県立田茂農林高校、通称『のうりん』に通う畑耕作は超人気アイドル・草壁ゆかの熱狂的なファンである。いつか彼女と一緒に都会で農業をすることを夢見ながら、学校の実習に精を出していた。そんなある日、TVから流れてきたのは「草壁ゆか電撃引退！」のニュースであった。

突然引退してしまった人気アイドル・草壁ゆかこと、木下林檎が転校してきたことに驚きを隠せない耕作たち。寮生になるという林檎のために農や継と共に歓迎会を開くこととなったのだが……。

今日は林檎の初実習。畑に向かおうとする林檎の格好は農の策略によりなぜかビキニアーマーとなっていた!　そこに自らハイレグアーマーを装着した農が現れ、壮絶な実習バトルが繰り広げられることに!?

ある日、大切に育てていた畑を何者かに荒らされる事案が発生！　目撃証言から犯人を割り出したところ、どうやら猿が侵入していることがわかった。耕作たちはあの手この手で猿対策を講じようとするのだが……。

学校内で作っている味噌をもらいにB組・生物工学科に向かった耕作・継・林檎の前に現れたのはB組の学級委員・鈴木燈、またの名を…バイオ鈴木！　味噌と引き換えに耕作と継は新製品の試験を頼まれるのだった。

五人目の四天農・マネー金上の発案で、パッケージに萌イラストを印刷した卵「もえたま！」を販売することになった耕作たち。「もえたま！」は爆発的に大ヒット！さらにマネー金上が次に考えたのはとんでもない商品だった！

今日も元気な耕作達2年A組担任教師ベッキー（アラフォー）。物の怪化して生徒達を追い回したり、調理実習で傍若無人な授業をしたりといつも通りのやりたい放題。地元で開かれるロックフェスティバルでは何と……。

海に行ったことがないという農の言葉を受け、海へ出かけることにした耕作たちだったが、当日台風が直撃し、中止となってしまう。海への想いをあきらめきれない農は、水着のまま水の溢れるグラウンドへと飛び出した！？

「ナスが食べたい」という校長先生の願いを受けて、継が持ってきたのは、伝統的な固定種のナス。そのナスを見た校長先生は意外な反応を見せる。そこへ一人の男性が訪ねてきた。その男性とは……継の父・校條創(めんじょうはじめ)だった。

田舎生活の知識がない林檎も一緒に、愛生村へ帰省する事になった耕作と農。そんな耕作たちを迎えたのは農の姉妹・士（つかさ）、工（たくみ）、商（あきな）だった。農の実家である中沢家に到着すると何故か農との結納の話が進んでいた！

いよいよ開かれることになった愛生村の村コン。林檎が冷たい視線を送る中、ある事情から村コンの目玉として結婚するカップルの“フリ”をする耕作と農。しかし、ひょんなことから、嘘がばれてしまう。どうする耕作!?