Het schip wordt geconfronteerd met een nieuwe vijand, die Rachel en haar onderzoek in handen wil krijgen. Chandler weigert en wordt gedwongen zijn strategie aan te passen. Het blijkt dat hun nieuwe vijand zelf ook bezig is om een remedie tegen het virus te vinden.

Na een noodoproep uit de buurt van Jamaica te hebben ontvangen doen Chandler en een klein team een reddingspoging. Het draait uit op een verrassingsaanval, waardoor het team alleen op zee achterblijft. Ze moeten zo snel mogelijk hun kapitein terugvinden, voordat hun vijand hen het eerst vindt.

Slattery moet in afwezigheid van Chandler het bevel op zich nemen. Verscheurd tussen het doel van de missie en zijn vermiste kapitein moet hij een manier vinden om de laatste terug te vinden en tegelijk het prototype van het vaccin veilig te stellen.