1999年、地球に落下した異星人の宇宙戦艦を巡り統合戦争が勃発。それ以来、パイロットたちは次々と失われ、少年たちが戦場に駆り出されていた。ある日、統合軍のパイロットであるシンは愛機「F-14」で出撃するが、反統合同盟の戦闘機に撃墜されてしまう。そして、彼は不時着したマヤン島で巫女のサラと出会う。

マヤン島で穏やかな時間を過ごすシンは、自らの「F-14」を撃墜した敵可変戦闘機と統合軍の可変戦闘機の戦闘を目撃した。島の娘であるマオを助けようと島の中央に向かうシン。その時、彼の前に統合軍の可変戦闘機「VF-0」が不時着してきた。激しい戦闘と謎が交錯する中、シンは「VF-0」に飛び乗るのだった…。

空母のアスカに帰還したシンは、可変戦闘機「VF-0」の操作に慣れないでいた。その頃、反統合同盟の潜水空母であるアウエルシュテットから「SV-51」が射出される。一方、統合軍もリアクティブ・アーマードバルキリーとデストロイドを投入し、洋上で激しい戦いを繰り広げる。その戦火は、マヤン島にまで広がり…。

シンたちは、反統合同盟のノーラ部隊に捕らえられてしまった。だが、ハスフォード博士から「鳥の人」伝説を教わったシンとサラは、「鳥の人」の力でノーラ部隊から逃げ出し、マヤンの森の中をさまよう。そして、統合軍VS反統合同盟の「プロトカルチャー遺跡」争奪戦は、いよいよ最終局面を迎えようとしていた！

反統合同盟による爆撃で、火に包まれたマヤン島。戦いによる憎しみと悲しみの連鎖により、ついに「鳥の人」が目覚める。「鳥の人」奪取を急ぐ統合軍と反統合同盟は壮絶な戦いを繰り広げるが、圧倒的な破壊力を持つ「鳥の人」を前に、両陣営ともなすすべがない。一方、シンはサラを救い出すために出撃して…。