ゴッサム・シティの名士であるトーマス・ウェインとその妻マーサが幼い息子の目の前で殺害された。ゴッサム市警の新米刑事ジェームズ・ゴードンと、パートナーのベテラン刑事ハービー・ブロックが現場に駆けつけると、そこには両親を失った12歳の少年が恐怖に震えていた。そして彼こそが、後に最も愛されるダークヒーローの一人となるブルース・ウェインだった。

ゴッサムの孤立解消を妨げる危険分子の存在を明らかにしようと急ぐゴードン。同じ頃、マッドハッターの助けを借りて、ある悪党が再び活動を始めていた。