ゴードンは、ローブ本部長との間で最近論争となっている問題に関して、できる限りの情報を集めようとしている。その頃ムーニーは、あるドクターに協力する目的で彼のもとを訪れたため、彼女と刑事被告人たちとの関係について疑いの声が上がっていた。そんな中、ウェイン邸の近所で襲撃事件が起こり、ブルースは事件後の対処をしなければならなくなる。

ギャラバンとペンギンが手を組み、ゴッサム・シティの危険なファミリーに協力する。その中でペンギンは、ギャラバン家の歴史に横たわる秘密、すなわちウェイン家との確執が何世紀にも及んでいることに気づいていく。一方、ゴッサムの街で次々に起こる事件と奮闘するゴードンは、ウェイン家を巻き込む対立が再浮上していることなど知るよしもなかった。