Cole poursuit ses allers-retours en 2163 vers Titan dans l'espoir de retrouver Cassie, Ramse et Jennifer. A la demande de Jones, Hannah se joint à lui.

Coincée en France en 1922, Jennifer envoie des messages à Jones dans le futur mais elle est repérée par l'un des cavaliers de l'apocalypse.

Une vieille ennemie met en place un nouveau plan particulièrement dangereux qui pourrait briser des liens et détruire la réalité...

Cole doit affronter l'inimaginable pour sauver la femme qu'il aime. Il doit la faire s'échapper de Titan, la citée qui voyage dans le temps...

Pour trouver le Témoin, Railly et Cole doivent se rendre dans l'époque la plus terrible : les années quatre-vingt. Ils sont donc envoyés en 1989 à la recherche d'un document sacré qui pourrait les mener sur les traces de la redoutable armée des 12 Monkeys...

L’origine de l’Armée des Douze Singes a été dévoilée. Mais quel rôle Christopher Lloyd joue t-il dans cette histoire ?...

Katarina et son équipe mettent au point leur mission ultime pour tenter d’éliminer le témoin enfant. Ils savent où et à quelle époque les gardiens élèvent le garçon. Ils décident donc de se rendre en 1953 et de voler un prototype de brouilleur à impulsions électromagnétiques au laboratoire Raritan afin de mettre hors service les cuirasses des gardiens et les empêcher de se fragmenter quand ils arriveront pour tuer le témoin...

Une course se déroule contre d’anciens amis devenus des ennemis pour trouver le témoin en 1904. Ce n’est qu’au dernier instant qu’il révèle son visage...

Dans les appartements du témoin, Cassie et James tombent sur des dizaines de livres rédigés par Athan. Ils découvrent qu'il a été bloqué en 1891 suite à une pièce défectueuse dans sa cuirasse de fragmentation.

Des enfants découvrent Jennifer dans le mausolée qu'elle avait dessiné après une vision, et où elle semble attendre «l'homme qui meurt». En 1891, Cole et Cassie ont retrouvé Athan dans une église, et ils essaient de le dissuader de retourner à Titan.

Alors que l'humanité est toujours menacée par une épidémie, le dernier combat contre l'Armée des douze Singes commence quand le Témoin revient au Projet Fragmentation...

Quand ils sont amenés à se déplacer autour de leur propre chronologie, les voyageurs doivent affronter des fantômes de leur passé...

Cassie voyage dans le temps. Elle y confronte une jeune Olivia. Pendant ce temps, Cole vient en aide à Jennifer, qui cherche un sens à sa vision finale...

La team Splinter remonte le temps à la frontière sauvage à la recherche d'une arme pour détruire le témoin...

Un indice permettant de briser le cycle amène Cole et Cassie dans les années 60. Tandis que Zalmon Shaw est de retour pour les empêcher d'accomplir leur quête...

L'équipe infiltre une fête nazie pour voler un objet appelé «Die Glocke». La résistance française interfère et l'opération échoue. Un invité inattendu fait irruption...

Katrina Jones envoie sa fille Hannah dans le passé une dizaine d'années avant sa naissance, en 2007, pour une mission qui pourrait bien être la clef de toute l'histoire...

Tout change quand l'équipe monte les escaliers et sonne la cloche au Moyen-âge...

C'est le début de la fin, alors que Cole et Cassie embarquent pour leur dernière mission dans le temps pour tenter de sauver le monde du désastre...

La bataille finale contre le Témoin comme le destin du temps et de l'humanité est en jeu. Toutes les pièces se rejoignent finalement pour marquer la fin du début...

Quand tout espoir est perdu, Cole doit compléter son cycle de sorte que son moi plus jeune arrivera un jour à la fin avec la réponse...