Aikuro klärt Ryuko über die „Lebensfäden“ auf, die, in Goku-Uniformen eingewoben, diesen Superkräfte verleihen, wobei Kamui zu 100 % aus eben jenen Fäden bestehen. Weiterhin habe ihn Isshin (Ryukos Vater) damit beauftragt, im Falle seines Todes dafür zu sorgen, dass sie Senketsu erhält. Währenddessen zieht sich Satsuki, die von Ryukos Auftreten im Kamui verärgert wurde, selbst ein Kamui namens Junketsu an, den ihr Vater ihr als Hochzeitskleid versprochen hatte.

Ryuko entscheidet sich, ihre neue Flugkraft auszunutzen und versucht einen direkten Angriff auf Satsuki, dem sich aber Nonon mit aller Kraft in den Weg stellt, bis Ryuko deren Fluggerät mit seiner eigenen Rakete zerstört. Nun präsentiert Nonon die zweite Verwandlungsstufe ihrer Uniform, „Da Capo“, mit der sie versucht, durch Schallwellen die Verbindung zwischen Ryuko und Senketsu zu übertönen. Ryuko ergreift die Gegenwehr und manipuliert Nonons Schallwellen so, dass sie ihre eigenen verstärken, welche sie wiederum auf Nonon zurücklenkt und sie so schlagen kann. Unterdessen trifft Tsumugu mit einer speziell präparierten Gewehrpatrone bei Aikuro ein, der erklärt, er sei bereit, sie gegen Ryuko einzusetzen, sollte die Notwendigkeit entstehen.

Nachdem die Elite Vier alle, von den Lebensfäden gefangenen, Schüler und Bürger befreien können stellen sie sich dem Kampf gegen Nui, während Mako bei der Evakuierung hilft. Unterdessen erklärt Satsuki, wie Ragyo sie als Kind für Experimente mit dem Lebensfäden missbraucht hatte und ihre kleine Schwester, die bei einem der fehlgeschlagenen Experimente scheinbar umkam, einfach entsorgte. Ragyo, die sich durch die Kraft der Lebensfäden selbst heilen kann, gelingt es aber sich zu befreien und die geistige Kontrolle über die Schüler zu erlangen und sie so zu ihrer persönlichen Armee zu machen. Während Aikuro und Tsumugu gegen die Schüler kämpfen, kann Ragyo auch die Kontrolle über Ryuko übernehmen, welche sich nun gegen Satsuki richtet, doch kann sich Ryuko aus eigener Willenskraft wieder befreien.

Satsuki und Senketsu beginnen ihren Kampf gegen Ryuko, in der Hoffnung sie wieder zur Vernunft zu bringen, werden aber schnell stark in die Defensive gezwungen. Die Elite Vier greifen in den Kampf ein und lenken Ryuko ab, so dass Ira seine neue Waffe einsetzen kann, um Junketsu von Ryukos Körper zu entfernen. Doch werden sie von der nun eintreffenden Nui unterbrochen, die erklärt, dass sie Junketsu mit Ryukos Lebensfäden verknüpft habe, so dass diese sterben würde, sollte sie versuchen Junketsu mit Gewalt auszuziehen. Währenddessen benutzt Ragyo die Kräfte der COVERS, um dem Meteoriten, der die Lebensfäden einst auf die Erde brachte, das Abheben in die Luft zu ermöglichen.

Ryuko und Satsuki treffen beim Meteoriten der ursprünglichen Lebensfäden ein, um Ragyo zu konfrontieren, welche jetzt auch über zwei riesige Nähnadeln verfügt, die gegen die Waffen der beiden Mädchen resistent sind. Die Elite Vier erhalten ihre neuen Goku-Uniformen und treten Mako im Kampf zur Seite, die weiterhin versucht das Schiff zu verteidigen, während jetzt auch der Lebensfaden-Meteorit Kurs auf selbiges nimmt. Ragyo gelingt es im Kampf mit Ryuko deren Angriff zu parieren und so Ryukos Körper in zwei Teile zu zerteilen, so dass diese ins Meer fällt. Doch stellt sich schnell raus, dass dies ein von Ryuko eingefädelter Plan war, bei dem Satsuki Ragyo ablenken sollte, während Ryuko unter Wasser ihre Wunden heilt und dann die Lebensfäden angreift.

Ragyo benutzt die Fähigkeit "Absoluter Gehorsam" ihres Shinra Koketsu, um die Kräfte der anderen Goku-Uniformen und Kamui außer Gefecht zu setzen, bevor sie den Quell des Lebensfadens wiederbelebt. Während die Anderen gelähmt sind, kann Ryuko, dank ihrer besonderen Physiologie, in Unterwäsche weiterkämpfen und Senketsu gelingt es erstmals direkt mit Satsuki zu kommunizieren. Dadurch seiner eigenen Fähigkeiten bewusst geworden, verwandelt er sich selbstständig in Senketsu Shippu und durchbohrt Ragyo, die daraufhin die Kontrolle über die Goku-Uniformen verliert. Die Elite Vier und Nudist Beach nutzen diese Gelegenheit, um den Satelliten-Uplink zu zerstören, während Satsuki und Ryuko vereint ihre Mutter mit den Scherenklingen zerteilen. Die gespaltene Ragyo fordert daraufhin Nui auf, sich mit ihr und dem Quell des Lebensfadens zu verbinden und schießt sich in den Orbit, um dort direkt den Satelliten zu aktivieren, mit dem sie die Erde in eine Kokon-Sphäre verwandeln will.

It's graduation at Honnouji Academy, but not everything is as it seems. Ryuko Matoi and the gang must defeat their final enemy.