Annalise dichiara alla polizia che probabilmente Sam è fuggito per aver ucciso Lila. I Keating Four non sono sicuri di cosa Annalise sappia del loro coinvolgimento nell'omicidio di Sam. Annalise riesce a convincere la corte che Rebecca non ha niente a che fare con la morte di Lila e la ragazza è assolta da ogni accusa. Connor e Michaela contemplano l'idea di costituirsi e incolpare Wes e Rebecca dell'omicidio di Sam. Discutono con Laurel se lei voglia far parte del piano ma quest'ultima lo rivela a Wes e Annalise. Come risposta, Annalise spiega che costituirsi non farà nient'altro che peggiorare la situazione. Giura di proteggerli per sempre e dice loro di doversi fidare di lei. Annalise racconta a Frank ciò che è successo veramente a Sam. Alla fine, Connor chiama Annalise facendole sapere che la sorella di Sam, Hannah, una psicologa, si trova in città e rifiuta di credere che Sam abbia ucciso Lila.

La cognata di Annalise, Hannah Keating, arriva a Middleton, disperatamente desiderosa di risposte sulla presunta scomparsa di Sam. Inquieta del disdegno di Hannah per lei, Annalise la evita e si focalizza invece sul caso di Jackie Wilson, una donna il cui marito ha abusato sessualmente di lei e di altre due giovani donne rapite e nascoste nel seminterrato della loro casa. Laurel confida a Frank che comincia a preoccuparsi del loro insabbiamento, soprattutto a causa dell'abbondanza di prove forensi presente nel SUV di Connor, e così, mentre Connor passa del tempo con Oliver, Frank ruba la macchina e la distrugge. Si scopre poco dopo che Jackie non è una vittima innocente, poiché in passato aveva rubato la figlia apparentemente morta di una delle ragazze sequestrate e la stava segretamente crescendo. Quindi Annalise abbandona il caso e tradisce Jackie, lasciandola a scontare il lungo periodo in prigione per i suoi crimini. Nel frattempo Hannah, che ha seguito Annalise, la fronteggia e le chiede di dirle la verità sulla scomparsa di Sam. Annalise ammette di aver mentito alla polizia riguardo alla relazione di Sam con Lila, ma sostiene di non sapere nulla riguardo alle condizioni di Sam, e ciò sembra soddisfare l'ostinazione di risposte da parte di Hannah. Wes ritorna a casa e vede in diretta sul notiziario che i resti di Sam sono stati rinvenuti presso una discarica.

Quando i resti di Sam vengono scoperti, la polizia sospetta che Annalise sia in qualche modo coinvolta nella sua morte, incoraggiati anche dalla sorella di Sam, Hannah, che accusa immediatamente Annalise dell'omicidio. Frank avverte Laurel che lei, Wes, Connor e Michaela non possono più contattare Annalise dato che i loro cellulari sono controllati dalla polizia. Hannah racconta al giudice che Annalise una volta minacciò di uccidere Sam e ciò è sufficiente per rilasciare un mandato per ispezionare la sua casa, ma non vengono trovate prove. Bonnie affronta Annalise dicendo che lei sa che i Keating Four hanno ucciso Sam e la mette in guardia sul fatto che proteggerli potrebbe rovinare la sua carriera. Annalise incarica Frank di irrompere a casa di Nate e incastrarlo per l'omicidio rimuovendo le sue impronte digitali da un bicchiere e posizionandole sull'anello del marito. I poliziotti arrestano quindi Nate per l'omicidio di Sam. I Keating Four sono scioccati quando Nate è accusato del delitto che in realtà loro hanno commesso, mentre Michaela ricorda la promessa fatta da Annalise. Annalise, distesa sul suo letto e pervasa dal senso di colpa, chiama sua madre in cerca di aiuto.