Yui Kusanagi, une lycéenne normale, a vécu une vie normale dans le sanctuaire avec ses parents et ses frères, jusqu'à ce qu'elle tombe sur une étrange épée rougeoyante dans le magasin. En le touchant, elle est transportée dans un autre monde parallèle sous la forme d'une école entourée de beaux jardins, avec l'épée miniaturisée comme un pendentif autour du cou. Zeus, le roi des dieux et créateur de cet univers, lui dit que le lien entre les dieux et les humains, une fois intimes, a commencé à s'affaiblir, ce qui ne fera que provoquer un désastre dans le futur. Pour éviter un avenir terrible, Zeus charge Yui d'enseigner le cœur humain aux 8 dieux rassemblés ici dans cette école.

Yui rencontre les 8 dieux: le dieu grec du soleil Apollon Agana Belea, le dieu grec des enfers Hadès Aidoneus, dieu grec du vin et des joyeux Dionysos Thyrsos, dieu japonais de la lune Tsukito Totsuka, dieu japonais de la mer Takeru Totsuka, Dieu nordique de la lumière Balder Hringhorni, dieu nordique du feu Loki Laevatein et dieu nordique du tonnerre Thor Megingjard. Certains d'entre eux sont gentils et amicaux envers elle alors que d'autres sont hostiles. Rassemblés dans le hall, Zeus explique la situation à tous, décrétant qu'ils ne peuvent pas quitter cet univers jusqu'à ce qu'ils obtiennent leur diplôme, ce qui ne peut se faire que sous deux conditions: le conteneur sur le lustre est rempli pour indiquer leurs connaissances et les bijoux les entraves liant les pouvoirs des dieux se désintègrent d'eux-mêmes. Nommant Thoth Caduceus, le dieu égyptien de la connaissance, en tant que professeur, l'école commence officiellement avec la cérémonie d'entrée.

Thoth annonce soudainement que demain est l'été, conformément à la décision de Zeus de changer de saison. Bien que plusieurs dieux jouent à l'école, les autres réussissent à susciter leur intérêt pour l'école en créant une école de bord de mer, dans l'espoir de leur montrer le côté amusant de l'école. Le changement de saison, cette fois-ci en automne, les oblige à se réchauffer dans une maison voisine. Alors qu'Apollon essaie de rendre l'école de bord de mer amusante même en automne, Thor et Loki décident de partir, affirmant qu'il n'a pas le droit de les commander car il est également étudiant. Cela incite Yui à lui donner le titre de «président du conseil étudiant». Apollon, heureux, trouve le moyen de rendre l’école de bord de la mer amusante en terminant la nuit avec des feux d’artifice achetés au magasin de l’école, qui vend tout et n'importe quoi.

Yui, en accord avec la tentative de Zeus de modeler l'école après les écoles humaines, décide d'introduire des activités de club, ce que Thoth décide également de rendre obligatoire. Alors que tout le monde est excité et intéressé, Hadès refuse de participer à des activités de groupe. Yui découvre plus tard que, même si Hades est constamment sombre et introverti, il aime regarder les étoiles. En dépit de ses affirmations selon lesquelles le malheur va lui arriver si elle est trop proche, Yui refuse de le laisser seul, surtout après l'avoir sauvée de la noyade. De Apollon et Dionysos, elle fait des gâteaux de riz aux fraises préférés de Hadès lui remonter le moral, lui demandant de révéler un tatouage hideuse sur sa poitrine causée par les rancunes de nombreux qui regrettent leur mort - la cause du malheur. Comme il la rejette une nouvelle fois, Yui croit qu'il veille sur chacun en s'isolant et décide de le rendre heureux.

Thoth ordonne à Yui de faire en sorte que Takeru, qui n'a pas encore rejoint un club, le fasse. Cela s'avère difficile avec son attitude rude et son tempérament hostile, jusqu'à ce qu'il remarque sa pratique du sabre. Takeru, affirmant que Yui veut seulement qu’il rejoigne un club pour qu’elle puisse obtenir son diplôme et partir, décide de passer un accord avec elle: si elle peut gagner, il rejoindra volontairement un club. Yui perd le duel, auquel Takeru pense que c'est parce qu'elle est faible dans sa formation, contrairement à lui qui travaille tous les matins. Elle décide de le suivre le matin pour s'entraîner et, espérons-le, mieux comprendre.

Tsukito a été choisi comme membre disciplinaire, mais à cause de son empressement à assumer ses responsabilités, il perd le sommeil et s'évanouit. Thoth le menace, s'il fait quelque chose comme ça, il sera suspendu, ce qui rendra Tsukito extrêmement déprimé et déterminé à découvrir la raison de ses erreurs. En réponse, Loki donne malicieusement à Tsukito et à Yui une paire d’anneaux d’amoureux qui se collent les mains et sont inamovibles jusqu’à ce qu’ils acquièrent une compréhension profonde du cœur de chacun. Les deux se sont mis en rapport pour préparer un festival d'observation de la lune, auquel Tsukito révèle comment il ne remplit que ses fonctions et ne jouit jamais de rien, au grand dam de Yui. Les anneaux se brisent finalement lorsque Tsukito admet avoir trouvé des choses amusantes avec lui.

Balder s'attache davantage à Yui à cause de son caractère unique en ce sens qu'elle n'est pas affectée par son charisme naturel en tant que dieu nordique de la lumière. À mesure que la saison redevient hivernale, Yui et les dieux décident de créer un festival culturel basé sur Noël, divisé en groupes fondés sur leur héritage. Comme Yui est japonaise, elle doit travailler avec les dieux japonais, à la jalousie de Balder. Il l'entraîne partout avec lui jusqu'à ce que Loki soit complètement frustré, confrontant son ami à propos d'une promesse faite en tant qu'enfants de rester toujours ensemble, croyant que Yui venait entre leur amitié.

Yui a essayé d'éviter Balder et Loki après leur dispute. Bien que Loki lui dise de rester à l'écart de Balder pour sa propre sécurité, cette dernière l'emmène avec succès et tente de la séduire. Lorsque Loki les trouve et que Balder se déchaîne. Sachant que Yui ne le cache pas, il explique comment Balder possède un pouvoir inné en tant que Dieu de Destruction, qui sera libéré lorsque ses émotions deviendront instables, le faisant agir différemment, bien qu'il se réveille sans aucun souvenir après. Alors que le reste des dieux libère des lanternes dans le ciel, inconscient de ce qui se passe, Loki dit à Thor qu'il va tuer Balder.

6 mois ont passé et un beau jour, Thoth déclare soudainement que les examens de mi-parcours ont lieu dans 3 jours, choquant Yui. Ils tentent d'étudier ensemble en utilisant les notes parfaites de Tsukito, mais un Yui a fait des rêves étranges du passé d'Apollon, alors qu'Apollon a également perdu le sommeil. De ses rêves, Yui découvre une femme nommée Cassandra qu'Apollon a tant aimée au point qu'il lui a donné une partie de son pouvoir divin pour voir l'avenir, jusqu'à ce qu'elle se soit suicidée à cause de son angoisse. Hadès, sachant que l’esprit de Cassandra n’est jamais entré dans le monde souterrain, s’inquiète qu’elle garde rancune contre Apollon et erre dans le monde humain pour le hanter. Cependant, cela se révèle être le contraire puisque Cassandra possède le corps de Yui pour transmettre ses vrais sentiments à Apollon, le libérant de son chagrin à long terme et lui brisant les chaînes, lui permettant ainsi d'obtenir son diplôme.

En dépit de ne pas avoir étudié, les dieux et Yui se sont bien comportés lors de leurs examens, alors Zeus leur a donné "l'honneur" de jouer une pièce pour le reste des étudiants, qui sont des esprits convoqués par lui. Sur la suggestion de Yui, ils décident de mettre en scène le conte de fées de Cendrillon, chacun concourant pour la partie masculine principale du Prince jusqu'à ce qu'ils tirent au sort. La pièce se déroule sans encombre jusqu'à ce que Loki tente d'organiser un coup d'État et Anubis Maat, le dieu des morts égyptien, vole du jus de Dionysus et s'écrase sur la scène. Malgré les ravages, tous les élèves semblent avoir apprécié la pièce.

Balder s'effondre soudainement après le jeu. Alors qu'Apollon et Yui lui rendent visite à l'infirmerie, ils ont entendu Loki dire à Thor qu'il allait tuer Balder, à leur grand choc. Loki explique que chaque fois qu'il y a de la lumière, il y aura aussi des ténèbres, qui reposent comme une puissance innée au sein de Balder en tant que dieu de la destruction. Lorsque Balder se réveille, il réalise les objectifs de Loki et accepte sa mort comme un être dangereux. Cependant, Loki est incapable de le faire, poussant Balder à sauter d'une falaise et à se suicider.

Balder s'éveille comme le dieu de la destruction et l'univers commence à s'effondrer avec l'immensité du pouvoir. Les autres dieux ont leurs chaînes brisées par des actes d’émotion humaine au milieu du chaos et se transforment pour sauver leur ami. Zeus dissout les étudiants spirituels alors qu'il tente d'utiliser son pouvoir pour garder l'univers intact. Yui, voulant aider, utilise l'épée pour absorber les connaissances et les sentiments contenus dans le conteneur du lustre, qui est maintenant plein, et le donne à Loki. Alors que Balder est sauvé, l’univers commence à s’effondrer malgré la canalisation de l’énergie par Zeus. Les 8 dieux décident d'utiliser leur pouvoir restant pour rendre Yui à son univers, chacun la remerciant de leur avoir enseigné et Apollon avouant son amour pour elle. Yui revient à son heure exacte au moment même où elle est partie et ne peut maintenant que regarder les souvenirs que ses nouveaux amis lui ont donnés.