El detective James Gordon trabaja en la corrupta y peligrosa ciudad de Gotham, que se balancea constantemente entre el bien y el mal. Junto a su compañero, Harvey Bullock, se encargan de encontrar al asesino de Thomas y Martha Wayne.

Gordon y Bullock investigan una red de tráfico de niños que se aprovechan de niños de la calle de Gotham incluyendo a Selina Kyle. Pingüino resurge en el campo y empieza a avanzar en su vuelta a Gotham.

Los políticos de las dos diferentes opiniones sobre el distrito de Arkham están en peligro cuando se acerca la votación; Gordon recibe la visita de un viejo amigo.

Según aumenta la violencia entre Maroni y Falcone, el Pingüino muestra un nuevo elemento de su estrategia de manipulación, lo que obliga a Gordon para hacer frente a las consecuencias de su decisión de perdonarle la vida al Pingüino.

Tratando de cerrar el caso del asesinato de los Wayne, un joven Harvey Dent y Gordon se unen, muy a pesar del alcalde James. El Pingüino contacta con el arma secreta de Mooney, Liza.

Selina guía a su nuevo amigo en un peligroso viaje a través de Gotham huyendo de unos asesinos que la persiguen. Mientras tanto Gordon, tras dar un paso en falso, es reasignado al Asilo Arkham.

Tras su reincorporación, Gordon se ve inmerso en un caso de alto perfil, del seguimiento de la mortal fuga del Manicomio Arkham. Mientras tanto, Galavan planea su suguiente movimiento, mientras que Bruce busca la ayuda de un viejo amigo de su padre, para desbloquear los secretos en su oficina. Nygma por su parte, intenta invitar a una cita a Kristin Kringle.

Galavan envía a Barbara tras Jim Gordon, mientras él intenta hacer un trato con Bruce Wayne. Barnes y Bullock están cerca de la pista de Barbara y Nygma tiene un encuentro con una cara familiar.

El Detective James Gordon se enfrenta a un sospechoso que está conectado a Theo Galavan, pero no consigue obtener ninguna información. Mientras tanto, Bruce Wayne se acerca un paso más a descubrir el nombre del asesino de sus padres.

La serie salta 10 años en el futuro, cuando Bruce Wayne se prepara para regresar a Gotham para la apertura de la nueva Torre Wayne. Una serie de crímenes lleva a Gordon a creer que el Pingüino y Acertijo están haciendo con sus viejos trucos. Sin embargo, cuando Bullock es inculpado injustamente por un asesinato, Gordon comienza a develar una trama más siniestra que amenaza a la ciudad, y una nueva figura emerge desde las sombras para ser el héroe que Gotham necesita desesperadamente.