過去に起きた事故の影響で廃墟となった旧首都。この地に降り立つ3人の少女、成瀬荊、深作葵、野村タエ子。彼女達、コッペリオンに課せられた任務は旧首都に残された人命の救出。生存者を探しながら旧首都を捜索する彼女達の目の前に現れたのは、防護服をまといながらも助けを求める生存者の姿であった。彼の姿を見つけた荊は三島教頭の制止を振り切り救助に向かう。汚染抗体を一時的付与するワクチン「エーテル」を荊が打つことによって、生存者は一命を取り留める。引き続き生存者を捜索する荊たち、一方で三島教頭はテレビ中継を通じて全国の国民に対して旧首都の悲惨な現実を指摘する。突如、鳴り響くアラーム音。彼女達を待ち受けていたものは、野生化し凶暴となった狼であった。道中で出会った犬と一緒にいるタエ子の身を案じ、荊はタエ子の救出に向かう。

タエ子の救出に向かった荊と葵の前に現れたのはタエ子に銃口を向ける生存者の姿であった。彼(川端満男)から一人娘の未来(ミク)が行方不明であることを聞かされ救助を申し出る。未来の捜索を続ける荊とタエ子であったが、未来の姿は一向に見当たらない。不信感を覚え始めた荊たちに舞い込んできたのは、雪子が姿を消したという葵の一報であった。荊たちは雪子の居場所だと思われる傾いたホテルへと向かう。そのホテルの中で荊の前に現れたのは行方不明だった未来と雪子の姿だった。現実に絶望する雪子に対して荊は自らの信念を打ち明ける。そのさなか、突如ホテルが崩壊を始めて…。

生存者の捜索を続ける荊たち。一方、三島教頭は荊が救出した生存者、谷崎から生存者のリーダー格とおぼしき｢配達人｣の存在を知る。彼らの持つ車の鍵を見つけたことから、偶然にもその配達人と出会うことに成功した荊たちは彼らから旧首都での生活の実態を見せられる。配達人の情報を頼りに残された生存者｢あやめ婆さん｣の救出に向かう荊たち。そのさなか三島教頭は科学班の武者小路から配達人の正体を知らされる…。

化けガラスの追撃を始めたコッペリオン。葵の見つけたハンドアローを手に追いつめる荊。化けガラスの死角を突くことで撃退に成功する。化けガラスの不時着した危険区域、そこには高レベル廃棄物とその処理を専門にする業者｢イエローケーキ｣の存在があった。その事実に憤りを隠せない荊。そんな彼女の耳に飛び込んできたのは司馬博士が行方をくらませたという連絡であった…。

生存者がいるというJASA本部を目指す荊たち。その道中で生存者・梶井五次郎とその娘で妊婦の息吹が兵士らに襲撃されているところに出くわす。なんとか襲撃をかわした荊たち。その正体が自衛隊の亡霊、第一師団ということを五次郎から知らされる。かつては国民を守るため戦っていた彼らに何があったのか…。そのことに思いをめぐらせる間もなく、再び第一師団に襲われる。他の生存者の応援もあり、逃げ出すことに成功するものの、タエ子は負傷してしまう。

第一師団の包囲網をくぐり抜ける方法を模索する、荊とプラネットの生存者たち。そこへ侵入者がいることを知らせるサイレンが鳴り響く。狼が来たと勘違いし、不用意に外へ出た葵は第一師団に捕まってしまう。この時、｢第一師団の目的は生存者ではなくコッペリオン自身にあるのでは｣と荊は仮説を立てる。葵の救出に向かう荊であったが、第一師団のリーダー｢白外套｣が立ちふさがる。強襲を受け気絶してしまった荊。そのピンチを救ったのは、｢掃除係｣の黒澤遥人だった。

白外套率いる第一師団の凶弾に倒れ、重傷を負ってしまった荊。パニックに陥る葵を諫めつつ、遥人が必死の救命措置を試みる。その後、荊の負傷に責任を感じた葵は倉庫へ引きこもってしまうことに──。一方、遥人たちは第一師団の行動目的を吐かせるため、捕虜となった白外套と対峙する。頑に口を割ろうとしない白外套。だが、やがてその重い口から語られたのは、世界を惨劇に巻き込む恐るべき計画であった──。

荊たちの行く先に立ちふさがった女子高生は、コッペリオン掃除係に所属する小津姉妹であった。いきなり襲いかかってきた小津姉妹を、荊たちは間一髪のところで回避する。第一師団と共に行動を共にする小津姉妹の目的はいったい何なのか!? 荊の疑問をよそに、追撃の手を休めることのない小津姉妹。なんとか彼女たちの不意を突き、反撃を試みる荊であったが──。

ついにゾーンを脱出する作戦が開始された。荊率いる陽動班は小津姉妹を積極的に引きつけ、時間を稼ぐことが任務である。歌音の生体電気を察知し、目標物の居場所を探る特殊能力──。それを逆手にとった遥人は生体電気を発する爆弾を複数仕掛け、敵の目を欺こうとする。見事、歌音を攪乱することに成功した荊たち。しかし、荊の思惑とは裏腹に小津姉妹は思わぬ行動に──。

突如現れた巨大ロボの正体は第一師団の秘密兵器｢鉄グモ｣であった。なんとか鉄グモを撃退しようと応戦する荊たちであったが、どんなに攻撃を加えてもびくともしない。ついには鉄グモによって白外套が救出されてしまう。さらに苦戦する荊たちに小津姉妹の襲撃までもが加わる。圧倒的に不利な戦況の中、葵は鉄グモを止めるため一人ハッチのスイッチを押そうとする。だが、それを阻止するべく歌音が葵に向かって電撃を放ち—―。

駅のホームで電車の到着を待つ荊と葵たち。だが、そこに現れたのは電車ではなく小津姉妹と第一師団の姿であった。荊の説得も虚しく、自らを追いつめるかのように激昂していく小津姉妹。その最中、プラネットの人々の希望を乗せた電車が駅へと近付く。荊たちが電車へ乗り込むのを阻止しようとする小津姉妹。荊は遥人の残した爆弾を利用し、小津姉妹の撃退を図る。ギリギリのところで乗車を果たした荊。しかし、その車内で遥人の安否を聞かされ‥‥。

ゾーン脱出に喜ぶ間もなく、歌音による捨て身の追撃を受ける荊たち。壊れた鉄グモを操り、荊たちの乗る電車を破壊しにかかる歌音。体の限界を超えても攻撃の手を緩めない歌音に荊は圧倒されてしまう。この状況を打破するため、荊は歌音の弱点である水を利用することを思いつく。残されたバズーカの弾はあと1発。ビルの屋上にある貯水タンクを狙う荊だったが—―。