Charlie et Franck s'interrogent sérieusement sur l'avenir de leurs projets. Abby prend des risques.

A Los Alamos, la conception de la bombe progresse. Il est désormais question d'organiser un essai grandeur nature. Charlie, dont la position a évolué, tient maintenant un rôle important dans la mise au point de cette arme inédite.

Robert Oppenheimer place Charlie dans une situation délicate. En effet, le responsable des équipes de recherche n'hésite pas à sacrifier les individus si cela peut faire avancer son projet. Charlie joue serré, alors que les services secrets continuent de harceler les savants, à la recherche de taupes éventuelles.

Frank Winter, qui a été longtemps détenu en prison à cause de son double jeu mené sur le site secret, a enfin été libéré, notamment grâce à Liza. Il est maintenant revenu sur le site de recherche et tente de regagner l'influence qu'il avait perdue. Le projet Manhattan progresse néanmoins.

Tandis que le projet vascille et semble de plus en plus menacé, Charlie se tourne vers un partenaire improbable pour lui demander de l'aide...