「バグズ2号」の惨劇から20年後の、2619年…原因不明の病に伏す幼馴染の百合子を救うため、20歳の少年、膝丸燈はバンコク郊外の地下競技場に立っていた。優勝賞金を手にし、臓器移植手術を百合子に施すためにここまで勝ち抜いてきた燈をあざ笑うかの如く、最後の対戦相手として現れたのは、巨大な殺人熊。生物としての圧倒的な力の差に蹂躙される燈だったが、彼の目が突然変態する。

A.E.ウイルスのワクチンを作るため、火星へと飛び立ったアネックス1号。燈ら100名のクル―はこれから待ち受ける命がけの任務をよそに、火星に着くまでの束の間の日常を噛みしめる。残り3時間で火星到着となった時、突如監視カメラに不具合が発生する。火星を目前にしてのトラブルに不吉な予感を隠せないミッシェルだが、同時刻、燈らの前に「ヤツら」が現れる。

突如現れたテラフォーマー達によって、アネックス1号は一瞬にして血の海となってしまった。状況を打破するために「薬」を取りに行った燈とマルコスが目にしたのは、その「薬」を淡々と破壊していくテラフォーマー。何者かの陰謀を感じざるを得ない絶望的な状況に、ミッションの中止と地球への帰還を提言する小吉。しかし、モニター越しのアネックス計画司令官から言い渡されたのは、まさかの「ミッションの続行」だった。

小吉率いる第１班は、無事火星に着陸したのも束の間、脱出機に取りついていたテラフォーマーの襲撃に遭う。相手が１匹だけであることを好機と捉え、この１匹を捕獲しようと画策するが、突如飛来した別のテラフォーマーにより、状況は一変する。チームの危機を救うため、大切な人を守るため、シ―ラは勇気を振り絞り、「対テラフォーマー発射式蟲獲り網」の照準を合わせる。

グランメキシコでの懐かしい日々を思い返すマルコス。太陽のような笑顔で自分を照らしてくれていたシ―ラは、もういない。全ての怒りをもってテラフォーマー達をなぎ倒していくマルコス。その眼には亡き友に捧ぐ、悲しみの涙が……同時刻、燈・ミッシェルら第2班もテラフォーマー達に囲まれていた。変態を済ませたミッシェルは、ヤツらへの怒りをむき出しに戦う。ついに、ミッシェルが父から受け継いだ「奇跡」の能力が明らかになる。

2班脱出機に突然飛び移ってきたのは、脚が異様に発達した謎のテラフォーマー。操縦桿を握り、空へと飛び出す脱出機。「なぜヤツらが脱出機を運転できるのか？」その疑問に答えられる者は無く、死を覚悟した八恵子達。仲間を助けにいく燈は、ついに自身の手術ベースを明らかにする。一方水中では、ミッシェルと水中仕様型テラフォーマーの、戦いのゴングが既に鳴り響いていた。

謎のテラフォーマー2体との死闘を制した燈・ミッシェルら第2班。戦闘を終え次の移動の前に着替えをするミッシェル、男子の本能としてそれを覗かねばならない燈とアレックス。火星を舞台に、もうひとつの死闘が始まろうとしていた。一方、謎のピラミッドを前にして、アシモフら3班と、エレナの命を奪ったテラフォーマーとの戦いの火ぶたが切っておろされる。

雨の中、アネックス本艦のもとへ,脱出機を走らせるアドルフら第五班。だが突如、あり得ない所から向かってきた第四班の脱出機と激突し、斜面下へと落下してしまう。そこに待ち受けるテラフォーマー達との戦いが始まろうとする中、アドルフは自分の過去に思いを馳せる。M.O.手術の被験体として過ごした、孤独な少年期の事。そして、そんな自分を変えてくれた、大切な人の事を思い返す。

自身のやり場の無い怒りを、悲しみを、迫りくるテラフォーマーに「電撃」として打ち込んでいくアドルフ。その眼からこぼれる涙は誰のためのものなのか。その電撃が尽きかけた時、ついにヤツらのボスが現れる。一転して統率の取れた軍隊のごとく襲いかかる敵に対し、為す術無く倒れるアドルフ。

強烈な雷がヤツらを襲う。それは、神の怒りそのもののように。全てを出しつくし、倒れこむアドルフと、それを支えるエヴァ。しかし、勝利の安堵は一瞬にして打ち砕かれる。適切な蘇生法によってボスを取り戻したテラフォーマー達は、全勢力をもって第五班を攻める。初めて得た「仲間」と共に地球へ帰ることを信じ、その猛攻に必死で抗うアドルフ。今、「実験動物」が「人間」に変わる。

テラフォーマー達によって分断された第１班。暗い穴の底では、地球対火星の無差別級異種格闘技戦のゴングが鳴らされた。火星代表、クロカタゾウムシ型テラフォーマーに対するは、地球代表・鬼塚慶次。ただひたすらに愚直な生き方を続けてきたこの男。母さんが愛した島を守るため、信じてくれる仲間を守るため、鬼塚は再びリングに立つ。惑星間の生存を懸けた、漢達の仁義なき殴り合い。その第一ラウンドが、今始まった。

「カイコガ」の能力を持つテラフォーマーによって張り巡らされた糸の中で、小吉は秋田奈々緒を思い出す。バグズ2号計画でヤツらに無残にも殺された奈々緒の遺体を、火星に置いてきてしまった後悔…小吉は今、20年前の因縁に決着を付けようとしていた。20年間止まったままの時計の針を、小吉は再び動かすことができるのか…！その頃、ピラミッド内を探索する第３班は不可解な、「あるはずの無い人工物」を見つける。同時刻、火星の空に轟音が鳴り響く。

第１班のピンチに、ついに合流を果たした第２班！燈・ミッシェルはそれぞれ１班を襲うバグズ型テラフォーマーと相対する。そして、１班と２班の合流は即ち、シーラの死をアレックスが直視することでもあった。一方その頃地球では、合衆国大統領と日本国内閣総理大臣、蛭間一郎との極秘会談が催されていた。背後に渦巻く様々な思惑と、眼前に迫るヤツらの脅威に挟まれる燈らアネックスクルー。この未曽有の環境下で、極限サバイバルの最終楽章が始まる。