Коул и Райли пытаются отследить доктора Анри Туссена, единственного человека, кроме Дженнифер Гоинз, который знает секрет «Тёмной комнаты». Они обнаруживают, что он был убит неизвестным во время работы с доктором Райли на Гаити в 2014 году. Коул отправляется в 2014 год на Гаити, для того, чтобы допросить Анри. В этом времени Коул не должен вступать в контакт с «версией доктора Райли 2014-го года», чтобы не изменить временную линию: т.к. этот отрезок времени происходит после первой встречи с ним (в 2013), но ещё до второй, что может помешать ей встретить Коула в 2015 году. Он находит Анри, но «Человек со шрамом» настигает их. «Доктор Райли - 2014» осознает, что вспышка эпидемии на Гаити - это, возможно, первое появление чумы 2017 года.

В 2043, «West VII» нападет на объект, где расположена машина времени, войдя через скрытый туннель. Рэмзи и Джонс, по-видимому, убиты, но они успевают послать Коула назад во времени в 2015. Оказаться в назначенной точке не получилось, машина времени, в результате нападения, отправляет Коула назад на несколько дней. И, создав временной парадокс, он попадает в плен к Диакону и вынужден раскрыть местонахождение скрытого тоннеля, проход через который удался лишь потому что Коул вернулся в это время, а не в назначенный 2015-ый год.

Вернувшись в 2043, Коул попадает в альтернативное будущее, где «West VII» захватили объект с машиной времени. Он узнает, что в истории этого альтернативного 2043, д-р Райли был убита в 2015 году, в результате чего произошли радикальные изменения во временной линии: чума появилась раньше, в 2014, и была связана с событием, под названием «Операция Троя», в Чечне. Коул убеждает лидера «West VII» (теперь это Рэмзи), чтобы Джонс помогла отправить его назад во времени, чтобы он мог предотвратить смерть «д-ра Райли-2015» и изменить историю.

В 2043 году Джонс посылает Рэмзи и Уитли в "Спирхэд", военную колонию, чтобы попросить помощи в стабилизации энергии ядра машины времени. Джонс и Уитли когда-то жили в ней, но оставили её после того, как нынешний лидер, полковник Фостер, пришел к власти путём насильственного переворота.

В 2043 году Джонс утверждает что Фостер лжет и лекарство от вируса никогда не будет найдено, и любыми способами хочет заполучить ядро, чтобы спасти "затерявшегося во времени" Коула. Находясь в 2017 году в Чечне Коул узнаёт, что доктор Райли до сих пор борется с вирусом и работает в ЦКЗв Балтиморе. При попытке прорваться через карантинный периметр его захватывает группа солдат ООН и увозит.

Коул отправляется в 2015. Коул вместе с доктором Райли находят рабочий журнал доктора Оливера Питерса, который указывает им на Токио 1987 года. В 2043 Рэмзи сжигает документы доктора Джонс, которые помогали им в поисках источника чумы и похищает сыворотку для путешествия во времени.

В 1987 в Токио, Коул пытается остановить Лиланда Гоинза, который приобретает оригинальный образец чумы. Коулу мешает Рэмзи и в процессе драки, Рэмзи заключают в тюрьму. В тюрьме с ним связывается Оливия, таинственный член Армии 12 обезьян.

В 2015 доктор Райли находит «доктора Катрину Джонс-2015» и просит её о помощи Коулу, который умирает от побочных эффектов при путешествиях во времени. Дженнифер Гоинз смещает генерального директора Маркридж-групп и ставит себя на его место. В 2043 доктор Джонс пытается восстановить машину для путешествия во времени.

В 2015 Коул и доктор Райли допрашивают Аарона про «Армию 12 обезьян». После этого они находят лабораторию где произведена сборка машины для путешествия во времени и встречаются там с Рэмзи, который хочет воспользоваться ею, чтобы вернуться к сыну в 2043-ем. В 2043 Дьякон и группа из 12-ти человек врываются в лабораторию. Джонс решается на отчаянный ход - взорвать машину, но внезапно появляется раненая Кассандра Рейли.

2016 год, Коул и Рамзи находятся в бегах от Армии. Они просят Бенджамина Калмана, бывшего учёного Маркридж, удалить отслеживающее устройство из Рамзи.

2016 год, Коул уговаривает Дженнифер не выпускать чуму. Он и Райли уничтожают запасы вируса Дженнифер, изменяя историю, хотя они, Рамзи и Джонс все еще помнят предыдущую временную линию благодаря наркотику для путешествий во времени.

Рамзи отправляется в 1944 год, чтобы спасти Коула и Райли. Хотя он не в состоянии остановить убийство Томми, он освобождает их от агента ФБР Роберта Гейла.

Дженнифер Гоинз в 2016 году решает создать собственную армию и собирает группу под названием Гиены. Вместе со своими сумасшедшими сторонниками она собирается одолеть армию 12 Обезьян.

Верность Коула подвергается испытанию, после того как Рамзи и Райли обманом совершают несанкционированный прыжок во времени и отправляются в 1961 год в Восточный Берлин для важной миссии.

Коул и Джонс находятся в центре попытки захвата власти, в то время как машина времени оказывается на грани уничтожения.

Коул и Райли пытаются остановить в прошлом временной парадокс. В это время Рамзи, Дженнифер и Дикон отчаянно пытаются пережить предстоящий апокалипсис, чтобы найти Свидетеля.

После долгой борьбы Коулу и Райли наконец-то удается найти свое место в прошлом, где они могут жить в мире. Однако вскоре Коул сталкивается с таинственной женщиной, которая рассказываем ему о своем апокалипсическом видении.

В постапокалиптическом 2163 году отчаявшийся Коул продолжает поиски Титана. Тем временем, армия 12 обезьян ждет появления Свидетеля, а находящаяся у них в плену Райли должна сделать самый трудный выбор в своей жизни.

В поисках Дженнифер Гоинз Коул и Джонс отправляются во Францию после Первой мировой войны. Там они сталкиваются с крайне опасной группой путешественников во времени — так называемыми Стражами.

Доверие между старыми друзьями подвергается серьезному испытанию, когда Рамзи возвращается в убежище Джонс вместе с давним врагом, захваченным им в плен. Коулу и Джонс приходится решать, насколько далеко они готовы зайти ради получения ответов, которые им необходимы.

Джонс понимает, что время снова не на их стороне, и отправляет Дженнифер и Дикона в 1989 год, для того, чтобы украсть Слово — священный документ о жизни Свидетеля. Райли и Коул осознают, что им необходимо добраться до Слова раньше своих друзей, чтобы сохранить свой самый большой и опасный секрет.

Кэсси изо всех сил пытается не дать Джонс умереть, и как оказывается — не напрасно, ведь когда Оливия выслеживает беглецов, именно Катарина предлагает спутникам действенный способ уйти от преследования.

Пути Рэйли и ее спутников расходятся, когда Кэсси, не желающая оставлять прошлое неизменным, получает возможность вернуться в 1971 год, чтобы отыскать и уничтожить Оливию.