謎の異生物・奇居子(ガウナ)によって太陽系を破壊され、わずかに生き残った人類は巨大な恒星間宇宙船シドニアでの旅を余儀なくされた。その出航から、約1000年――。シドニアの地下で祖父にひっそりと育てられた谷風長道(たにかぜ ながて)は、祖父の死後、食料が尽きたことで地上へ出ると、米泥棒の容疑で逮捕されてしまう。窮地を救ってくれたのはシドニアの艦長だった。彼女に保護され、人型巨大装甲・衛人(モリト)の操縦士訓練学校に入学することになった長道は、初めて見る祖父以外の人間たちと交流を深めていく。そして、かつての英雄が乗っていたという一七式衛人(モリト)白月改・継衛(ツグモリ)を与えられ、初任務に就くのだが……。100年ぶりに姿を現した奇居子に遭遇してしまう。

資源の採掘任務を命じられ、小惑星へ出撃した訓練生たち。任務は簡単なものであるはずだったが……突如、採掘地点に奇居子(ガウナ)が出現し、訓練生たちへ攻撃を仕掛けてきた。奇居子の一撃によって長道は心肺停止状態となり、山野栄子は捕食されてしまう。奇居子を少しでも遠ざけようと、シドニアに搭載された重質量砲の発射を命令する艦長。同時に息を吹き返した長道が奇居子に応戦し始めるが、着弾までの猶予はない。着弾の寸前、手を差し伸べてくれたのは星白だった。彼女に救われ、無事シドニアに帰還した長道は、奇居子の脅威を実感し、決意を新たにするのだった。