Maya Hernandez, Kronzeugin im Prozess gegen das berüchtigte DL-Kartell, wird auf dem Weg zum Gericht um ein Haar erschossen. Team Scorpion erhält den Auftrag, die Frau in Sicherheit zu bringen. Mit einem ausgeklügelten Plan wollen die Genies die Gangster austricksen – doch die Kriminellen scheinen ihnen immer einen Schritt voraus zu sein. Eine gefährliche Flucht beginnt, auf der das Team und Maya nicht nur ein Mal um ihr Leben fürchten müssen.

Als ein illegal erworbener Atomsprengkopf in Kasachstan zum Verkauf angeboten wird, soll Team Scorpion den genauen Standort der Rakete herausfinden. Walter, Cabe, Happy und Toby reisen undercover nach Kasachstan und beginnen mit der Ortung. Beim Versuch, den Urankern der Rakete mit Salpetersäure zu neutralisieren, werden sie erwischt, und es beginnt eine heiße Verfolgungsjagd durch Kasachstan.