Quinze ans après la guerre entre l'empire Vers établi sur Mars et l'Union Terrienne, la princesse Asseylum Vers Allusia se prépare à se rendre sur Terre pour une visite diplomatique. Les relations entre les deux planètes pourraient se normaliser enfin.

Les forteresses martiennes ont atteint la surface et une bataille sans merci s'engage. Pendant que les militaires tentent de contenir l'invasion, les civils n'ont d'autre choix que d'évacuer les zones de guerre.

À l'abri dans l'école, Inaho et ses amis préparent leur matériel. Ils vont bientôt repartir affronter le cataphracte martien pour permettre l'évacuation des réfugiés, mais leur adversaire est indestructible.

Alors qu'Inaho et ses amis peuvent souffler un peu en attendant l'arrivée du Wadatsumi, Asseylum cherche à communiquer avec les siens pour arrêter la guerre.

L'empereur de Vers cherche à reprendre la main après l'assassinat de sa petite-fille. Mais nombreux sont ceux qui cherchent à l'influencer, pour prolonger ou, au contraire, arrêter la guerre.

Toujours en fuite, le Wadatsumi cherche à se ravitailler sur Tanegashima, loin des affrontements. Pour Marito, cette île est porteuse de souvenirs tragiques.

Slaine vole au secours des Terriens, mais gagner leur confiance à bord de son appareil martien n'est pas gagné d'avance.

La princesse Asseylum doit expliquer ses intentions après avoir révélé son identité aux Terriens. Slaine doit aussi rendre des comptes, mais dans des conditions bien plus délicates.

Slaine, désormais aux mains de Saazabaum, en apprend plus sur ce dernier. La princesse Asseylum s'adapte à la vie sur Terre, pendant que l'entraînement militaire des lycéens s'intensifie.

Sans propulseur Aldnoah, le Deucalion est immobilisé. L'équipage cherche à comprendre la raison de la panne, ignorant tout du drame qui vient de se dérouler. En orbite, Saazbaum continue de détailler ses motivations à Slaine.

La trêve tant espérée est tuée dans l'œuf. Saazbaum lance sa forteresse à l'assaut du QG de l'Union terrienne. Le Deucalion doit repartir au combat avec son équipage…

L'attaque de la forteresse de Saazbaum se poursuit, malgré les revers. Seule la désactivation du propulseur Aldnoah pourrait sauver le QG de l'Union.

19 mois après la bataille de la forteresse, la guerre continue entre l'Union terrienne et l'empire Vers. L'équipage du Deucalion se prépare à repartir pour une nouvelle mission.

Les deux camps se préparent à l'imminence d'une bataille décisive qui se déroulera dans la ceinture d'astéroïdes. Côté martien, les intrigues continuent dans les coulisses du pouvoir impérial.

Saazbaum accorde de plus en plus ouvertement sa confiance à Slaine, ce qui n'est pas apprécié par tous côté martien. Mais la bataille qui approche permettra à chacun de prouver sa loyauté.

Le Deucalion et son équipage sont renvoyés sur Terre, où ils sont attendus par Yuki et le capitaine Marito. Slaine continue de s'affirmer dans son rôle de noble, ce qui ne va pas sans faire grincer des dents du côté martien.

Le Deucalion est toujours à quai et les Terriens veulent tirer profit de la capture du comte Mazuurek. Inaho souhaite l'interroger, aidé de sa machine analytique.

La guerre se poursuit sur Terre. Slaine se prépare à affronter le comte Marylcian, voyant dans ce duel une occasion d'asseoir son pouvoir.

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Slaine continue sa conquête du pouvoir. Pour éviter toute rébellion, il demande à Harklight d'identifier les Chevaliers Orbitaux qui pourraient contester son autorité.

Les forces terriennes sont forcées de se retirer de la bataille où les Martiens engagent plusieurs cataphractes simultanément. Dans l'espace, le comte Mazuurek tente d'en savoir plus sur les révélations que lui a faites Inaho, pendant qu'Asseylum cherche à retrouver ses souvenirs.

L'Union terrienne lance l'assaut contre les trois comtes martiens qui combattent ensemble. Mais le principal obstacle sur la route de Slaine pourrait bien être les deux princesses, Asseylum et Lemrina, plutôt que la résistance terrienne.

Le QG de l'Alliance terrienne sollicite une fois de plus le Deucalion pour participer à une offensive contre les Martiens. Cette fois, les cibles sont la base lunaire et la forteresse de Slaine. Inaho n'a jamais été aussi proche de revoir Asseylum…

Pendant que Terriens et Martiens fourbissent une fois de plus leurs armes en prévision d'une nouvelle confrontation, Asseylum cherche des alliés pour reprendre la main et s'opposer aux projets destructeurs de Slaine.

Malgré l'appel à la paix lancé par Asseylum, certains chevaliers de Mars refusent de cesser le combat. Inaho et Slaine se retrouveront face à face dans ce dernier combat.