Rot und sein Rivale Blau verfolgen nur ein Ziel: Sie wollen Prof. Eichs lang gehegten Traum, den Pokédex zu vervollständigen, endlich erfüllen.

Rot besucht auf seiner Reise zunächst das Pokémon-Clubhaus. Dort erzählt man ihm die tragische Geschichte des kleinen Tragosso, das aufgrund der dunklen Machenschaften einer Organisation namens Team Rocket großes Leid erfahren musste.

Nach seiner Ankunft in Saffronia City muss Rot feststellen, dass Team Rocket überall seine Finger im Spiel hat. Die größte Überraschung erwartet ihn jedoch in Vertania City.

Nachdem Rot die Top Vier auf dem Indigo Plateau besiegen konnte, ist er bereit, den Champ herauszufordern und so eine neue Dimension seiner Kräfte zu erforschen.