Wir schreiben das Jahr 2619. Zwanzig Jahre ist die Tragödie der BUGS 2 nun her. Um seine Kindheitsfreundin Yuriko vor einer unbekannten Krankheit retten zu können, kämpft Hizamaru Akari in einer Untergrundarena in Bangkok.

Um einen Impfstoff gegen das Alien-Engine-Virus entwickeln zu können, bricht die Annex 1 in Richtung Mars auf. Akari und die anderen Crewmitglieder genießen ihre Zeit auf dem Schiff, bevor sie ihre lebensgefährliche Mission auf dem Mars antreten.

Das plötzliche Erscheinen der Terraformar verwandelt die Annex 1 in ein Blutbad. Um diese Situation bewältigen zu können, machen Akari und Marcos sich auf, die Droge zu holen, doch finden Terraformar in deren Aufbewahrungsraum vor, wie sie die Vorräte vernichten.

Shōkichi und seine Gruppe kommen sicher auf der Marsoberfläche an, geraten jedoch sofort in einen Angriff der Terraformar. Auch die anderen Gruppen werden angegriffen, und da sie jeweils nur einen Terraformar sehen, glauben sie sich zunächst in Sicherheit.

Marcos erinnert sich an seine Kindheit in Gran Mexico. Sheila, die einst strahlte wie die Sonne, weilt nicht mehr unter ihnen. Mit bitteren Tränen um einen gefallenen Freund in den Augen lässt Marcos seine Wut explosionsartig an den Terraformarn aus.

Ein merkwürdiger Terraformar mit eigenartig entwickelten Beinen ist auf die Rettungskapsel der Gruppe 2 gesprungen. Er übernimmt die Kontrolle und versucht, mit der Rettungskapsel davonzufliegen, während die Besatzung noch an Bord ist. Yaeko und die anderen machen sich aufs Schlimmste gefasst, während sie herauszufinden versuchen, wieso er die Maschine steuern kann.

Michelle und Akari kämpfen gegen die mysteriösen Terraformar. Als der Kampf vorbei ist, geht Michelle sich umziehen und Alex und Akari versuchen, einen Blick zu erhaschen. Ein nie dagewesener Akt sollte sich mitten auf dem Mars ereignen. Unterdessen erreichen Asimov und Gruppe 3 die rätselhaften Pyramiden, wo sie gegen den Terraformar kämpfen, der Elenas Leben auf dem Gewissen hat.

Adolf und Gruppe 5 begeben sich im Regen zur Absturzstelle der Annex. Doch plötzlich werden sie von der Rettungskapsel von Gruppe 4 gerammt und stecken fest. Während sie sich zum Kampf gegen die Horde der Terraformar vorbereiten, die sie draußen erwartet, erinnert Adolf sich an früher. An seine traurige Vergangenheit, die Operation … und schließlich den Tag, an dem jemand sein Leben für immer verändert hat.

Adolf nutzt seinen Zorn und richtet ihn in Form von Elektrizität auf die Terraformar. Um wen weint er? Als der Staub sich legt, taucht der Anführer der Terraformar auf. Das Blatt wendet sich zugunsten der Terraformar und Adolf fällt. In dieser Zeit der Not erhebt sich nur noch einer...

Elektrisierender Donner trifft die Terraformar, als würde es sich um Gottes Zorn handeln. Adolf gibt sein Bestes und bricht zusammen. Doch da kommt Eva an seine Seite. Doch der Geschmack des Sieges verfliegt schnell, als der Anführer der Terraformar wieder erwacht und Division 5 mit all seiner Macht attackiert.

Division 1 wurde von den Terraformars zerschlagen. In den schwärzesten Tiefen erhallt der Gong, welcher den Kampf Erde gegen Mars ankündigt. Auf der Seite des Mars steht ein elefantöser Terraformar, auf der Seite der Erde steht Onizuka Keiji, der stets ein einfaches Leben geführt hatte. Um die Insel, welche seine Mutter liebt, und seine neuen Freunde zu beschützen, steigt er erneut in den Ring. So findet der brutale und unnachgiebige Schlagabtausch der Fäuste seinen Anfang...

Nachdem Shokichi in die Falle eines Terraformars mit der Kraft einer Seidenraupe getappt und von Fäden umgeben ist, erinnert er sich an Akita Nanao. Shokichi bereut, dass er ihren Körper nach ihrem Tod während der Mission auf dem Mars zurücklassen musste. Nun will er sie rächen. Wird Shokichi es schaffen, die Uhr neu zu starten, die vor zwanzig Jahren anhielt? In der Zwischenzeit findet die dritte Division in den Pyramiden etwas, das nicht hätte dort sein dürfen, und plötzlich durchdringt ein ohrenbetäubendes Geräusch den ganzen Mars.

Die erste Division kommt der zweiten gerade rechtzeitig zur Hilfe. Michelle und Akari nutzen ihre Kräfte und stellen sich den Terraformars entgegen. Nun, da sie wieder vereint sind, kommt auch die Wahrheit hinter Sheilas Tod ans Licht. Währenddessen treffen sich die Präsidenten der alliierten Nationen mit Hiruma Ichiro, dem Premierminister von Japan. Die Annex-Crew muss nun den wahren Überlebenstest bestehen!