Con El Penguin coronado como Rey de Gótica y un fuerte cimbornazo en el GCPD de por medio, el Detective James Gordon duda sobre su moral tras acudir al Penguin en busca de ayuda. Mientras tanto, Bruce Wayne continúa explorando la oficina secreta de su padre y los recién llegados Theo y Tabitha Galavan se alían con un grupo de peligrosos reclusos de Arkham.

Tras su reincorporación, Gordon se ve inmerso en un caso de alto perfil, del seguimiento de la mortal fuga del Manicomio Arkham. Mientras tanto, Galavan planea su suguiente movimiento, mientras que Bruce busca la ayuda de un viejo amigo de su padre, para desbloquear los secretos en su oficina. Nygma por su parte, intenta invitar a una cita a Kristin Kringle.

Gordon y Bullock localizan a un enemigo del pasado , lo que los lleva a un enfrentamiento entre Jerome y Gordon. Mientras tanto, un show de magia en la gala del Hospital de Niños de Gotham, se convierte en una situación con rehenes.

El Capitán Barnes es llamado al deber para crear una fuerza especial para el cumplimiento de la ley con la ayuda de Gordon. Mientras tanto, el Pingüino es atrapado en favor de Galavan y Nygma le pide una cita a Kringle

Galavan y el Pingüino unen fuerza con una peligrosa familia en Gotham. Entonces, mientras que resurge la rivalidad entre los Wayne y los Galavans, Gordon se esfuerza por mantener el orden.

Después de que Bridgit Pike se reúna con sus hermanos, una nueva chispa de coraje se enciende en ella, ya que elige tomar las riendas de su futuro. Mientras tanto, la relación de Kringle y Nygma dará un nuevo paso y el Pingüino y Galavan continuarán peleando por el control del submundo de Gotham City.

Butch lleva a El Pingüino y sus hombres a la bodega donde se encuentra retenida Gertrude, mientras El Pingüino planea su venganza contra Galavan por secuestrar a su madre. Mientras tanto, Nygma lidia con las consecuencias de un mortal accidente.

Galavan envía a Barbara tras Jim Gordon, mientras él intenta hacer un trato con Bruce Wayne. Barnes y Bullock están cerca de la pista de Barbara y Nygma tiene un encuentro con una cara familiar.

Gordon y Barnes continúan limpiando Gotham y Gordon se encuentra cara a cara con uno de los sicarios más peligrosos de la ciudad, Eduardo Flamingo. Mientras tanto, Nygma y Pingüino cruzan sus caminos de nuevo y Bruce presiona a Galavan para que le dé el nombre del asesino de sus padres.

El Detective James Gordon se enfrenta a un sospechoso que está conectado a Theo Galavan, pero no consigue obtener ninguna información. Mientras tanto, Bruce Wayne se acerca un paso más a descubrir el nombre del asesino de sus padres.

Cuando Bruce Wayne es secuestrado, Gordon debe recurrir a algunos aliados inesperados y peligrosos en busca de ayuda. Es la batalla de los villanos, y no todo el mundo va a salir con vida.

El Pingüino recibe un golpe por el asesinato de Galavan, pero no se lo pone fácil a Gordon. Mientras tanto, Gordon y Bullock investigan la oleada de robo de cadáveres llevada a cabo por Victor Fries, uno de los principales ingenieros criogénicos de Gotham.

Gordon y Bullock acuden a Nora para que les ayude en su búsqueda de Victor. El Pingüino se reúne con Hugo Strange.

Alfred y Selina ayudan a Bruce en su empeño por encontrar al asesino de sus padres. Mientras, Gordon intenta localizar a Kristin Kringle junto a Edward Nygma. Hugo Strange continúa su tratamiento para mitigar la agresión del Pingüino.

Gordon y Bullock investigan una pista hallada en el robo de un museo, pero lo que no saben es que fue dejada allí por Nygma. El pasado de Gordon vuelve para atormentarle cuando un desconocido amenaza con revelar su implicación en el asesinato de Galavan.

Después de que Gordon salga de custodia preventiva, empieza a enfrentarse a nuevas amenazas y peligros dentro de los muros de la prisión. Para poder sobrevivir, debe confiar en un nuevo amigo, así como en Bullock y otra ayuda del exterior. Mientras tanto, El Pingüino se vuelve más cercano a su padre, mientras su madrastra y sus hermanastros avanzan con sus propios planes para la familia.

En un intento por limpiar su nombre, Gordon roba su historial y acude a Nygma para que le ayude. Mientras tanto, el Pingüino descubre el papel de su familia política en la muerte de su padre, y despierta de su condicionamiento.

Después de dejar el Asilo Arkham, Barbara intenta hacer las paces con Gordon. Después, Bruce y Alfred siguen a uno de los antiguos amigos de Thomas Wayne del Proyecto Quimera, pero Hugo Strange irrumpe en sus planes.

Gordon y Bruce interrogan al Profesor Strange sobre el Proyecto Quimera, lo que lleva a Strange a enviar al recién resucitado Galavan para enfrentarse a Gordon. Mientras tanto, Nygma investiga quién es realmente el Profesor Strange.

Azrael está suelto en Gotham City, lo cual desencadena en el Pingüino la necesidad de venganza. Mientras tanto, Bruce le pide ayuda a Selina Kylepara rastrear al Profesor Strange, a medida que él evade la detención por sus experimentos.

Hugo Strange da la bienvenida a una cara familiar de Gotham tras resucitar a Fish Mooney en Indian Hill. Más tarde, Bruce descubre que un amigo está en peligro y forma equipo con Gordon, Alfred y Lucius, mientras descubren más de los experimentos de Strange.

Mientras Gordon, Bruce y Lucius permanecen en Indian Hill, la ciudad de Gotham conocerá una nueva amenaza cuando los internos de Hugo Strange trazan un plan para escapar y empezar nuevas vidas en Gotham.