Tokaku Azuma est transférée dans la dixième classe Noire de l’académie Myojo, un internat pour filles, pour une mission d’assassinat. Sa cible, qui est aussi celle de ses camarades de classe, tous assassins, est Haru Ichinose. Mais Tokaku est troublée par la jeune fille et semble se poser des questions sur sa mission.

Tokaku Azuma fait la connaissance de nouvelles camarades. La classe Noire étant désormais au complet, une réunion est programmée le soir pour en exposer les règles. Sans attendre jusque-là, Isuke Inukai tente de s’en prendre à Haru après l’avoir droguée. Mais Tokaku fait irruption et la sauve. Désormais, elle doit choisir son camp.

Les hostilités commencent, et c’est Otoya Takechi qui ouvre le bal. Haru reçoit sa déclaration anonyme, mais le cache à Azuma Tokaku, qui se méfie cependant de l’attitude soudainement amicale d’Otoya. Cette dernière parvient à paralyser Haru et dévoile son vrai visage.

Pour les lycéennes de la dixième classe Noire, c’est l’heure des examens. Mais Haru Ichinose n’est pas pour autant à l’abri d’une nouvelle tentative d’assassinat et, cette fois, c’est Koko Kaminaga qui passe à l’action…

Pour fêter l’anniversaire de la fondation de l’académie Myojo, les lycéennes de la dixième classe Noire vont devoir jouer une pièce de théâtre. Les préparatifs avancent bien et la bonne humeur semble régner. Mais cela ne va pas durer, car Sagae Haruki a décidé de passer à l’attaque…

C’est la fête de l’académie Myojo, et la classe Noire s’apprête à jouer « Roméo et Juliette ». En coulisse se joue pourtant une partie bien plus dangereuse : sous son air inoffensif, Hitsugi Kirigaya se révèle une empoisonneuse sans pitié…

Shuto Suzu emmène ses camarades de classe dans le magnifique parc aquatique de l’académie Myojo. Mais ce moment de détente prend vite une autre tournure quand elle attache une bombe sur le cou de Haru, qui a alors jusqu'à minuit pour résoudre quatre énigmes…

Il reste peu de lycéennes dans la classe Noire, l’académie semble bien déserte. Cependant, un typhon approche, et Haru reçoit une nouvelle déclaration d’assassinat. Azuma parviendra-t-elle à la protéger ? Le danger ne semble pas être là elle l’attendait…

Isuke et Shinya ont conclu un accord afin de s'en prendre ensemble à Haru et Tokaku. Les deux amies sont séparées et en fâcheuse posture car Isuke connaît le point faible de Tokaku : elle ne peut pas tuer. Tokaku réussira-t-elle à protéger Haru ?

Alors que M. Mizogori, démoralisé en voyant sa classe se vider peu à peu, cherche des explications, Sumireko Hanabusa invite Haru à une « tea party ». Mais celle-ci s’avère être un piège savamment orchestré, qui devient très dangereux quand Hanabusa dévoile sa véritable apparence.

Haru et Tokaku ont vaincu tous les assassins de la classe Noire. Haru pourra-t-elle désormais vivre normalement, comme elle l’espérait ? Rien n’est moins sûr, car Nio annonce une réunion pour dévoiler le véritable but de la classe Noire, et la surprise sera de taille…

Alors que l’on croyait la classe Noire terminée, une dernière adversaire entre en scène. Et pas n’importe laquelle, puisqu’il s’agit de Tokaku Azuma. Mais est-ce vraiment elle ? Et que cherche-t-elle à prouver ?