Nagate har levet isoleret hele sit liv og skal vænne sig til livet i en gammel rumkoloni og samtidig uddanne sig til pilot for at bekæmpe en ældgammel trussel.

Nagate plages af sin første kamperfaring mod Gauna-monstrene. Senere møder han Sidonias elitepiloter

Nagate udforsker Sidonia og bliver uvenner med Kunato, mens han prøver at forsvare en ven. Gauna-monstrene angriber og tvinger piloterne til at handle.

Efter en katastrofe på Sidonia beordres Nagate og hans team til at hente et værdifuldt våben. Senere vælger han dog ikke at adlyde for at redde en ven.

Nagate og Shizuka driver omkring i rummet og er ved at løbe tør for forsyninger, mens de venter på at blive reddet af Sidonia, som er for langt væk til at sende hjælp.

Nagate og hans gruppe bliver endelig piloter og sendes hurtigt i kamp, da fjenden vender tilbage. Kunato undersøger Nagates baggrund.

Fjenden viser sig at være endnu større og endnu farligere end hidtil troet, hvilket tvinger tre styrker ind i en dødelig kamp.

Nagate bebrejdes for et nederlag og har dårlig samvittighed over et dødsfald. Sidonias tidlige år afsløres.

Gauna-monstrene finder en bekymrende måde at demoralisere og bekæmpe angrebsstyrken på. Nagate vender tilbage til Sidonia med noget, der måske kan hjælpe i kampen.

En stor angrebsstyrke overrumples af en fjendtlig enhed. Nagate gør, hvad han kan for at beskytte sine venner.

Nagate havner i en intensiv kamp med fjenden, og angrebsstyrken klarer sig ikke så godt i et angreb på Gauna-monstrene.