不死の船員会を処分し、議会を停止した小林艦長は、独断でシドニアの進路をレム恒星系の第九惑星ナインに向ける。目的は、第七惑星セブンに侵攻する大シュガフ船の殲滅。惑星セブンの死角となる惑星ナインから総攻撃を仕掛けるという。避けることのできない奇居子(ガウナ)との全面戦争。そして、一部民衆に広がる融合個体つむぎへの反感。奇居子の駆逐を誓う長道(ながて)だったが、この状況に複雑な思いを抱いていた……。

無数の奇居子(ガウナ)本体を放出したガ550。先行したつむぎは袋状の構造体となった第1群に捕らえられるが、岐神は絶好の機会とばかりに、つむぎのツメに仕込んだ人工カビの力を試そうとしていた。一方、つむぎのあとを追う長道(ながて)たち衛人(もりと)隊は、放出された奇居子の第2群を迎撃することに。撃ち漏らしを避けるため、各小隊ともに二重の陣形で奇居子の侵攻を阻止するが……あることで状況が一変する。

寮を出ることになり、行くあてのない長道はイザナを頼ることに。イザナの家では不思議な音がするというが、その正体はつむぎだった。あと何回くらい長道たちに会えるのかと考えたつむぎは、切なさのあまりイザナの家に飛び込んできたという。長道はそんなつむぎを励まし、彼女のためにと新たな物件探しを始める。一方、大シュガフ船との戦いにむけて、小林艦長は着々と準備を進めていた。そして、新兵器の起動実験が始まる――。