Amid news reports of "Ghoul" attacks nearby, Ken Kaneki points out Rize, a girl he is interested in, to his friend Hide at a local coffee shop. When Kaneki discovers the two share a favorite author, he asks her out. However, their date ends in tragedy!

Kaneki desperately fights the urge to eat human flesh, the only thing that can satisfy his hunger as a ghoul. He meets up with Hide again, joining him on an errand, and is glad for the companionship. But will his declining condition place Hide at risk?

Yoshimura teaches Kaneki more about how to blend in with mankind, and takes in a mother and daughter needing protection. Two ghoul investigators, Mado and Amon, are assigned to the 20th Ward. In response, Toka takes Kaneki out to have a mask made for him.

Kaneki starts receiving self-defense lessons from Yomo. He meets Itori, who runs her own bar, and is friends with Uta and Yomo. Kaneki is befriended by Tsukiyama, a ghoul who knew Rize, who also enjoys reading, and possesses other, more epicurean tastes.

When Touka falls ill, Kaneki pays her a visit that has unexpected consequences. Meanwhile, as Nishiki is still recovering from his run-in with Kaneki, he is nearly preyed upon by other ghouls. Tsukiyama remains consumed with the idea of having Kaneki.

The fight against Tsukiyama is resolved, but Touka wants to kill Kimi, now that it's clear she knows that Nishiki and Kaneki are ghouls. Meanwhile, Hinami is eager to see her father again after being apart for so long, and acts out when she is unable.

After Kaneki and Hinami witness Ryoko's fate, the personnel at Anteiku are grieved, and Touka decides to take matters with the investigators into her own hands. Kaneki is fed up with not being able to do anything, and makes up his mind to become involved.

Touka sets out to lure the ghoul investigators, but before she can strike, she finds that Hinami has run away. When Touka and Kaneki go out looking for her, they find themselves face to face with Amon and Mado, who has a few surprises of his own for them.

After several weeks go by, everyone tries to return to their normal lives. Hinami moves in with Touka, and despite her aversion to birds, they nurse an injured cockatiel they name Hetare back to health. Kaneki visits Itori to try to learn more about Rize.

The 11th Ward offices of CCG are attacked by ghouls, wiping everyone out. Banjo and company stop in at Anteiku, looking for Rize to warn her to flee from Aogiri Tree, a new group of ghouls bent on taking over-- until Kaneki accidentally knocks him out!

Kaneki is held captive by Yamori, who practices his torturous craft on him. The police and CCG move in to deal with Aogiri Tree, who have made an 11th Ward shopping mall their headquarters. In all the commotion, the Anteiku team tries to rescue Kaneki.

As Yamori continues to brutally torture Kaneki, Rize once again appears to him, and the two of them explore Kaneki's childhood and relationship with his mother. Kaneki is forced to make a choice that has a profound impact on him.

Después de derrotar a Jason y aceptar su mitad ghoul, Kaneki se une al árbol Aogiri para proteger a los que están cerca de él en Anteiku.

Ahora con Kaneki en sus filas,el árbol Aogiri toma la ofensiva contra el CCG, y Amon es presentado a la hija de Mado, Akira, quien es asignada para convertirse en su nueva compañera.

Kaneki y Ayato rescatan a Naki, una de las antiguas cohortes de Jason de la custodia de CCG, y se preparan para irrumpir en la prisión de máxima seguridad para los Ghouls conocidos como "Cochlea". Mientras tanto, Tōka hace una visita a la universidad donde Kaneki solía asistir, donde tiene un encuentro con Hideyoshi.

Aogiri comienza su invasión de Cóclea y libera a la mayoría de los ghouls encarcelados mientras que Amon y Akira visitan la prisión para aprender más sobre el plan de Aogiri de Donato Porpora. En medio de las batallas entre el CCG, la seguridad de Cochlea y los ghouls, Kaneki se encuentra con un ghoul llamado Orca con órdenes de liberarlo, pero es atacado por él.

La batalla en Cochlea se intensifica en varios frentes y cuando Ayato casi muere, es rescatado en el último momento por Kaneki, quien sufre una extraña transformación después de consumir los cuerpos de varios Ghouls muertos para fortalecerse.

La aparición del " Ghoul de un solo ojo", considerado el más peligroso de todos, deja al CCG en estado de alerta mientras Kaneki se retuerce de dolor debido a su nueva condición.

Preocupado por la desaparición de Kaneki, Hinami quiere hacer algo por él, pero no está segura de que hacer, hasta que Kaneki aparece en Anteiku y ella llama a Touka para que lo vea de nuevo.

Durante la visita de Kaneki con Yoshimura, él pide información sobre el búho, y este le cuenta la trágica historia de un joven ghoul llamado Kuzen. Touka hace planes para mudarse de Anteiku. Un día nevado trae consigo negocios rápidos en la cafetería.

A Yoshitoki se le concede permiso para ejecutar la operación para erradicar al búho. Los muchos oficiales de CCG involucrados en la misión toman tiempo de antemano para escribir las últimas palabras que puedan tener, ya que el 20º Distrito está acordonado y sus civiles evacuados.

La batalla entre CCG y Anteiku continúa, y Koma, Irimi y Yoshimura se involucran con los investigadores especiales. Cuando un civil queda atrapado en el medio, Hachikawa continúa presionando su ataque sin cesar. Shinohara recibe algunos consejos inesperados.

Suzuya se enfrenta al búho de un solo ojo. El árbol Aogirise une a la batalla contra el CCG, que se sienten abrumados por la gran cantidad de oponentes. Mientras tanto, Kaneki se enfrenta a Amon, que se interpone en su camino a Anteiku.

Después de despertarse en Anteiku, Kaneki escucha decir a alguien decir que "hacer café es difícil". Al momento se revela que ese alguien es Hide. En ese momento Kaneki se da cuenta de que tiene activado su ojo ghoul, Hide le dice "Yo sabía".