Après la vague de folie qui a manqué de ravager Gotham, le Pingouin a mis en place un système de permis pour les hors-la-loi, permettant une régulation du crime dans la ville dont il bénéficie personnellement en corrompant les membres du système judiciaire.

Gordon, Bullock et une poignée de policiers font une descente dans l'ancienne résidence de Crane et découvrent tout un laboratoire et des produits chimiques. Ils trouvent aussi Grady suspendu comme un épouvantail. L'homme affolé les prévient qu'un grand danger arrive.

En l'an 125, dans la péninsule Arabique, un guerrier décédé est pris sur le champ de bataille et placé dans un bassin de guérison, connu sous le nom de Puits de Lazare. Le soldat ressuscité, le futur Ra's, est chargé par son maître de trouver son futur héritier, et a reçu un couteau de cérémonie.

Au musée d'histoire naturelle de Gotham, Bruce accompagné d'Alfred confie la dague au professeur Niles Winthrop et son petit-fils Alex pour une expertise approfondie. Après s'être absenté, c'est au tour de Ra's de venir.

Bruce se sent coupable pour la mort d'Alex. En étudiant la dague, il comprend qu'elle est le seul objet pouvant tuer Ra's mais Alfred lui rappelle sa promesse : pas de meurtre. Lorsque Jim apprend que Ra's va être renvoyé dans son pays grâce à l'immunité diplomatique, il en informe Alfred mais Bruce entend tout et décide de s'introduire à Blackgate en pleine nuit pour tuer Ra's.

Un nouveau criminel apparait dans les rues de Gotham : un tueur exécute des agents corrompus par le Pingouin, le visage recouvert d'une tête de cochon. Les corps s'accumulent et le tueur est insaisissable.

Le Professeur Pyg ayant décidé de s'attaquer de front à tous les policiers corrompus par le Pingouin. Le chef mafieux et son exécuteur temporaire, le chasseur de tête, prend les devants et force le GCPD à collaborer avec ses meilleurs hommes de main, désapprouvé par Gordon et Sofia Falcone, qui prévient Cobblepot de la mauvaise publicité en cas d'échec de l'alliance.

Cobblepot apprend que Nygma est dans les Narrows où il le tourne en dérision entre deux combats d'arène. Il s'associe avec Barbara, Tabitha et Selina, et les charge de le lui ramener. Cobblepot envoie aussi Bridgit Pike pour les tuer au cas où elles échoueraient.

La nomination de Gordon au poste de capitaine du GCPD ne fait pas l'unanimité : Bullock accepte difficilement la nouvelle et Cobblepot soupçonne que Sofia Falcone est derrière le choix du maire, qui a disparu depuis.

Cobblepot en a assez du double jeu de Sofia Falcone et veut se débarrasser de l’héritière, mais celle-ci a constamment un coup d'avance et ne recule devant rien pour faire tomber le Pingouin et prendre sa place. Gordon ne veut plus se mêler de la guerre entre mafieux, trop occupé par découvrir la véritable identité du Professeur Pyg.

Alors que Nygma est hantée par sa double personnalité : l'Homme Mystère, Grundy est enlevé par Tabitha et est frappé à plusieurs reprises sur la tête pour essayer de lui raviver ses souvenirs. Elle abandonne, mais Grundy se réveille rapidement, prononçant un discours avec une mentalité supérieure et se souvenant de sa vie passée en tant que Butch Gilzean.

Nygma finit par succomber à sa double personnalité, l'Homme Mystère, et avec l'intention de renverser Lee en tant que chef des Narrows, il embauche Griffin Krank pour l'assassiner pendant qu'elle donne un discours pour réunifié tout les gangs des Narrows. Cependant, la tentative d'assassinat échoue, incitant un bombardement à la place.

Ivy commence à enquêter sur le "Projet M", menée par Wayne Enterprises et impliquant l'expérimentation et la mort de plusieurs plantes, rendant la jeune femme ivre de colère.

Nygma commence à envisager le suicide afin de tuer sa double personnalité mais opte plutôt de retourner à l'asile d'Arkham. Cependant, alors qu'il est sur le point de se faire interner volontairement, Oswald réapparaît et il lui révèle qu'il a spécifiquement écrit la lettre afin que sa double personnalité la lise et ramène Nygma à Arkham.

Bullock et Gordon tentent de retrouver quelqu'un qui joue un rôle clé dans le contrôle de Sofia sur Gotham. Pendant ce temps, Penguin, Lee et Nygma recrutent un allié improbable alors qu'ils cherchent à se venger, et Selina demande à Bruce une faveur pour l'aider à la débarrasser de sa culpabilité envers Ivy.

Les «meilleurs» d'Arkham donnent à Gordon et à Bullock une course contre leur argent, alors qu'ils planifient un plan pour échapper à l'asile. Pendant ce temps, Bruce élabore sa propre stratégie pour contrecarrer leurs plans. De plus, Barbara reçoit une offre qu'elle ne peut pas refuser.

Gordon et Bullock tentent de garder une longueur d'avance alors que Jerome se rapproche de sa prochaine cible. Pendant ce temps, Nygma organise un jeu d'énigmes dans les Narrows et fait face à son challenger le plus dur dans Lee Thompkins, et Penguin va voir Butch avec une proposition.

Les détenus d'Arkham courent encore librement à Gotham et ils deviennent de plus en plus difficiles à attraper. Gordon développe un plan, mais à contrecoeur doit se tourner vers Bruce pour obtenir de l'aide. Pendant ce temps, Barbara découvre à quel point ses nouveaux amis sont prêts à aller pour elle.

Gordon et Bullock tentent de découvrir qui est le voleur intelligent derrière les vols de diverses succursales bancaires à Gotham. Pendant ce temps, Barbara est mise en danger, forçant Tabitha à recruter de l'aide.

Le chaos éclate à la GCPD, envoyant Gordon sur une chasse aux oies sauvages pour le coupable derrière la prise de contrôle de masse. Pendant ce temps, un ami de Bruce devient paranoïaque, entraînant un comportement imprudent et destructeur.

Alors que Gotham tombe dans l'anarchie complète, une équipe de héros improbables se lève pour la sauver. Bullock prend la tête à la GCPD et les limites psychologiques de Bruce sont testées car ceux qui sont proches de lui sont mis en danger.

Jérémie prévient un Gordon sceptique de plus de destruction venant de Gotham, et Gordon est forcé de prendre une décision potentiellement dévastatrice. Pendant ce temps, Barbara rassemble une équipe pour assurer sa position, comme des alliances dans le monde souterrain et prouver que personne ne peut faire confiance. Ensuite, Bruce est obligé de se réconcilier avec l'avenir.

Jour 87: Gotham est déclaré hors des limites du continent par le gouvernement, Jim Gordon et Bruce Wayne sont confrontés au chaos que la ville est devenue.

Gordon et Bullock enquêtent sur un lieu où plusieurs enfants ont été kidnappés. Gordon trouve en Barbara, une alliée improbable. Bruce, quant à lui, examine une prétendue sorcière capable de guérir. Nygma fait face à ses propres démons.

Avec la création d'un lieu sûr pour les réfugiés "Haven", Gordon espère mettre un terme aux combats entre gangs rivaux. Selina est déterminée à trouver Jeremiah et elle convainc Bruce de l'aider. Pingouin se rend à Haven afin de récupérer son personnel.

Gordon et Pingouin sont contraints de travailler ensemble. Lucius, Nygma et Barbara ont tous une hypothèse différente au sujet du responsable des événements récents qui ont lieu à Haven. Selina poursuit sa quête de vengeance.

Une force militaire, dirigée par Eduardo Dorrance, est appelée afin de venir en aide à Gotham City. Pendant ce temps, Nygma cherche des réponses auprès de Pingouin. Bruce s'inquiète du comportement récent de Selina.

Gordon réunit une équipe improbable pour protéger la ville de Gotham d'Eduardo Dorrance et de son Delta Force. Barbara fait des révélations choquantes à Gordon. Au même moment, Selina et Pingouin font équipe pour déjouer le plan de Magpie.

Gordon est à la recherche du criminel qui met en péril la possible réunification de Gotham avec le continent. Jeremiah revient en ville et organise une reconstitution malsaine de l'assassinat des parents de Bruce Wayne avec l'aide de Jervis Tetch alias Mad Hatter.

Gordon et Bullock enquêtent sur deux meurtres perpétrés à Sirens. A cette occasion, le passé de Bullock revient le hanter. Au même moment, Bruce et Alfred explorent les tunnels sous la ville. Le projet d'évasion de Pingouin et Nygma va être contrecarré.

Alors que Gordon tente de mettre en place un cessez-le-feu, quelqu'un lui tire dessus. Il se met à halluciner. Parallèlement, Ivy revient et jette un sort à Bruce laissant Selina se défendre seule. Barbara et Pingouin envisagent de partir. Lee souhaite également changer de vie.

Gotham est au bord de la réunification, Gordon et Bruce se retrouvent face à Eduardo. Ils vont enfin découvrir le cerveau derrière le chaos actuel de la ville. Pendant ce temps, Barbara demande de l'aide à Lee.

Bane présente son plan final afin de détruire la ville de Gotham, Gordon doit se rallier à ses anciens ennemis pour sauver la ville. Pendant ce temps, Nyssa al Ghul kidnappe la fille de Barbara. Bruce prend la décision de quitter Gotham ce qui dévaste Selina...

Dix ans plus tard, Bruce Wayne retourne à Gotham afin d'inaugurer la nouvelle tour "Wayne". Au même moment, une série de crimes amène Gordon à croire que le Pingouin et The Riddler y sont mêlés. Quand Bullock est condamné pour un meurtre, Gordon pense que Gotham est la cible d'un complot plus vaste qu'il le pensait. Pendant ce temps, un personnage de l'ombre émerge pour devenir le héros dont la ville a désespérément besoin.