Повернувшись в 2043, Коул потрапляє в альтернативне майбутнє, де «West VII» захопили об'єкт з машиною часу. Він дізнається, що в історії цього альтернативного 2043, лікар Райлі загинула в 2015 році, в результаті чого відбулися радикальні зміни в тимчасовій лінії: чума з'явилася раніше, в 2014, і була пов'язана з подією, під назвою «Операція Троя», в Чечні. Коул переконує лідера «West VII» (тепер це Ремзі), щоб Джонс допомогла відправити його назад в часі, щоб він міг запобігти смерті «лікаря Райлі–2015» і змінити історію.

В 2015 році Коул і лікар Райлі допитують археолога про давній артефакт, пов'язаний з «армією 12 мавп» і, дізнавшись, що вона має коріння в Чечні, Коул робить спробу потрапити туди. Вже будучи в Чечні, Коул отримує вірус, але потрапляє в полон до Векслера і його людей. Маркер і лікар Райлі інформують ЦРУ, що «операція Троя» пішла не так, як планувалося.