聖戦。それは二百数十年ごとに繰り返される女神アテナと冥王ハーデスとの闘い。その兆しが見え始めた十八世紀ヨーロッパの田舎町。そこで暮らすテンマとアローンは、性格は正反対だが、仲のいい親友だった。ある日アローンは、パンドラと名乗る女性に出会う。その日を境に、運命の歯車は大きく動き始める…。

聖域では、冥王軍との新たな聖戦に向けて女神アテナの名のもとに黄金聖闘士たちが集う。その頃テンマは、聖闘士になるため修行に励む中、アローンの妹であるサーシャと偶然の再会を果たし、彼女がアテナの化身であることを知る。一方、アローンは遠く離れた親友テンマのことを思いながら一人絶望に打ちひしがれていた…。

テンマたち聖闘士は、冥闘士が集結しているというイタリアの町に向かう。そこが故郷の町であることに気づき、アローンの身を案じるテンマ。しかし、火に包まれていた町で姿を現したアローンは、冥王ハーデスとして覚醒していた。親友の豹変にショックを受け、呆然とするテンマに対し、アローンは容赦なく一撃を加える…。

「テンマの死」と「兄アローンのハーデスとしての覚醒」を知らされながらも哀しみを押し殺しアテナとして気丈に振舞うサーシャ。一方、テンマの死体を引き上げた青銅聖闘士の耶人は、突如現れた女戦士ユズリハに連れられ、ジャミールへ向かう。ジャミールの族長ハクレイは耶人にテンマは完全には死んでいないと告げる…。

冥王軍三巨頭の一人ミーノスは、聖域に攻め入るべく見えない糸を操り次々に聖闘士を倒していく。だが、聖域を目前にしてミーノスたちの前に出現したのは、毒薔薇の園。そして園の中には魚座の黄金聖闘士アルバフィカの姿が。毒薔薇の香気の効かない冥闘士ニオベを、自らの血を打ち込み倒したアルバフィカだが…。

ミーノスの実力に苦戦するアルバフィカは渾身のクリムゾンソーンを放つが、それすらも冥衣によって防がれ、ついにアルバフィカは倒れ伏す。そしてミーノスが次に向かったのは、アルバフィカが守ろうとしていた聖域近郊の村。村は次々に破壊され、アルバフィカを慕っていた少女アガシャもミーノスの標的にされてしまう…。

不死である冥闘士を倒す方法が、冥界に生える木欒子の実にあると聞き、テンマたちは必死で捜索する。たどり着いた木欒子の前に現れたのは、乙女座の黄金聖闘士アスミタだった。味方か？ 敵か？ 光の無い世界で瞑想の修行を続けてきたアスミタはテンマの戦いの理を否定し、人間の五感を奪い去る「天舞宝輪」を放つ…。

アスミタに渾身の一撃を与えるテンマ。するとテンマの小宇宙の高まりに呼応し、木欒子が実を結ぶ。アスミタは姿を消してしまうが、テンマたちはとりあえずその実を拾い集め、冥界から生還。しかしジャミールにも、新たな冥闘士の魔の手が迫る。彼らの前に立ちはだかったのは、再び現れたアスミタだった…。

輝火の猛攻を凌いだアルデバランは大地を返すほどの「タイタンズノヴァ」で勝負を決める。だがアルデバランは、輝火のことを邪悪ではないと断じ止めを刺さず、傷だらけの輝火は薄暮の空に飛び去った。その後、聖域では突然、恐ろしく巨大な小宇宙とともにアテナの結界が破られる。サーシャの前には冥王ハーデスの姿が…！

ついに聖域へと帰還し、アローンに戦いを挑むテンマだが、返り討ちにあってしまう。その時、教皇が現れ、先代アテナの護符を用いてハーデスの力を弱体化させる「タリスマンケージ」を発動。アテナと小宇宙を合わせて封印の地へと空間を繋ぎ、ハーデスを封印しようと試みる。だがそこにパンドラまでもが駆けつけ…。

完成した時に地上は滅びるという空一面の絵「ロストキャンバス」。優しかったアローンがハーデスとして人類を滅ぼそうとしていることに苦悩するテンマ。その頃、パンドラはハーデスの覚醒が不完全なことに焦り、原因であるテンマを抹殺すべく刺客を送り込む。超音波によってテンマたちを眠らせた冥闘士たちだが…。

聖域を去り、一人で戦うことを決意するテンマだったが、教皇の命を受けた蟹座の黄金聖闘士マニゴルドに捕まり、牢に閉じ込められてしまう。一方ハーデス城では、アローンの記憶に遮られて完全に覚醒していないハーデスを空間の歪みに作ったアトリエに幽閉するよう、ヒュプノスとタナトスがパンドラに仕向けていた…。

アローンを完全覚醒させるため、「ロストキャンバス」の制作に専念するように幽閉するパンドラ。その陰で神話の時代から冥王との因縁を持つペガサスの聖闘士の存在を危惧し、冥王の側近である双子神のタナトスとヒュプノスが動き始めていた。そんな中、蟹座の黄金聖闘士マニゴルドは教皇の命を受け、テンマの後を追う…。

死の森に足を踏み入れ、テンマたちとはぐれてしまったユズリハ。その目の前に死んだはずの弟のトクサの姿が現れる。一方、耶人は巨大なムカデに追いつめられていた。薄れゆく意識の中で耶人もまた、少年時代のことを思い出すのだった。冥闘士ベロニカと対峙し苦戦を強いられるテンマのもとに二人はたどり着けるのか…？

ベロニカが操る無数のゾンビに囲まれるテンマたちだが、蟹座の黄金聖闘士マニゴルドに助けられる。テンマの護衛として現れたマニゴルドはベロニカの体を真っ二つに。それでも死なないベロニカは、森とともにテンマたちを腐らせようとする。一方、一連の闘いを双子神ヒュプノスとタナトスがチェスをしながら眺めていた…。

双子神の居場所をつきとめたが死の神タナトスの圧倒的な力の前に為す術なしのマニゴルド。そこへ教皇セージがかけつけ、応戦する。タナトスの攻撃を受けながらマニゴルドは幼少時代にセージと出会った日を思い出す。戦争孤児だったマニゴルドは、かつて人間の命など塵芥だと考えていた。タナトスを前に勝機はあるのか…？

マニゴルドに傷つけられたことによって、タナトスがついに本気になった。圧倒的に不利な状況で、しかしセージはひるまない。セージの言葉から、マニゴルドは師との昔のやりとりを思い出し、希望を取り戻す。二人は一縷の勝機にかけて「積尸気冥界波」を放ち、タナトスの魂を肉体から分離させることに成功するが…！

人馬宮にまで侵入した幻夢イケロスは、その場に居合わせた山羊座のエルシドの攻撃をかいくぐり、未だ意識の戻らないシジフォスの魂を奪い去った。エルシドはシジフォスの魂を奪還すべく、単身、聖域を後にする。シジフォスの右腕として常にそばにいたエルシドは、シジフォスが目覚めない理由を感じ取っていた…。

エルシドは、シジフォスの魂を奪還するため、夢を司る四神の一人、イケロスに戦いを挑むも、片腕をもぎ取られ崖の下へと落下していく。一方、ハーデス城へと向かっていたテンマは、ユズリハや耶人とはぐれてしまい、なぜか滅んだはずの故郷へとたどり着く。そこには幼いアローンやサーシャの姿があった…。

エルシドは空間を自在につなげて攻撃してくるイケロスに対し、自らの地を舞わせてその動きを読んで倒す。その頃、夢から覚めたテンマの前に、造形者モルペウスが立ちはだかる。モルペウスは夢界に咲く芥子の花で次第にテンマの感情を奪っていくが、テンマの耳にアローンの声が聞こえると、テンマの聖衣に変化が表れて…！

イケロスたちと合体したオネイロスの前に、テンマたちはシジフォスの魂を救うこともかなわず追い詰められてしまう。だがそこにアテナであるサーシャ自らが夢界へ乗り込んできた。サーシャの邪魔をさせまいと、テンマとエルシドは再びオネイロスに立ち向かう。そしてオネイロスを夢界から地上へ追いやることに成功する…！

夢界へやってきたサーシャは、シジフォスの夢へ入っていく。シジフォスは夢の中で、自分がサーシャを聖域に連れ去ったことが彼女を不幸にし、さらに聖戦を引き起こしてしまったのではないかという罪悪感に苛まれていた。そんな心を閉ざして闇に落ちかけたシジフォスを、サーシャは命を掛けた説得で救い出すが…。

四神が倒されたことでヒュプノスの「眠りの結界」は破壊され、聖闘士たちはハーデス城へと進軍した。ハクレイはセージに代わって全聖闘士たちを鼓舞し、自らも眠りの神ヒュプノスを討つべくハーデス城に乗り込んでいく。だがその頃、アローンは、ヒュプノスによってついに冥王ハーデスとして完全に覚醒してしまう…。

先代アテナの加護を受けた剣を携えてハーデス城に一人潜入したハクレイは、ハーデス城を守る結界の中心を発見した。しかし、アテナの剣で結界を破ろうとしたその時、ハクレイの前にヒュプノスが立ちはだかる。ハクレイは、前聖戦からの因縁の相手であるヒュプノスとの戦いに決着をつけることができるのか…!?

ついにハーデス城の結界が解かれようとしたその時、冥王ハーデスが姿を現す。テンマや童虎も駆けつけるが、覚醒したハーデスの力はあまりにも強大すぎた…。もはや為す術はなく、撤退すらもできない。絶体絶命…、そう思われたその時…！