Het schip wordt geconfronteerd met een nieuwe vijand, die Rachel en haar onderzoek in handen wil krijgen. Chandler weigert en wordt gedwongen zijn strategie aan te passen. Het blijkt dat hun nieuwe vijand zelf ook bezig is om een remedie tegen het virus te vinden.

Doordat het voortstuwingssysteem van het schip door een catastrofe wordt uitgeschakeld, wordt Dr. Scott's onderzoek bedreigd. De bemanning komt zonder drinkwater te zitten en dit trekt een wissel op het improvisatievermogen van Chandler.

Na de terugkeer uit de jungle, breekt paniek uit onder de bemanning wanneer één van hen de symptomen van het virus vertoont. Men verliest het geloof in Rachel's onderzoek en Chandler moet nu zijn team bij elkaar zien te houden, anders is de hele missie verloren.

Na een noodoproep uit de buurt van Jamaica te hebben ontvangen doen Chandler en een klein team een reddingspoging. Het draait uit op een verrassingsaanval, waardoor het team alleen op zee achterblijft. Ze moeten zo snel mogelijk hun kapitein terugvinden, voordat hun vijand hen het eerst vindt.

Slattery moet in afwezigheid van Chandler het bevel op zich nemen. Verscheurd tussen het doel van de missie en zijn vermiste kapitein moet hij een manier vinden om de laatste terug te vinden en tegelijk het prototype van het vaccin veilig te stellen.

Rachel en Chandler vragen om zes vrijwilligers on het vaccin te testen, terwijl dat op een verschrikking kan uitdraaien als virus en vaccin een strijd op leven en dood uitvechten in hun lichaam. Thuis doen Chandler's vrouw en vader alles wat ze kunnen om hun gezin in leven te houden.

Chandler en zijn bemanning komen thuis, waar een vroegere machthebber uit Washington zich een krijgsheer van het lijf probeert te houden die haar hoop op herstel van orde en recht tegen tracht te houden. Chandler gaat op zoek naar zijn familie en komt er achter dat zijn wereld intussen op een verschrikkelijke wijze is veranderd.