Nadat ze Arkham Asylum heeft verlaten, legt Barbara het bij met Gordon. Bruce en Alfred achtervolgen een oude vriend van Thomas Wayne van het Project Chimera, maar Hugo Strange dwarsboomt hun plannen.

Ivy heeft her voorzien op een geheim project waar Wayne Enterprises aan werkt en bedreigt iedereen die haar informatie kan geven. Ondertussen raakt Jerome geobsedeerd met Penguin in Arkham.

Gordon versnelt zich om het criminele element aan het licht te brengen dat dreigt de gesprekken over de hereniging van Gotham met het vasteland te beëindigen. Een zeer levende Jeremia keert terug en organiseert een verwrongen recreatie van de moord op Bruce's ouders met de hulp van Jervis Tetch aka Mad Hatter.