18世纪的意大利某小镇，有着日本血统的孤儿天马和喜爱绘画的亚伦是一对挚友。某日亚伦受到大圣堂的神父 ( 睡神修普诺思) 的指引，去到一处被称为“地面上的极乐净土[1]”的地方寻找“真实之红”。在那里亚伦遇到了一个叫“潘多拉”的神秘少女，自此亚伦的身体开始发生了变化。

受到天秤座的黄金圣斗士童虎的引荐，天马决定前往希腊圣域接受圣斗士的训练。在圣域，天马遇到了儿时的青梅竹马萨莎。几年前被人收养的萨莎，原来竟然是女神雅典娜的转世。

天马即将前往冥斗士集结的意大利城镇，随着目的地的逼近，天马也越来越担心挚友亚伦的身体，看到被火焰吞噬的城市，天马在愤怒的同时也感到困惑，此时苏醒的冥王哈迪斯也与天马再次相会……

被觉醒之后为哈迪斯的亚伦亲手杀死的天马，萨莎即使知道凶手就是亚伦，但也只能拼命压住心中的无限悲伤，以雅典娜的身份刚毅地采取了行动。另一方面，在哈迪斯觉醒的时候，耶人跟天马一起加入了讨伐队，最后在天马被变成哈迪斯的亚伦杀害的时候，耶人被牵扯在内而受害，但后来不知为何竟然生存了下来。当生存下来的耶人在废墟中把天马的遗体拉出来的时候，遇到了嘉米尔的女战士让叶，并在她的带领下，耶人和天马的遗体一起通过念力瞬移来到了嘉米尔。在那里耶人得到了新生的圣衣以及雅典娜的圣剑，并受嘉米尔的长老之命同让叶一起前往冥界拯救天马。

为了战友及时备战，双鱼座黄金圣斗士——雅柏菲卡布下魔宫玫瑰阵拖延冥斗士入侵圣域，遭遇以冥王军最强的三巨头之一的天贵星狮鹫的米诺斯为首的冥斗士，展开激战。

雅柏菲卡、米诺斯展开激战，雅柏菲卡射尽全身毒血，用被自己的毒血染红的白玫瑰打倒米诺斯，以死完成了自己的使命；来自嘉米尔的亚特拉带来消息，冥斗士是不会死的以及长老口信、天马......

天马、耶人、让叶三人受命前往冥界大树——木栾子，只有得到果实才能阻止冥军的无限复活。击退地域看门犬——三头兽后，却遇到了身为黄金圣斗士的处女座的阿释密达的强势阻挠，一次又一次被打倒的天马，终于提升小宇宙第六感挥拳击中了阿释密达，但是......

击碎了阿释密达幻像的天马，终于得到了108颗木栾子果实。阿释密达也悟出了真理的奥义，就是完成108颗木栾子佛珠，代价却是燃尽自身小宇宙！

金牛座黄金圣斗士阿鲁迪巴（哈斯特加）与冥斗士辉火一战中一度处于下风而陷于苦战，但他指出了辉火并非邪恶之辈，最后以贯注全身力量的压倒性一击将辉火击败，但自己亦身受重伤，连右眼受到了重创。

在哈迪斯要杀死天马的时候，雅典娜护符形成的牢笼守护符之牢笼启动了削弱了哈迪斯的力量。雅典娜和教皇合力欲将哈迪斯带到封印冥王军的地方，欲将哈迪斯的灵魂从亚伦的身体中抽出来封印结束圣战。可是潘多拉出现了把哈迪斯带走并在天空留下一幅自己没画完的画The lost canvas（画完时世上一切将要消失），战斗开始。

因为哈迪斯心中还有对天马与雅典娜的眷恋，不能专心完成The lost canvas。潘多拉想帮助哈迪斯斩断这份眷恋就私自派两名冥斗士刺杀天马，结果被金牛座黄金圣斗士阿鲁迪巴阻止同归。

天马因为阿鲁迪巴的死很是自责于是打算逃离圣域，不料教皇已派出巨蟹座黄金圣斗士马尼戈特前去堵截，将天马关进圣域的深处大牢。与此同时，死神达那都斯与睡神休普诺斯利用潘多拉将亚伦关进扭曲的空间画室，让亚伦继续完成The lost canvas，企图以此割断自神话开始的天马与哈迪斯的缘分。

天马等人前往哈迪斯城，却被充满死亡气息的森林所阻，并遭遇冥斗士，天究星维罗妮卡。

讲述了让叶成为战士之前的故事，战胜魔物后众人被冥斗士所困，巨蟹座黄金圣斗士马尼戈特出现。

马尼戈特轻松打败冥斗士维罗妮卡后，来到双子神面前，天马等人向哈迪斯城赶去。

马尼戈特与死神实力悬殊，死神欲打开时空通道让马尼戈特消失，危急时刻教皇塞奇赶到与徒弟共同对战死神。

塞奇与徒弟马尼戈特面对强大的死神，利用教皇的智慧引诱死神露出灵魂。马尼戈特用上自己最后的力量消灭从小仇视的死神肉身，进而帮助师傅封印了死神。白礼代替牺牲的赛奇接管教皇之位，并告诉史昂将来他有可能成为教皇。

双子神之一的睡神修普诺斯派出梦界四神，要把射手座希绪弗斯的灵魂封在梦界。而从小在圣域与射手座一起成长并共同执行任务的山羊座圣斗士艾尔熙德与他有着深厚的感情且都十分忠诚于雅典娜，艾尔熙德决定只身消灭四神，救出希绪弗斯。在森林中，秒杀了天退星等六名冥斗士后遇到了四神，并被斩断右臂，战斗正式开始。

四神之一幻塔索斯将耶人、让叶打倒，并将天马座捉到梦境。山羊座艾尔熙德借用被砍下的手臂上黄金圣衣的共鸣找到了四神之一幻塔索斯，将其打败。天马在梦中被解救，结果再次遇敌，四神之一伊刻罗斯前去与艾尔熙德战斗。

天马座利用自己的意志逃离梦境，又依靠天马座圣衣打败四神之一造型者墨菲斯，同时山羊座打败了伊刻罗斯。天马座与山羊座会和。此时梦神兄弟之首奥涅依洛斯出现并集合已经被消灭的兄弟的灵魂，山羊座将情报告知了雅典娜，雅典娜即将前往梦界营救希绪弗斯被困的灵魂……

在梦界艾尔熙德与天马座共同对抗奥涅依洛斯，此时奥涅依洛斯在梦界进行四神合体后威力大增，并使出：守护者之神谕的招式想消灭山羊座与天马，关键时刻被雅典娜救下，随即雅典娜进入梦界大门拯救希绪弗斯，艾尔熙德想出将奥涅依洛斯逼出梦界并在天马座帮助下得以实现，艾尔熙德的部下参战并战死，山羊座找出敌方弱点与天马座配合将合体梦神身体魂魄分裂，自身重伤，接着耶人与让叶也赶到，双方僵持，战斗进入焦灼。

雅典娜进入希绪弗斯自己封闭的梦境，在梦境中被因自责而身体渐渐被冥衣所覆盖的希绪弗斯射了一箭，但最终还是使希绪弗斯觉醒并将其救出，俩人一起回到圣域。雅典娜得知山羊座处境艰难后听从希绪弗斯建议，俩人一起射出拥有雅典娜力量的黄金箭，艾尔熙德感知到战友的归来与支持，而此时奥涅依洛斯也打算出致命一击，危机时刻，山羊座艾尔熙德用尽全力的圣剑将黄金箭劈开逐一击中梦界四神的魂魄，并在最后时刻为保护天马与奥涅依洛斯同归于尽，告知天马座要保护好雅典娜，坚持信念，继续走下去。

白礼代替塞奇，以教皇之命发出血战的号令。同时把军队指挥权交给了希绪弗斯，然后自己拿着雅典娜之剑，只身一人传送到哈迪斯城，找休普诺斯决战，击倒众多冥斗士后......同时，睡神将亚伦的灵魂完全消灭，让哈迪斯完全觉醒了。圣域大军在亚特拉的传送下抵达哈迪斯城城脚下，由于哈迪斯城结界的存在暂时待命。此前，梦之结界已经被希绪弗斯射穿。史昂惦记师父的安危，不顾希绪弗斯的命令与童虎一起来到哈迪斯城，在攀爬时帮了天马他们一把，耶人让叶由于结界已经疲惫不堪。众人一起向哈迪斯城进发，天空出现了五角星标志后，让叶和史昂一起消失了...

白礼与休普诺斯交手了，期间回忆了他们兄弟俩上次圣战与雅典娜的约定，一定活下去。让叶和史昂也被睡神捉来了。在抵挡了睡神一个大陨石后，睡神冷笑，但白礼还没有放弃希望..

白礼用积尸气转灵波集合了上次圣战所有圣斗士的力量来对抗休普诺斯，但力量不够，于是融入了自己灵魂了力量最终将睡神封印，了却了夙愿。当他正准备摧毁哈迪斯城结界时，哈迪斯出现了，杀死了白礼。史昂用星屑旋转功，无用。童虎天马等人出现，救了史昂。天马惊讶亚伦的灵魂消失了，用流星拳报仇，失败。雅典娜的灵魂来了，却给她带来了危险。天马临时穿上神圣衣迎战，再次失败，但保护了雅典娜。天马处于危险之中，童虎使用了庐山龙飞翔，想用黄金枪干掉哈迪斯，虽然失败了，但是为史昂争取了时间，史昂用瞬移带走了天马等人，但童虎还在那，重伤（没死）。后来潘多拉迎接哈迪斯去了新的宫殿。天马回去后，雅典娜安慰大家。天马用悲愤的声音呐喊：我要变强！