Бывший детектив Гордон старается приспособиться к новым условиям и обнаруживает, что в Аркхеме для него не меньше работы, чем в участке. Кто-то в лечебнице применяет электротерапию для того, чтобы «поджаривать» мозг психически больных пациентов. Джим берется за расследование этого дела, несмотря на явное недовольство директора Аркхема, но ему нужна поддержка хотя бы одного сотрудника, и он находит ее в лице доктора Лесли Томпкинс.

Джим обязуется поймать Грубера и Дэнзинга в обмен на восстановление в должности детектива. Комиссар дает Гордону и Буллоку сутки на поиск сбежавших пациентов психушки. Тем временем Фиш переходит в атаку. Она устраивает фальшивое похищение Лайзы и требует от Фальконе передать ей всю власть над мафией Готэма в обмен на безопасность его новой пассии. Пингвин изо всех сил спешит к дону Фальконе, чтобы рассказать ему всю правду о заговоре Фиш, но на пути ему попадаются всеобразные препятствия.

Освальд вовсю празднует свою победу. Фиш попадает в руки к «профессионалу», который собирается зверски с ней расправиться. Она уверена, что больше ей не на кого надеяться, но в самый ответственный момент появляется Бутч Гилзин и спасает ее. Джим и Харви расследуют очередное убийство и случайно нападают на след целой сети наркоторговли. А в это время Брюс с Альфредом ищут по всему Готэму Селину.

Фиш Муни сообщает Марони о том, что Освальд все это время работал на Фальконе. Узнав эту новость, Марони берет Пингвина с собой «на прогулку», чтобы проверить слова Фиш. А в Готэме появляется новый маньяк, целями которого становятся люди с фобиями. Харви принимает это дело очень близко к сердцу после того, как встречает Скотти Мулленс.

Гордон и Буллок идут по следам Джеральда Крейна, спятившего учителя биологии, который мечтает навсегда избавить человечество от страха с помощью особой «вакцины». Крейн собирается использовать в качестве подопытного не только себя, но и своего сына Джонатана. Тем временем Фиш Муни оказывается на самом дне, и теперь ей предстоит снова отвоевать себе власть клыками и когтями. А Фальконе и Марони дискутируют по поводу дальнейшей судьбы Пингвина.

Джим и Лесли устраивают себе романтический вечер и отправляются в цирк. Прямо во время представления между артистами случается потасовка. Таким образом, свидание детектива Гордона и доктора Томпкинс плавно перетекает в расследование, в ходе которого они узнают о закулисных интригах, а также находят труп на территории цирка. Тем временем Брюс призывает совет директоров «Уэйн Энтерпрайз» к ответу.

Джим берется за расследование заброшенного его коллегами дела о пропавшей девушке и вскоре узнает, почему все остальные детективы в участке не хотят заниматься этим случаем. В это время Брюс отправляется на поиски Реджи, в чем ему помогает Селина. А Фиш организует побег из клиники Кукольника.

Буллок и Гордон по-прежнему занимаются расследованием дела о маньяке по кличке Огр, а он, в свою очередь, подбирается к новой жертве, которая небезразлична Джиму. Тем временем Брюс и Селина объединяют усилия, чтобы вывести на чистую воду Бандерсло, а Нигма встает на защиту мисс Крингл.

Джим узнает, кто стал следующей жертвой Огра. Харви находит свидетеля, который отправляет его на поиски Огра в закрытый клуб под названием «Фоксглав». Брюса ждет откровенный разговор с Бандерсло в «Уэйн Энтерпрайз». Между тем Барбара подпадает под пагубное влияние Джейсона, а Освальд готовит покушение на Марони.

Доктор Томпкинс помогает Барбаре пережить посттравматический шок. Освальд успешно разжигает войну между кланами Фальконе и Марони, преследуя свои цели. Но внезапно словно из ниоткуда на шахматной доске появляется новая фигура, которая мешает планам Освальда. А Брюс намерен во что бы то ни стало раскрыть секрет своего покойного отца.

Пока Джим Гордон разбирается с семейной драмой, Харви и Фокс пытаются поймать разбушевавшегося Загадочника. После смерти Освальда Нигма хочет найти себе равного по интеллекту, чтобы заполнить образовавшуюся пустоту. Его жертвами становятся светлейшие умы Готэма.

Гордон берется за новое дело — таинственный преступник в маске из свиной головы начинает планомерно расправляться с работающими на Освальда продажными копами. Кроме всего прочего, детектив раскрывает неприятную информацию о своем начальнике, в то время как у Пингвина появляется повод усомниться в искренности намерений Софии. Между тем Эдвард встречает старую знакомую, способную помочь в его беде. У нее, несмотря на нежелание иметь дело с Нигмой, вскоре появляется причина заключить с ним сделку.

Нигма с Гранди устраивают на арене собственное шоу, серьезно подрывающее авторитет Пингвина. Прознав про это, Освальд приказывает Барбаре и ее подопечным доставить Эдварда к нему, однако в процессе выполнения задания Табиту ждет шокирующий сюрприз. Между тем Лесли неожиданно для себя вступает в новую должность, а Гордону предлагают занять место капитана центрального отделения полиции города, сместив на посту его друга Харви. Пингвин же, прислушавшись к совету Софии, находит отдушину в воспитательной деятельности, занятие которой вновь заставляет мужчину поставить под вопрос искренность дружеских чувств девушки.

Разгадав обман Софии, Пингвин решает уничтожить предательницу, не учтя, как долго та готовилась к захвату власти. Между Кобблпотом и молодой Фальконе вспыхивает настоящая война, в то время как на другом конце города Томпкинс приходится противостоять покушающемуся на ее землю конкуренту. Узнав о том, что Свин полностью изменил свою внешность, Гордон решает раскрыть истинный облик преступника, однако немного запаздывает с результатами, что выводит их конфронтацию на новый уровень.

Возродившись в новом теле, Айви использует появившиеся у нее силы для устранения врагов, а также обзаводится помощницей для реализации своих амбициозных планов. Тем временем переехавший в криминальный район Альфред тут же находит неприятности на свою голову, став подозреваемым в преступлении, которого не совершал. Джим же начинает расследование дела о взрыве в одном из зданий на окраине города и вскоре раскрывает инкогнито несостоявшейся жертвы покушения. Табиту же ждут приятные новости, а Нигма узнает ранее скрытые от него детали злодеяний его темной половины.

Айви начинает воплощать в жизнь свой план уничтожения компании Уэйна по разработке пестицидов. Узнав правду о секретном изобретении, девушка решает использовать созданное вещество в своих целях. Между тем отравленный ею Брюс погружается в пучину кошмаров, которые показывают юноше его возможное будущее. Джим продолжает расследование странных смертей и вскоре узнает о новой злодейке Готэма. Освальд же становится объектом интереса другого заключенного, в то время как София находит еще один способ контролировать Гордона.

Используя украденное вещество, Айви передает послание Буллоку, а также готовится к масштабному отмщению людям за издевательство над растениями. Тем временем, узнав о требованиях Софии, Лесли решает выдвинуть ей встречное, более заманчивое предложение. Гордону предстоит сразиться с бывшим боссом, а Нигма решается на отчаянный поступок, не подозревая о планах своего альтер эго. Селину между тем ждет напряженный разговор с бывшей подругой, а Брюс попытается вернуть расположение Альфреда.

Чтобы разобраться с Софией, Гордон восстанавливает Буллока в должности и встречается с бывшим счетоводом Пингвина, работавшим на два фронта и имеющим компромат на мисс Фальконе. Тем временем Загадочник со сбежавшим Оскаром заручаются поддержкой Лесли, а также разрабатывают план перехвата власти и уничтожения соперницы. Селине же приходится обратиться к Брюсу за помощью в деликатном деле, а Барбара начинает замечать за собой странные изменения.

Нигма, ведомый приказами, передаваемыми через чип внутри его головы, нападает на Гордона, но тому удаётся отбиться и закоротить чип в голове Нигмы при помощи электрошока. Эдуардо Дорранс сам пытается поймать Джеймса, но тому удаётся сбежать при помощи Барбары и Эдварда. Люди Дорранса начинают убивать заключённых бандитов и запирают сопротивляющихся полицейских. Люциус удаляет чип из головы Нигмы. Эдуардо шантажирует Гордона, взяв в заложники Ли Томпкинс. Во время попытки обмена Ли на чип из головы Эдварда Гордон вступает в схватку с Доррансом и в итоге толкает того на металлический прут, который протыкает его туловище. Нигма, Брюс, Альфред, Барбара и Люциус объединяются, чтобы освободить полицейских из заключения людей Дорранса в участке. Им удаётся сделать это, а также отправить информацию из чипа Нигмы (компромат на Дорранса) прессе вне Готэма. Ли не помнит ничего из случившегося за последние 3 месяца. Оказывается, что Хьюго Стрейндж при воскрешении имплантировал чип в мозг Ли так же, как и Нигме. Уокер лично прибывает в Готэм, спасает жизнь Эдуардо при помощи специального газа и отдаёт Ли приказ убить Джеймса. Ему с помощью электричества удаётся отключить её чип. Барбара шокирует Гордона известием, что она беременна. Джеремайя нападает и захватывает Альфреда. Тем временем Пингвин подвергается ограблению со стороны воровки Сороки, и, чтобы поймать её, обращается за помощью к Селине. Они идут в убежище Сороки, но та запирает их в комнате с бомбами. Селина понимает, что Пингвин собирается бежать из Готэма во внешний мир, и соглашается помочь Кобблпоту в обмен на 10 % накопленных им драгоценностей. Сорока попадает в ловушку, и Пингвин хладнокровно добивает её.

Гордон разговаривает по рации с генералом вне Готэма, тот говорит, что после бегства Уокер теперь ничего не мешает начать воссоединение Готэма со внешним миром. Поиски Альфреда за 5 дней так ни к чему и не привели, а полицейские находят трупы людей, погибших от воздействия химикатов. След приводит Гордона и Ли Томпкинс в Нэрроуз, на завод компании Эйс Кемикалс, где множество загипнотизированных бандитов производят химикаты под управлением Джервиса Тетча и Экко. Тем временем Джеремайя Валеска заманивает Брюса Уэйна в ловушку при помощи двойников его погибших матери и отца, а также Альфреда, находящихся под гипнозом. Особняк Уэйнов взрывается, но Брюс и Альфред успевают убежать. Селина и Барбара решают обмануть Пингвина и отомстить ему за убийство Табиты, но, встретив Альфреда, Селина передумывает и спешит на помощь к Брюсу. Джеремайя убивает двойников родителей Брюса и угрожает, что сделает то же самое с Джеймсом и Ли. Появившаяся Селина останавливает его в последний момент, но Экко запускает таймер распыления большого количества химикатов. Гордону удаётся утопить грузовик с химикатами в реке до детонации, но вещество начинает распространяться по воде, и из-за угрозы заражения воссоединение Готэма со внешним миром откладывается на неопределённый срок. Брюс дерётся с Джеремайей на заводе, и тот падает в чан с химикатами. Лишившись поддержки Селины, Пингвин приходит за помощью к Загадочнику и предлагает тому вместе сбежать из Готэма. Они убеждают Барбару не убивать Кобблпота, чтобы сбежать вместе с ними из города на подводной лодке. Ли прощает Гордона, и они воссоединяются.

Гордон и группа полицейских приходят в цитадель Пингвина на переговоры с представителями всех преступных кланов Готэма. Джеймс предлагает заключить соглашение о прекращении огня, чтобы сохранить жизни людей до воссоединения со внешним миром. Бандиты готовы согласиться, но неожиданно в Гордона стреляет неизвестный. Пока Ли Томпкинс оперирует его, Харви берёт руководство полицией в свои руки и пытается найти покушавшегося. Ему удаётся выяснить, что пуля, которой ранили Гордона, принадлежала Виктору Зсасзу. Альфред помогает поймать Зсасза, и тот признаётся, что покушался на Гордона, находясь под контролем Айви Пеппер. Раненный Гордон испытывает галлюцинации, в которых он выступает в ролях обвиняемого и обвинителя на судебном заседании, переживая за все свои ошибки, в том числе за жизни людей, доверившихся ему и погибших в результате взрыва в безопасной зоне. Барбара отравляет глав преступных кланов и заставляет их согласиться на прекращение огня в обмен на противоядие. Тем временем Брюс и Селина собираются на свидание и едят консервы. Внезапно приходит Айви и при помощи галлюциногенов берёт Брюса под свой контроль. По воле Айви, он приходит к Люциусу и пытается заставить того прекратить работы по очищению реки от токсинов, выпущенных Джеремайей Валеска, чтобы препятствовать воссоединению Готэма со внешним миром и отдать город природе. Появившаяся Селина успевает остановить их в последний момент. Айви приходит в полицейский участок, выпускает Зсасза и нападает на Ли. Серьёзными совместными усилиями нападение удаётся отразить — Ли ранит Айви, после чего та убегает, Харви обезоруживает Зсасза, а Джеймс очнулся. Через месяц Гордон и Ли сочетаются законным браком.

Тереза Уокер при помощи Хьюго Стрейнджа возвращает Эдуардо Дорранса к жизни, попутно преображая его. В Готэме готовятся к долгожданному воссоединению со внешним миром. Люди прибывшего генерала Уэйда перепроверяют уровень токсинов и утверждают план воссоединения, но в этот момент полицейский участок подвергается нападению группы бойцов во главе с Эдуардо, который стал гораздо более физически сильным под воздействием химикатов и теперь зовёт себя Бейн. Он похищает Гордона, Брюса Уэйна и генерала Уэйда и начинает избивать Джеймса на глазах Брюса. Тем временем Загадочник завершает создание подводной лодки, он с Пингвином и Барбарой собираются покинуть город, но на пристани у Барбары начинаются схватки, и она уезжает в роддом. Кобблпот и Нигма решают обмануть её и уплыть вдвоём, но у них это не получается, так как Барбара заранее украла клапан регулятора давления от подлодки, чтобы избежать обмана со стороны сообщников. Уокер признаётся Брюсу, что её настоящее имя — Нисса Аль Гул, она дочь Рас Аль Гула, а всё, происходившее с Готэмом в последнее время — наказание Брюсу за убийство её отца. Она также хочет наказать Барбару, которая помогла Брюсу убить Раса, и посылает Бейна за ней. В роддоме Ли, Пингвин и Нигма пытаются защитить Барбару от нападения, а тем временем Хьюго Стрейндж хочет прооперировать Гордона так же, как Эдуардо. Нигма возвращает клапан от подлодки, и они с Пингвином сбегают. Брюс и Джеймс вырываются из заключения людей Ниссы вместе с генералом Уэйдом, не зная, что Стрейндж имплантировал ему в мозг чип для контроля. Барбара рожает дочь. Бейн избивает Селину и серьёзно ранит Альфреда. Контролируемый через чип Ниссой генерал Уэйд отдаёт приказ о бомбардировке и уничтожении Готэма. Барбара возвращается в свой клуб с родившейся дочерью и находит там трупы всех подчинявшихся ей членов сестринства Лиги Теней, а также встречает Ниссу Аль Гул.

Нисса Аль Гул собирается забрать новорождённую дочь Барбары, чтобы воспитать её как члена семьи Аль Гул, и велит генералу Уэйду отдать войскам приказ атаковать Готэм и уничтожить всех оставшихся жителей. Пингвин и Загадочник собираются уплыть на подводной лодке с накопленными драгоценностями, но на пристани Освальд внезапно передумывает, решая «следовать зову сердца», и остаётся в городе, присоединяясь к обороне, которую организовал Гордон. Нигма тоже передумывает и решает остаться, также к обороне присоединяется Брюс с новейшим оружием, которое ему дал Люциус Фокс. Небольшая группа полицейских и вооружённых горожан обороняет баррикаду от многочисленных солдат под командованием Бейна. В ходе боя из-за взрыва гранаты Кобблпот лишается глаза. Обороняющиеся отступают под напором превосходящих сил противника. Брюс и Селина взрывают последнюю оставшуюся бомбу Джеремайи в здании Уэйн Энтерпрайзис, чтобы обрушившееся здание преградило путь наступающей армии. Тем временем Гордон освобождает Барбару, но Нисса заставляет его сложить оружие, угрожая убийством дочери. Она хочет убить Джеймса на глазах Барбары и избивает его. Барбаре удаётся освободиться и убить людей Ниссы, а затем ранить её саму тем самым кинжалом, которым был убит её отец. Раненая Нисса приказывает генералу Уэйду застрелиться, чтобы тот не мог отменить приказ войскам об уничтожении Готэма. Бейн нападает на Брюса и Селину, но тем удаётся отбиться от него при помощи стаи летучих мышей. Солдаты окружают полицейский участок и готовятся к штурму. Гордон отправляет беженцев и Барбару с ребёнком уходить по подземному туннелю, а сам с оставшимися полицейскими обороняется и прикрывает отход. Неожиданно все беженцы возвращаются и встают рядом с полицейскими. Солдаты отказываются выполнять приказ стрелять в невооружённых горожан и берут в плен людей Бейна и его самого. Нисса уплывает из Готэма на подводной лодке Загадочника с драгоценностями и псом Пингвина. Воссоединение Готэма со внешним миром наконец-то происходит. Барбара решает назвать дочь Барбара Ли Гордон. Загадочник и Пингвин объединяются, чтобы вместе построить преступную империю и заполучить контроль над городом. Джеймса Гордона назначают комиссаром полиции Готэма. Брюс Уэйн уезжает из города, оставив Селине прощальное письмо и попрощавшись с Альфредом.

Уехав из Готэма, Брюс приезжает в горный монастырь далеко в Гималаях. Спустя 10 лет жизнь в городе течёт своим чередом — уровень преступности растёт, мэр не хочет разрешать Гордону уходить в отставку с поста комиссара, готовится открытие новой башни Уэйна, Барбара стала легальной бизнесвуман и инвестором, Пингвин провёл 10 лет в тюрьме Блэкгейт, а Загадочник — в психиатрической лечебнице Аркем (там же находится пребывающий в состоянии овоща Джеремайя Валеска), Селина зарабатывает на жизнь кражами драгоценностей. Неизвестный похищает Нигму из Аркема, заставляя охранника застрелиться, а Харви Буллока — оговорить себя в его убийстве. Срок заключения Кобблпота заканчивается, и он выходит из тюрьмы. Таинственная фигура в плаще и маске предупреждает комиссара об опасности. Освальд привозит Гордона на пирс, где много лет назад тот едва не пристрелил его, и держит его на мушке, но Джеймс успевает прыгнуть в воду и ускользнуть. На вечеринку по случаю открытия башни Уэйна Нигма проводит связанного мэра и готовится произвести взрыв, но Барбара и Селина останавливают его, а Люциус Фокс, Гордон и Ли обезвреживают бомбу. Оказывается, что за всеми последними событиями стоял Джеремайя, который лишь прикидывался овощем, а на самом деле мог соображать и действовал при помощи Экко и других подручных. Пингвин помогает Нигме сбежать, но затем их обоих ловит и передаёт в руки полиции таинственная фигура в плаще и маске. Джеремайя и Экко нападают на Барбару, девушки ранят друг друга, а Джеремайя добивает раненую Экко и похищает дочь Барбары. На заводе Эйс Кемикалс Джеремайя угрожает Гордону, что бросит его дочь в чан с химикатами. Неожиданно появившаяся таинственная фигура в плаще и маске останавливает Джеремайю и спасает маленькую Барбару Ли Гордон. Гордон отказывается от ухода в отставку и возвращает прожектор с Бэт-сигналом на крышу полицейского участка. Брюс и Селина встречаются после многолетней разлуки, он говорит девушке, что никогда больше не покинет Готэм, и просит её вернуть украденное. Человек в костюме летучей мыши является на зов прожектора полицейских.