Kapitein Tom Chandler en het personeel van de USS Nathan James zijn op weg naar de Zuidpool, met twee virologen, Dr. Rachel Scott and Dr. Quincy Tophet. Deze proberen uiteindelijk een stam van het virus te vinden dat het overgrote deel van de mensheid heeft gedood terwijl zij op zee waren. De bemanning realiseert zich dat de beste plek om een serum te vinden wel eens op zee zou kunnen liggen.

Chandler en zijn bemanning vaart naar Guantanamo Bay om proviand en brandstof in te slaan. Daar aangekomen worden ze aangevallen door ontsnapte gevangenen.

Het schip wordt geconfronteerd met een nieuwe vijand, die Rachel en haar onderzoek in handen wil krijgen. Chandler weigert en wordt gedwongen zijn strategie aan te passen. Het blijkt dat hun nieuwe vijand zelf ook bezig is om een remedie tegen het virus te vinden.

Rachel komt dicht bij een doorbraak in haar onderzoek en daarom gaat zij met Chandler en een team de jungle in om proefdieren voor haar onderzoek te vinden. Ze komen een drugsbaas tegen die koste wat het kost zijn koninkrijk in stand wil houden.