히카리는 자책하고 후회하며 해신에게 자신의 감정까지 가져갈 것을 호소하는데...