Cabe wird von Sonia Balasevic, deren Familie im Krieg ermordet wurde, besucht. Seitdem Cabe ihr damals das Leben gerettet hat, ist sie auf der Suche nach den Verantwortlichen. Einer der Befehlshaber, Stanislav Zoric, wurde in Kuba gesichtet. Adriana Molina lässt das Team von einem Drogenschmuggler inoffiziell nach Kuba fliegen und vereinbart ein Treffen mit kubanischen Doppelagenten. Das hat jedoch verheerende Folgen.

Als in einem Hochsicherheitsgefängnis ein verdeckter Informant ermordet aufgefunden wird, versucht der Direktor, hinter die Machenschaften der Gang Eh-Ta-Me zu kommen. Bei der Leiche wurden Seiten mit einem verschlüsselten Code gefunden; offensichtlich hat Shima Funukoshi, der Chef der Bande, zu Mitgliedern der Gang außerhalb des Knasts Kontakt und gibt Morde in Auftrag. Seine nächsten Ziele sollen drei Richter sein. Wird es Team Scorpion gelingen, den Code zu entschlüsseln?

Katherine Cooper, die stellvertretende Direktorin von Homeland Security, erteilt Team Scorpion einen neuen Auftrag. Es handelt sich um einen geheimen U-Boot-Einsatz, bei dem Walter, Cabe und Happy keinen Kontakt zum Rest ihrer Truppe haben dürfen. Als sich Walter in ein fremdes System hackt, glaubt er, in eine Falle zu tappen und drängt, die Mission abzubrechen. Noch während der Fähnrich überlegt, ob er den Kapitän informieren soll, kommt es zu einer Explosion an Bord.

Als ein illegal erworbener Atomsprengkopf in Kasachstan zum Verkauf angeboten wird, soll Team Scorpion den genauen Standort der Rakete herausfinden. Walter, Cabe, Happy und Toby reisen undercover nach Kasachstan und beginnen mit der Ortung. Beim Versuch, den Urankern der Rakete mit Salpetersäure zu neutralisieren, werden sie erwischt, und es beginnt eine heiße Verfolgungsjagd durch Kasachstan.

Walter arbeitet seit Wochen unter Hochdruck an der Programmierung verschiedener Systeme, die Richard Elia für seinen neuen Hauptsitz benötigt. Am Abend vor der Eröffnung trifft Walter in einer Bar eine unbekannte Frau namens Stella auf einen Drink. Als Paige und Cabe am nächsten Morgen den ohnmächtigen Walter finden und sich wenig später auf dessen Computer ein zerstörerischer Virus ausbreitet, wird klar, dass Walter in eine Falle getappt ist.

Toby ist im Serverraum eingeschlossen. Walter und Happy schaffen es, Toby in letzter Minute das Leben zu retten. Daraufhin kann Walter die nötigen Handgriffe am Server vornehmen, um wieder die Kontrolle über die Systeme zu erlangen. Zunächst sieht es so aus, als würde wieder alles funktionieren, doch der zerstörerische Wurm installiert sich immer wieder neu. Indes sind Paige und Cabe weiterhin auf der Suche nach Stella. Die Spur führt sie zu einem Escort-Service.

Toby ist am Boden zerstört: Bei seinem Boxkampf ist er in der ersten Runde K.o. gegangen. Noch mehr kränkt ihn allerdings, dass Happy nicht am Ring dabei war, um ihn zu unterstützen. Indessen sind Paige und Ralph auf dem Weg ins Museum. Doch die U-Bahn, mit der sie fahren, hält nicht mehr an und wird immer schneller. Paige ruft Walter an und bittet ihn um Hilfe. Schnell wird klar, dass der Zug ferngesteuert wird. Handelt es sich um einen Terror-Anschlag?

Der englische Botschafter Jonas Madaky wird verdächtigt, als Waffenhändler tätig zu sein. Um ihn endlich überführen zu können, benötigt der MI-6 die Hilfe von Team Scorpion. Bei einer Rede auf der UN-Versammlung plant Madaky, mit einem anderen Botschafter einen Waffendeal abzuschließen. Der britische Agent Gleason soll die Verhandlungen belauschen, und Scorpion muss ihn dazu ins UN-Gebäude schleusen. Leider läuft der Plan vollkommen aus dem Ruder.

Verbrecher haben eine Schadsoftware in das System der US-Zentralbank eingeschleust und drohen, damit die gesamte Weltwirtschaft lahmzulegen. Scorpion findet heraus, dass das kriminelle Computerprogramm von einem seltenen Hightech-Rechner an einem College hochgeladen wurde. Walter könnte den Cyberangriff beenden – indem er seinen PC direkt an den Supercomputer anschließt. Doch dieser ist so empfindlich, dass ihn kleinste Veränderungen der Umgebung zur Explosion bringen können.

Im weltgrößten Saatbunker in Grönland ist die Kühlung aufgrund eines Computerfehlers ausgefallen. Team Scorpion soll den Fehler beheben, um das Saatgut zu retten. An sich kein schwerer Auftrag – allerdings hat sich im Bunker in der Zwischenzeit halluzinogener Mutterkornpilz gebildet, dem Cabe, Happy und Sly ausgesetzt sind. Alle drei erleben ihren ganz persönlichen Horrortrip, und die Mission droht zu scheitern.

Am Tag von Happys (Jadyn Wong) und Tobys (Eddie Kaye Thomas) Hochzeit wird das Scorpion-Team nach Wyoming gerufen, wo ein Blitzschlag eine unterirdische Kohlenmine entzündet hat. Das Feuer muss gelöscht werden, bevor ein Telekommunikationskabel zerstört wird, und das Team will pünktlich zur Zeremonie zurück in Kalifornien sein. Als Komplikationen auftreten, muss Paige (Katherine McPhee) eine improvisierte Feier auf die Beine stellen. Außerdem bekommt Cabe (Robert Patrick) einen Anruf, der das Team nach Tahiti beordert.

eam Scorpion ist Teil eines Technologie-Kongresses, bei dem die neuesten Technik-Highlights präsentiert werden. Doch plötzlich fallen Schüsse und vier maskierte Männer nehmen alle Anwesenden, darunter auch Walter und Paige, als Geiseln. Die Gangster planen einen Banküberfall mithilfe der neuen Software von Richard Elia. Doch die Sache hat einen entscheidenden Haken: Elia ist im Verzug bei der Entwicklung, und bisher existiert weder die Software noch die Bank.

Heiligabend steht vor der Tür, und das gesamte Team freut sich auf ein festliches Weihnachtsessen mit seinen Lieben – bis auf Walter: Um nach Cabes Prozess wieder Geld in die Team-Kasse zu spülen, will er unbedingt noch einen speziellen Auftrag erfüllen und bleibt dafür allein in der Werkstatt zurück. Als Walter unglücklich die Treppe hinunterstürzt und das Bewusstsein verliert, droht er zu verbluten. Dabei spielt sich vor seinem inneren Auge eine verrückte Geschichte ab.