Gordon travaille en tant que chasseur de primes dans un Gotham infesté de monstres. Il cherche des réponses concernant les évadés d'Indian Hill et veut savoir pourquoi leurs pouvoirs semblent les tuer. Le sosie de Bruce erre dans la rue. Barbara et Tabitha ouvrent un nightclub nommé The Sirens.

Fish Mooney prend les choses en main pour localiser Hugo Strange, forçant Gordon à s'associer avec la journaliste Valerie Vale pour la retrouver. Le Pingouin gagne en popularité après avoir critiqué le travail du GCPD et les recherches sur la Cour des Hiboux faites par Bruce sont compromises. Pendant ce temps, Ivy Pepper réapparait à Gotham City.

L'hypnotiseur Jervis Tetch alias le Chapelier Fou arrive en ville pour retrouver sa soeur Alice, et engage Gordon pour la rechercher. Le Pingouin annonce sa candidature pour le poste de maire.

Alice Tetch est amenée au GCPD mais Gordon sait que son frère Jervis va venir la chercher. L'élection du nouveau maire approche à grands pas tandis que Bruce et Alfred poursuivent activement le sosie de Bruce.

Le nouveau maire jouit de sa popularité et la criminalité commence à baisser dans Gotham, jusqu'à ce que le gang des Red Hood réapparaisse et le provoque. Bruce Wayne se lance à la recherche d'Ivy.

Le Chapelier Fou force Jim Gordon à prendre de terribles décisions pour sauver d'innocentes personnes. Un visage familier resurgit dans la vie de Nygma.

Après être entré en contact avec un puissant psychotrope, Gordon se met à halluciner et à se confronter à son passé, présent et futur. Le Pingouin, de son côté, vit mal la nouvelle relation de Nygma.

Barnes commence à ressentir les effets de son récent incident. Cobblepot ne supporte plus la relation de Nygma et Lee se prépare à célébrer ses fiançailles.

À la recherche de preuves, Gordon et Bullock suspectent de plus en plus Barnes. Nygma s'inquiète du manque de nouvelles d'Isabella. Ivy révèle sa nouvelle identité à Selina et Bruce.

Alors que le mariage de Mario et Lee approche, ils deviennent les cibles de plusieurs attentats. Gordon se charge de retrouver les commanditaires. Nygma, de son côté, cherche à se venger et Bruce en apprend plus sur la Cour des Hiboux.

Un nouveau meurtre à Gotham semble indiquer qu'un autre infecté au sang d'Alice Tetch est en ville. Gordon en vient à suspecter Mario Calvi. Barbara renseigne Nygma sur la mort d'Isabella.

Falcone met à prix la tête de Gordon. Bullock et ce dernier découvrent un disciple de Jérôme, qui souhaite le ressusciter. Le Pingouin devient hors de contrôle avant une importante interview et la mère de Selina revient à Gotham.

Sur la piste de Gordon et Bullock, Dwight s'intéresse à Jerome et alerte ses acolytes aux alentours de Gotham City. Les intentions de la mère de Selina apparaissent au grand jour...

Gordon retrouve son oncle Frank, qui lui avoue que lui et son frère appartenaient à la Cour des Hiboux, et que c'est l'organisation qui a fait assassiner son père. Il tente de le persuader de rejoindre la Cour afin de lutter de l'intérieur contre ses noirs desseins...

Oswald rencontre un allié inattendu, qui va lui apprendre à développer certaines de ses aptitudes et lui permettre de se confronter à ses démons...

Les méchants les plus déséquilibrés de Gotham s'allient. Gordon, en quête de réponses, en revient toujours au même point : la mystérieuse Cour des hiboux. De son côté, Alfred a remarqué un changement de comportement chez Bruce...

Gordon découvre quelle arme va être utilisée pour détruire Gotham. De son côté, Kathryn révèle son projet à Bruce. Ivy apporte son aide à Selina...

Le chaman abat ses cartes face à bruce et entame la dernière partie de son entraînement. Gordon et Bullock se retrouvent dans une situation périlleuse...

Gordon est lancé dans une course contre la montre pour sauver Gotham du virus d'Alice Tetch. Alfred constate que Bruce a changé de comportement depuis sa rencontre avec le Shaman...

La libération du virus Tetch a provoqué le chaos dans les rues de Gotham. Fish Mooney, Barbara et Nygma comptent profiter de l'anarchie pour mener leurs plans à bien. Gordon lutte pour garder le contrôle de lui-même suffisamment longtemps pour sauver la ville et Lee.

Après avoir tué Alfred, Bruce se libère de son conditionnement et le fait revivre avec de l'eau du Puit de Lazare, tandis que Ra's al Ghul s'échappe.