Après que BUGS1 ait été anéanti sur Mars, l'U-NASA a déployé une autre équipe dans le cadre de BUGS2 pour se rendre sur Mars afin d'enquêter et, si possible, d'exterminer les cafards.

Akari Hizamaru tente de sauver son amie d’enfance, Yuriko, qui est atteinte d’une maladie grave. Il va faire la connaissance de Shôkichi Komachi et Michelle K. Davis, qui préparent une mission d’exploration de Mars avec l’U-NASA.

Voilà tous nos héros à bord de la navette Annexe, en direction de Mars. Leur voyage va durer un peu plus d’un mois, le temps de s’habituer à la gravité artificielle, et de se préparer mentalement pour affronter les Terraformars.

Alors que les Terraformars ont infiltré la navette, les humains tentent de survivre tant bien que mal. Le capitaine Komachi déclenche le plan delta pour mener à bien leur mission…

Les voilà au sol, sur Mars ! Les Terraformars ont l’air mieux organisés qu’il n’y paraît. Les terriens tentent d’y remédier grâce à l’opération Mozaic Organ.

Pendant que Michelle et Akari se battent contre les Terraformars, ce dernier repense aux personnes qu’il a laissées sur Terre et la promesse qu’il leur a faite.

Alors que Michelle sombre dans les profondeurs de l’eau, essayant de retenir sa respiration, Akari donne tout ce qu’il peut pour sauver les membres du vaisseau de secours.

Asimov nous dévoile les capacités des membres de son équipe face des Terraformars. Il se demande d’ailleurs comment ces derniers ont pu obtenir des compétences aussi poussées en aussi peu de temps.

Les membres de l’escadron d’Adolf sont en proie au doute quant à leurs capacités de combat. Leur chef les secoue, avant de faire face lui-même à une horde de Terraformars.

After BUGS1 was wiped out by the surprising life on mars, U-NASA deployed 15 people as a part of BUGS2 to go to Mars to investigate and if possible to exterminate the cockroaches.

Dos au mur, Adolf est prêt à baisser les bras. C’était sans compter sur les sentiments des membres de son escadron, bien décidés à venir en aide à leur chef coûte que coûte.

La situation de l’escadron d’Adolf est toujours critique. Ce dernier exploite ses dernières ressources pour en finir, mais les Terraformars sont plus intelligents qu’ils n’en ont l’air.

Keiji Onizuka, membre de l’escadron nº 1, est un ancien champion de boxe. Son combat contre les Terraformars lui rappelle ce qu’il a vécu mais aussi perdu sur la Terre.

Alors que le capitaine Komachi et Keiji s’en sortent contre leurs adversaires, le groupe d’Asimov avance dans son exploration de la pyramide. Les cafards leur réservent encore quelques surprises…

La Division No. 1 vient finalement en aide à la Division No. 2 au moment le plus désespéré. Michelle et Akari utilisent toutes deux leurs pouvoirs BUGS et affrontent les Terraformars. En les retrouvant, la vérité sur la mort de Sheila éclate au grand jour. Pendant ce temps, les présidents des pays alliés rencontrent le premier ministre japonais, Hiruma Ichiro. L'équipage de l'Annex est sur le point d'affronter le véritable test de survie !

2620 AD. L'humanité a tenté un projet de terraformation sur Mars, qui a donné naissance à des cafards super évolués, ainsi qu'au virus Alien Engine, dont le taux de mortalité est de 100 %. Pour sortir de ce cauchemar, un équipage ayant subi une opération spéciale a été envoyé sur Mars. Hizamaru Akari et Michelle K. Davis dirigent des membres de l'équipage dotés de pouvoirs spéciaux pour tenter de résoudre ces deux problèmes.

La Division n° 4 rejoint le vaisseau principal, mais découvre qu'elle est tombée dans un piège. La division chinoise les a trahis et veut les deux humains post-opératoires comme échantillons expérimentaux. Les Chinois ont apporté des armes qu'ils utilisent pour massacrer les Terraformars par centaines.

La bataille entre les humains est interrompue par une horde de milliers d'extraterrestres en colère. L'équipage de l'Annexe 1 sera-t-il capable de travailler ensemble assez longtemps pour survivre à l'assaut d'un nouveau général Terraformar ?

La division chinoise a révélé son arme ultime : une fille avec une base de chirurgie à l'anthrax. Si elle n'est pas tuée, il n'y a aucun espoir de les vaincre et de récupérer l'annexe 1. Alexander se rend seul dans le vaisseau spatial couvert d'anthrax pour l'assassiner.

Séparés du groupe, Michelle et Hizamaru sont attaqués par des Terraformars qui utilisent les pouvoirs des autres sujets de l'opération Mosaic qui sont morts. Dépassés, leur seul espoir est d'utiliser un plan astucieux pour tromper la division No. 4 afin qu'elle détruise leurs ennemis à leur place.

Michelle et Hizamaru utilisent leurs armes uniques pour vaincre les Terraformars qui possèdent les pouvoirs de l'ancien équipage. Leurs lames Ninja-vibro et leurs arts martiaux à accélération seront-ils suffisants pour résister aux super-pouvoirs des Terraformars ?

Michelle et Akari sont kidnappées par Bao de la division n°4. Il tente de les ramener à l'annexe 1, mais pour y parvenir, il doit traverser une horde de milliers de Terraformars. Il décide de sacrifier Yaeko pour s'enfuir. Ses pouvoirs de non-combattante suffiront-ils à repousser l'essaim ?

Le puissant rang 1, Joseph G. Newton, arrive pour sauver Yaeko de la horde ! Il élimine facilement Bao et sauve Akari et Michelle. Mais parviendra-t-il à atteindre son plus grand objectif... et à gagner le cœur de Michelle ?

L'équipe d'ingénieurs, dirigée par quelques soldats de rang inférieur, lance un assaut désespéré contre l'annexe 1, infestée d'armes biologiques. Les Terraformars attaquent au même moment, ce qui donne lieu à une bataille à trois désastreuse.

L'équipe d'ingénieurs poursuit son attaque sur l'Annexe 1, mais les Terraformars ont également infiltré le vaisseau. Avec des ennemis de tous bords, humains et inhumains, parviendront-ils à se frayer un chemin jusqu'à la salle de contrôle et à alerter la Terre de la trahison de la Division n°4 ?

La bataille pour la tour de diffusion fait rage alors que l'équipage civil de la division n°1 infiltre la salle de contrôle. Mais les Terraformars sont là ! S'ils font le moindre bruit, les tueurs entraînés de la division n°4 les entendront. Ils sont donc contraints de poursuivre leur travail dans le silence le plus total, alors que les cafards tueurs se rapprochent de plus en plus...

Le sacrifice héroïque de l'équipage civil permet aux divisions n° 1 et n° 2 de reprendre temporairement le contrôle de la tour de communication. Mais le dernier membre de l'équipage s'évanouit avant de pouvoir informer la Terre de la trahison de la division n°4. Tout espoir est-il perdu ou existe-t-il un autre moyen ?

Les divisions 1 et 2 sont tombées dans un piège tendu par l'équipe chinoise. Elles parviennent à neutraliser l'armement supérieur des Chinois, mais ces derniers ont encore quelques tours dans leur sac, et leur pouvoir de transformation est plus grand qu'il n'y paraît !

So the crew have made it back to Earth, but the Terra Formars have too! Akari takes on a mission in Japan and things get heated up while Earth forces try to figure out how to stop the Cockroaches.

Earth forces continue to battle over the Pacific in defense of the islands there.