ゴードンとブロックは、ゴッサム地区でホームレスの子供たちをターゲットにした児童人身売買組織の調査に乗り出す。組織は誘拐した子供たちを施設に送り込んでいるが、その中には、ある情報をゴードンに提供しようとするセリーナ・カイルがいた。一方、小さな村に姿を現したペンギンこと、オズワルド・コブルポットは、殺人を犯し犠牲者を置き去りにしたままゴッサム・シティを目指していた。

ゴッサム・シティで富裕層の第一子が殺害されるという事件が起きる。犯行の手口といい、被害者の出自といい、それは過去にブロックが関わった殺人事件に酷似していた。事件は、ブロックにとってトラウマになるほど衝撃的で忌まわしい記憶だ。そんな中、裕福な家庭の娘が連れ去られる。一方ゴードンの前にも、彼の忌まわしい記憶を呼び覚ます人物が現れる。

ひどく殴られた男の死体が発見される。死体の口の中からは噛み切られた親指が見つかる。現場に駆けつけたゴードンとブロックに、犯人の動機が一体何なのかという大きな疑問が湧き起こる。そして捜査を進めるうちに、思いもよらない犯人像と犯行現場が浮かび上がる。一方、長い間自宅に閉じこもっていたブルースは、やっと学校に通い始めるが、友達を作れず孤立していた。

殺人事件が起き、ゴードンは犯人像を描き出すため目撃者の協力を要請する。だが本部に来ていた目撃者は、何者かに殺されてしまう。ゴードンは内部の警察官の仕業だと確信し“旧友”から情報を得ようとする。そんな中、オズワルド・コブルポットは、フィッシュ・ムーニーにとって掛け替えのない大切なものを支配下に置くことで、彼女に報復しようとしていた。

ゴードンは、ドクターのレスリー・トンプキンスをサーカスに連れていく。だが、サーカスが何者かによって襲撃されたため状況は一変する。一方、ムーニーが他の仕事で忙しくしている間、ファルコンは、ナイトクラブでペンギンを手伝うよう、ブッチ・ギルジーンに要請する。そんな中、ブルース・ウェインは、ウェイン財団の理事会を開く計画を立てる。

引き続き“オーガ”事件を捜査しているゴードンとブロック。“オーガ”はゴードンと近しい関係にある誰かに近づいていた。一方、ブルースとセリーナは協力して、買収されているウェイン・エンタープライズの社員を探し出そうとする。

法と秩序を守るために強靱な組織を作るという任務を託された、ナサニエル・バーンズ警部。彼は、チームを立ち上げるため、あまり乗り気でないゴードンとタッグを組もうとする。一方、ギャラバンに致命的な弱みを握られたペンギンは、彼の計画に協力せざるを得なくなる。そんな中、ニグマはついにクリングルをデートに誘い、彼女との距離を急速に縮めていく。

ブリジット・パイクは、兄たちと再び行動を共にしていたが、抑圧的な彼らから逃れて、自分の未来について自分自身で決めたいという思いが心の中に湧き上がっていた。一方クリングルとニグマの関係は、新しい段階へ進もうとしていた。そんな中、ゴッサム・シティの闇社会で権力を握ろうとしているペンギンとギャラバンは、今も激しい戦いを繰り広げていた。

ペンギンとその手下たちは、ブッチ・ギルジーンに導かれてある倉庫へ行くが、そこには、ペンギンの母、ガートルード・カプルプットが捕らえられていた。ペンギンは、それがゴッサム・シティの新しい市長、テオ・ギャラバンの仕業だと思い、復讐のため彼の母を誘拐しようとする。片やニグマは、悲惨な事故で致命的な被害に遭い、絶望の中で事後に対処することになる。