Un étudiant ordinaire rencontre une jeune fille partageant sa passion pour la lecture, mais leur premier rendez-vous se termine en tragédie.

Après avoir retrouvé Hide, Kaneki s'inquiète pour la sécurité de son ami alors que son envie de chair humaine devient incontrôlable.

Après avoir appris à se mélanger aux humains, Kaneki doit gérer l'arrivée de deux enquêteurs dans le 20e arrondissement.

Tsukiyama, une connaissance de Rize aimant lire et appréciant les plaisirs de la vie, se lie d'amitié avec Kaneki.

Kaneki rend visite à Touka, souffrante, tandis que Tsukiyama reste obnubilé par Kaneki.

Maintenant que Kimi sait que Nishiki et Kaneki sont des goules, Touka veut en finir avec elle. Ne pouvant voir son père, Hinami perd la raison.

Touka décide de prendre les choses en main avec les enquêteurs, tandis que Kaneki, tout aussi excédé, envisage de lui venir en aide.

Lancés à la recherche d'Hinami, Touka et Kaneki tombent nez à nez avec Amon et Mado qui leur réservent quelques surprises.

Tentant de retrouver une vie normale, Hinami emménage avec Touka, tandis que Kaneki cherche à en savoir plus sur Rize.

Les bureaux du CCG subissent l'attaque des goules, et Kaneki est enlevé par des membres d'Aogiri Tree, un nouveau groupe d'ennemis diaboliques.

Pendant que Yamori torture son prisonnier, Kaneki, la police et le CCG s'occupent des Aogiri Tree qui ont élu domicile dans un centre commercial.

Tandis que Yamori continue à torturer Kaneki, Rize réapparaît, et Kaneki est contraint de faire un choix ayant d'importantes conséquences.

Pendant qu'Amon se joint à Shinohara et Kuroiwa dans leur combat contre La Chouette, Yomo, Tsukiyama et Uta affrontent Noro, un adversaire de taille.

Touka tente d'oublier l'absence de Kaneki en se plongeant dans les études, pendant que les membres du CCG, encore sous le choc, préparent leur prochain combat.

Un bus de la prison du CCG est pris en embuscade par des membres de l'Arbre d'Aogiri. Touka et Hinami apprennent alors que Kaneki est impliqué dans l'attaque.

En rendant visite à l'ancien père adoptif d'Amon dans l'espoir d'en savoir plus sur La Chouette, Akira et Amon tombent dans une embuscade tendue par des goules.

Des années après leur rencontre au CCG, Kurona, Nashiro et Suzuya se retrouvent nez à nez, tandis qu'Ayato affronte Shinohara.

Un retour dans l'enfance tumultueuse de Suzuya révèle la raison pour laquelle il s'est engagé auprès du CCG, tandis qu'une nouvelle serveuse remplace Touka à l'Anteiku.

Yoshimura découvre les intentions cannibales de Kaneki, tandis qu'Hinami et Tsukiyama croisent une nouvelle fois le chemin de Takatsuki.

Kaneki fait une tragique découverte en recherchant des informations sur La Chouette. Pendant ce temps, Touka envisage de quitter l'Anteiku.

Yoshitoki met à exécution son plan pour détruire La Chouette, pendant que les officiers impliqués écrivent leurs derniers mots avant de mettre leur vie en péril.

Tandis que la guerre entre le CCG et l'Anteiku s'intensifie, un civil se retrouve pris dans la mêlée. Shinohara reçoit de surprenants conseils.

Pendant que Suzuya se retrouve seul face à La Chouette et que de nouveaux combattants rejoignent la bataille, le CCG fait face à un nombre incalculable d'adversaires.

À nouveau réunis, Kaneki et Hide évoquent le passé, tandis que Kaneki rend hommage aux membres disparus de l'Anteiku.

Nous sommes dans le passé de Kishou Arima et Taishi Fura, 2 lycéens que tout oppose qui vont devoir collaborer pour stopper des goules et résoudre le mystère qui entoure le 13e quartier de Shibuya à Tokyo.

L'histoire se centre sur la rencontre entre Shû Tsukiyama et Chie Hori au lycée.

Le chef de l'équipe Quinx, Kuki Urie, et son sous-fifre Ginshi Shirazu, surveillent Tokyo à la recherche du cannibal Torso, qui mange uniquement le torse de ses victimes.

Quand Sasaki enlève le masque d'Orochi pendant leur combat, il est surpris de découvrir son véritable visage, lequel fait vaciller ses souvenirs et le rend fou. Pendant ce temps, Torso rencontre le lapin pour devenir membre d'Aogiri Tree.

Kanae apporte à Shu Tsukiyama les sous-vêtements que Chie Hori avait recueillis chez Haise Sasaki. Pendant ce temps-là, l'escouade Quinx poursuit son enquête sur Nutcracker et se déguise pour rentrer dans une boîte de nuit où elle avait été vue.

Enlevée et proposée à l'achat lors d'une vente aux enchères, Toru est vendue à la Big Madam. Cependant, Suzuya lance une attaque contre la vente.

Takizawa, désormais devenu une goule borgne fou, massacre une escouade entière d'agents de la CCG, tandis qu'une autre escouade est tuée par Nutcracker. Pendant ce temps, Sasaki et les Quinx Squad affrontent Kanae, qui se blâme pour l'état de Tsukiyama.

Sasaki souffre de multiples hallucinations à propos de Ken Kaneki, tandis que Takizawa le bat dans la salle des ventes. Big Madam, elle, combat à la fois Urie, qui devient presque fou, et Mutsuki, qui libère son kagune.

Hinami est arrêtée par des agents de la CCG dirigés par Kisho Arima. Sasaki, ayant survécu à sa rencontre avec Takizawa, tente de la sauver de l'exécution en réclamant à ce qu'elle soit mise en détention.

Tsukiyama ne parvient toujours à contrôler sa faim, ni son kagune. Tatara refuse la demande d'Ayato de sauver Hinami de Cochlea et Sasaki est approché par les enquêteurs Nimura Furuta et Shiki Kijima concernant l'enquête Rose.

Tsukiyama souhaite voir Sasaki retrouver ses souvenirs. Sasaki, lui, se rend à la boutique d'Uta et commande des masques pour toute la Quinx Squad, afin de se faire passer pour des goules pour l'enquête Rose.

Kanae se retrouve face à face avec Eto qui l'attaque ensuite avec toute sa puissance. Le même soir, Sasaki enfile le masque de Kaneki et commence une patrouille avec l'escouade Quinx, où il est reconnu par certaines goules. Il est de nouveau assailli d'hallucinations.

Tsukiyama, prêt à s'enfuir, se retrouve sur le toit face à face avec Sasaki. Pendant ce temps, Kanae est devenue folle et attaque les enquêteurs de la CCG.

Alors que la bataille se poursuit, Sasaki est attaqué par Eto, qui lui révèle sa véritable identité.

Le CCG localise le quartier général d'Aogiri Tree. L'exécution de Hinami est prévue. Le rédacteur en chef de Takatsuki est interrogé sur le fait qu'elle soit ou non une goule. Cependant, avant que Takatsuki puisse être interrogée, elle fait une annonce publique stupéfiante.

Ayato dirige un raid sur Cochlea pour sauver Hinami, il est rejoint par Touka et Yomo. Haise essaie de mettre Hinami en sécurité, mais se heurte à Furuta. Alors que les autres s'enfuient par le sous-sol, Haise affronte Arima.

L'attaque de la CCG contre Aogiri sur l'île Rushima se poursuit et Urie et Saiko sont impatients de sauver Mutsuki. Tatara et Kurona prennent position contre les enquêteurs. Akira reçoit de l'aide d'une source inattendue.

Alors que les combats sur Rushima atteignent leur paroxysme, Akira prend une décision fatidique. Urie, avec les nouveaux membres de l'escouade Quinx, poursuivent leur recherche de Mutsuki. Arima fait une révélation surprenante à Kaneki.

Kaneki rassemble les autres membres d'Aogiri Tree et d'Anteiku pour annoncer la création d'une nouvelle organisation de goule. Le traitement d'Akira prend une tournure inattendue. Yomo et Touka essaient tous deux de faire la paix avec leur passé.

Les enquêteurs du CCG qui étaient proches de Haise ont réagi à son départ. Furuta prend la tête du CCG et propose une nouvelle stratégie pour faire face aux goules. Les Clowns commencent à se déchaîner, menaçant le quartier général du CCG.

Sous Furuta, le CCG réprime durement contre la communauté des goules, forçant Goat à passer sous terre. Takeomi et Yoriko ont fixé une date de mariage. Mutsuki localise Kaneki et l'invite à revenir. Touka passe à l'étape suivante avec Kaneki.

Mutsuki mène les Oggais dans le repaire souterrain de Goat. Urie et Kuroiwa affrontent Furuta dans son bureau au sujet de sa capacité à diriger. Kaneki et Suzuya se font face au combat. Kaneki se donne beaucoup de mal pour protéger Touka.

Alors que le Dr Kanou visite la tombe de sa famille, Kurona l'affronte. La CCG acquiert un nouvel allié et expert sur les goules. Hide sollicite l'aide d'Akira et d'Amon pour plaider sa cause devant le CCG. Un Mutsuki découragé s'en prend à Saiko et Urie.

Kaneki entretient un dialogue intérieur avec Rize, tout en sommeillant dans son kagune. Urie parle à Mutsuki des difficultés d'y aller seul. Une crise met la ville en état d'alerte, forçant la CCG et les goules à travailler ensemble.

Suite à l'augmentation de l'activité des dragons et à la découverte d'un deuxième noyau, Kaneki et Ayato se portent volontaires pour s'en occuper. Lorsque Kaiko et les membres de V lancent une attaque, la CCG et les goules doivent se battre ensemble pour les arrêter.

Kaneki et Furuta poursuivent leur duel sous les rues de Tokyo, alors que la CCG et Goat continuent de combattre ensemble les membres de V en surface. Kaneki s'adapte aux événements des dernières années.