街の中心部で爆弾事件が発生するが、警察の捜査がなぜか軍に引き継がれ、ウェストは驚きと不信感を募らせる。やがて、エイリング大将が、軍人たちを超人兵士にするために実験をしていたこと、現場にいた彼の部下ベティは、触れた物が爆発物になるメタヒューマンだったことが明らかになる。一方アイリスが“閃光”について書いていることを知ったウェストは、彼女をやめさせてくれとバリーに頼む。アイリスが自分の言うことなど聞かないと思ったバリーは、彼女をフラッシュと会わせることにする。

クリスマスムード一色のセントラル・シティに、リバース・フラッシュと呼ばれる男が現れ、バリーは、彼こそが母を殺した“黄色いスーツの男”なのだと知る。バリーとウェルズ博士たちは、リバース・フラッシュを捕まえるためにマーキュリー・ラボのクリスティナ・マギー博士に協力を要請する。一方クリスマスを祝うウェスト家では、アイリスがエディからびっくりするようなプレゼントをもらい、人生を変えるような質問を受けていた。そんな中、ケイトリンは死んだはずの恋人ロニーの姿を発見する。

ケイトリンは、自分とバリーがロニーとアイリスのことを割り切り、新たな恋に生きるべきだと考え、バリーを誘って地元のカラオケバーへ行く。バリーはそこでスポーツ記者リンダと出会いデートに誘うが、アイリスは、バリーからその話を聞いた時の自分の気持ちに戸惑う。一方、シスコはハートリーからの危険な申し出のことを考える。そんな中、ＳＴＡＲラボの研究員たちはテレポート能力を持つメタヒューマン、ショーナの追跡に翻弄される。ショーナは恋人クレイを刑務所から脱獄させていた。

天気を操るメタヒューマン、マーク・マードンが、弟のクライドを殺した刑事に復讐するためセントラル・シティに現れ、刑事の名はジョー・ウェストだということを突き止める。ウェストは、バリーの制止を振り切って、復讐に燃えるマークを自分一人で捕まえようとするが、重大な危機に陥ってしまう。一方シスコは、ウェルズ博士が何かを隠していることに気づき、彼に不信感を抱く。そんな中、バリーとリンダ、エディとアイリスが気まずいダブルデートをする。

ウェルズ博士が、再びＳＴＡＲラボより優位に立つ。大きな方向転換が必要だと感じたバリーは、敵だったはずのキャプテン・コールドに助けを求めるが、ジョーとケイトリンに、彼は信用できない人物だと忠告される。懸念どおり、キャプテン・コールドには、ＳＴＡＲラボ内の刑務所に閉じ込められているメタヒューマンを巻き込んだ恐ろしい計画があった。事態がますます悪化する中、フラッシュのもとへ頼もしい援軍がやって来る。アローとファイヤーストームだ。

アース２からやってきた謎の男ジェイ･ギャリックがＳＴＡＲ(スター)ラボに姿を現す。彼は、ズームという俊足で邪悪な男がフラッシュを破滅させようとしていると警告する。この見知らぬ男を信用するかどうかの決断に迫られる中、バリーたちは、新たな強いメタヒューマンと対峙することになる。そんな中、ウェストは、メタヒューマン対策本部に入りたいと強く志願する警官、パティ･スピボットの対応に追われていた。

ゴリラのグロッドがセントラル･シティへ再びやって来て、ケイトリンを誘拐する。バリーたちは手遅れになる前にケイトリンを助け出そうと、必死に捜し回る。一方シスコは、ジッターズの店員、ケンドラ･ソーンダーズとの初デートを計画するが、ある日、ケンドラについて衝撃の事実を知ってしまう。そんな中、パティは、バリーが隠し事をしているのではないかと疑い始めていた。

未来が変わったことにより、シスコは、もうこの世に存在しないはずのイオバード･ソーンのバイブを感じるが、バリーたちは彼の言うことを信じない。だがリバース･フラッシュはマーキュリー･ラボを襲撃し、クリスティナ･マギーを連れ去ってしまう。それは、ある物を手に入れるためにマギーの力が必要だったからだ。一方、アイリスとフランシーヌは本音で語り合い、アイリスは弟のウォリーと仲を深めようとして彼に歩み寄っていく。

ズームの衝撃の正体が発覚し、アース２へ戻ってズームを倒すというバリーの決意は、今まで以上に強固になる。バリーは俊敏さをさらに高めるため、過去へ戻って、大敵であるイオバード･ソーンことウェルズ博士からコツを教えてもらおうとする。バリーはそこで、おなじみの敵ハートリー･ラサウェイと旧友のエディ･ソーンに会い驚いてしまう。そんな中、アイリスは前に進むために過去と決着をつける。

ついに本当の計画を明かすズーム。そして、なんとしてもズームを阻止すると誓うバリー。壮絶な対決が繰り広げられる、セカンド･シーズン最終話

バリーは、フラッシュポイントの余波が思った以上に大きいことに気づく。そして、バリーは新たに同僚となったジュリアン･アルバートに会う。ジュリアンは、顔を合わせるなりバリーに対する嫌悪感をあらわにし、バリーを驚かせる。

「もう失うものは何もない」バリーが、ついにサビターとの最後の決戦へ。壮大な結末を迎えるサード･シーズン･フィナーレ。