Ryuko llega a la academia Honnouji, donde Satsuki y sus fieles subordinados, Élite cuatro, tiene el instituto totalmente controlado.

Un episodio no emitido incluido en el noveno lanzamiento de BD/DVD. La paz finalmente ha regresado a la Academia Honnouji, y ahora que ha cumplido su propósito original, la escuela secundaria única se cerrará dentro de un mes. Sin embargo, todavía hay un evento final que debe llevarse a cabo: la ceremonia de graduación. Mientras cada miembro del consejo estudiantil se prepara para dejar atrás su yo pasado para concentrarse en lo que les gustaría hacer en el futuro, Satsuki Kiryuuin lucha por encontrar su propio camino, después de haber perdido su determinación después de lograr finalmente la victoria. Pero justo antes de dar su discurso al cuerpo estudiantil, la ceremonia es interrumpida por seres misteriosos que son idénticos a los miembros del consejo estudiantil. Mientras Ryuuko Matoi y los Elite Four se preparan para la batalla una vez más, rápidamente descubren que el que maneja los hilos es un viejo enemigo que ha regresado para vengarse.