ゴッサム・シティの市議会で、アーカム地区の開発計画案を決議するための投票が行われようとしている。だが、２つの計画案の背後には２つのマフィアの勢力争いがあり、やがて市議会議員の殺害事件が起きると、街中が混乱と喧噪の渦に巻き込まれる。ゴードンとブロックは、議会と議員たちの命を守るために全力を尽くす。そんな中、ゴードンのもとに“古い友人”が訪れる。

ジェロームの支持者たちがゴッサム市警本部に押し寄せ、大混乱に陥る。ニグマはリーの救出作戦を計画。ブルースはジェレマイアとの信頼を築くが...。

ゴッサム中に爆弾が仕掛けられる。意外な人物たちが協力するなか、ブロックは爆弾の解除を試みる。一方、ブルースは自身の恐怖に向き合うはめになる。

ゴッサムの避難民のために安全地帯がつくられるが、ペンギンが乗り込んでくる。決着をつけたいセリーナは、ブルースにジェレマイア捜しの協力を頼む。

安全地帯が何者かに爆破され、ペンギンがゴードンに協力を申し出る一方、ルーシャスとニグマは取引をする。セリーナはジェレマイアに近づくが...。

ゴッサムを取り戻すための戦いに挑むゴードンのもとに、意外な面々が集結する。新たな悪党の登場に、手を組むことになったペンギンとセリーナ。

銃撃され、生死の境をさまようゴードン。こん睡状態の中で、過去の数々の失敗を裁かれる夢を見る。街に戻ってきたアイビーはブルースに狙いを定める。

ベインとナイッサがゴッサムを制圧しようとするなか、街を救うためにゴードンはかつての敵たちと手を組む。ブルースの決断は、ついに彼を宿命へと導く。

新ウェイン・タワーの落成式のために、ゴッサムを離れたブルースが10年ぶりに街に戻ってくる。そして、ゴッサムは今こそ闇の騎士を必要としていた。