為了慶祝阿拉丁等人從撒共凱旋歸來並擊退敵人，辛德利亞舉辦了盛大的慶典。白龍決定回煌帝國，而阿拉丁則在見到受苦的朵妮雅心中的景象之後，告訴阿里巴巴和摩兒迦娜，他決定再次踏上旅程。

聽到阿拉丁要獨自去旅行，阿里巴巴內心大為震驚。此時紅玉跑來找他提出切磋武藝的要求，最後連辛巴達都跑來摻一腳。朵妮雅雖然恢復了意識，但是身體卻因黑暗的影響而每況愈下，更加深了阿拉丁前往馬格諾修達特的決心。

阿拉丁、摩兒迦娜、白龍終於要出發了，但是阿里巴巴始終沒來送行。看見三人如此沮喪，辛巴達偷偷告訴了他們一件事。另外，在抵達阿庫提亞王國分頭行動之前，一行人暫時在海上同行，度過了短暫又愉快的時光。可是就在快抵達目的港口之前，船卻突然遭受到了海盜的來襲。

襲擊商船的海盜們，在白龍的實力下根本不是對手，可是看似海盜頭子的小孩奧魯巴卻抓走了阿拉丁當人質。當船被洗劫後好不容易靠岸，一行人發現海盜也抓走了港鎮上貧民窟的小孩，而阿庫提亞王國的海軍居然表示不願為了貧民而出動。於是阿里巴巴、白龍和摩兒迦娜便決定只靠自己三個人行動。

面對實力堅強的阿里巴巴三人，全是小孩的海盜們只不過是烏合之眾。但是當三人好不容易抵達大聖母面前，面臨了大聖母的魔力洗腦。阿里巴巴和摩兒迦娜在阿拉丁的呼喚下好不容易清醒過來，但是不敵洗腦的白龍卻反過來與他們兵戎相向。

白龍終究不敵魔力耗盡而倒下，於是阿拉丁他們三人連忙繼續追捕大聖母，沒想到阿庫提亞王國最後還是派出了海軍前來支援。原本要被帶去審問的大聖母，在城裡受到了民眾們的暴行，更因白龍意外的行為而喪命。面對失意的海盜孩子們，阿里巴巴給了帶頭的奧魯巴一番諄諄告誡。

阿拉丁、阿里巴巴與摩兒迦娜度過了三人齊聚的最後一晚，隔天各自踏上了旅程。阿拉丁由於旅途疲累而借搭了路上巧遇的馬車，沒想到馬車上頭載的還是煌帝國的皇子練紅霸，而且半途竟還被強盜打劫了。練紅霸大展身手解決了那群強盜，最後馬車終於抵達馬格諾修達特。

來到馬格諾修達特的阿拉丁，原本滿懷期待能學習新魔法，沒想到不但分級考試卻掉到了最下位的等級六，而且上課的內容居然全都是體能訓練。和他同寢室的室友斯芬特斯告訴他，要是兩個月後的檢定考試不及格的話，甚至會被勒令退學……

在海上再次遭到洗劫的阿里巴巴總算抵達了雷姆帝國，但是由於被偷走了推薦信，因此在劍鬥士養成訓練所吃了閉門羹。正當一籌莫展的時候，沒想到訓練所的師傅夏巴魯親自找上門，於是阿里巴巴和夏巴魯的徒弟多多便展開了一場比試。

為了支付夏巴魯的醫治費，阿里巴巴上了鬥技場，但沒想到首戰就對上巨大怪猴哥路達。面對巨大的對手，阿里巴巴完全不是對手，本來所有人都不看好阿里巴巴。但最後阿里巴巴急中生智，總算化險為夷。

摩兒迦娜終於來到故鄉加塔爾戈，可是不但沒見到任何法納利斯的同胞，還差點與企圖綁架她的惡棍起衝突，幸好遇見了令人意外的人出手相救。在托朗族長老的告知下，摩兒迦娜進入黑暗的大峽谷，想要到山谷的另一頭尋找同胞，卻在那裡遇見了神秘的男子尤南。

由於煌帝國的皇帝駕崩，皇族的子女們於是趕回到皇宮。眾人相聚的夜裡，白龍和白瑛從紅炎的口中聽到了托朗族與另一個世界的謎團，紅炎並揚言要將這個世界打造成不同於已毀滅的另一個世界。等到眾人都到齊後，隔天前往皇座聆聽皇帝遺詔。原本大家都認為會由紅炎繼任帝位，但沒想到最後結局竟然是……

阿拉丁在期末測驗展現出了驚人的成果，同學們都認定他一定能當上學年首席，沒想到還有另一位新生更高人一等，那就是來自雷姆帝國的提特斯。阿拉丁在與提特斯的實戰測驗中不慎讓藏在手上隱瞞身分的石頭曝光了，但沒想到提特斯居然也和他一樣。兩位魔奇都開始對馬格諾修達特展開調查，左右世界命運的關鍵就藏在這個國家……

升上二年級的阿拉丁、斯芬特斯和提特斯，同時也得到了國民等級二的身分。三人興高采烈地參觀馬格諾修達特的魔導士市民居住區，但是無論如何卻找不到五等許可區的所在地，於是三人便趁夜冒險潛入了這個神秘的禁地。提特斯在那裡遇見了一位魔力耗弱的小女孩瑪露佳，決心偷偷帶她逃出殘酷的禁地。

擅闖第五許可區的阿拉丁等人，原本應該接受嚴的懲罰，但莫迦梅特校長卻仁慈地寬恕了他們。第二天，阿拉丁他們在莫迦梅特親自授課時，聽到了馬格諾修達特之所以如此殘忍對待非魔導士的原因，那是一段讓魔導士們不堪回首的痛苦記憶。

聽完莫迦梅特的說明，提特斯憤怒地加以否定，對此莫迦梅特卻點破提特斯是將自己的遭遇投影到了瑪露佳身上，並且讓他帶瑪露佳來到外界生活。另一方面，阿拉丁和提特斯在一次授課中發現，馬格諾修達特正秘密研究黑色鵬鳥。莎赫拉查德吩咐提特斯任務已告終，要他回雷姆帝國過完最後的短暫人生，不想和瑪露佳分開的提特斯，於是求助莫迦梅特。

提特斯向莫迦梅特訴說自己的身世，但因過於絕望而使得鵬鳥失控，千鈞一髮之際被莎赫拉查德透過意識同步加以阻止。莎赫拉查德要求提特斯回到雷姆帝國，但莫迦梅特表示不願讓提特斯回到令他傷心的出生地，並宣布與雷姆帝國開戰，而同時煌帝國也對此虎視眈眈。

馬格諾修達特與雷姆帝國正式開戰。起初佔上風的魔導士們，在雷姆帝國不屈不撓的猛烈攻擊下，終究還是被突破防線，於是莫迦梅特只好派出秘密開發的人工魔導兵器。但是雷姆帝國這邊也派出了法納利斯軍團，至此開始戰況一面倒，提特斯也在與穆的對決中落敗。就在提特斯灰心喪志時，阿拉丁再次站到了他面前。

面對魔導士們的團結防守，法納利斯軍團長決定使用魔人金具和眷具速戰速決，想要一舉攻下首都而對第二層結界展開強攻。於是阿拉丁終於解放身為魔奇的力量，想出了不讓雙方流血的方式，暫時中止了戰爭。

穆‧阿勒奇烏斯賭上最後的魔力，將自身進行魔裝，企圖將阿拉丁連同馬格諾修達特的城市一刀兩斷，千鈞一髮之際阿里巴巴擋下了他的最後一擊。之後雷姆帝國一度撤退回海上，阿拉丁與莎赫拉查德兩位魔奇私下面談。阿拉丁告知自己曾在索羅門的智慧中看見的過去歷史，懇請莎赫拉查德一同避免悲劇再次降臨。

阿拉丁與莎赫拉查德達成共識停戰，但此時卻傳來戰報，煌帝國派出大軍進攻馬格諾修達特。見到魔導士的巨大犧牲，心痛的莫迦梅特決心使出最後的手段，出動了他研究已久的黑色魔人。

在瑪露佳的說服之下，提特斯終於下定決心該做什麼。他前往五等許可區，阻止莫迦梅特的失控。但是一切已經太遲，八芳星所期待的黑暗存在、毀滅阿瑪托朗的不祥之物終於降臨這個世界。

為了阻止黑暗毀滅世界，於是阿拉丁召喚出了在場的所有魔人，並且答應以自身的知識為條件，要練紅炎協助擊敗即將招致世界毀滅的黑暗媒介。在紅炎的一聲令下，遠在他方的煌帝國魔人金具使用者全都聚集到了馬格諾修達特。

集合了所有魔人金具使用者的力量而施放的極大魔法，終究沒能夠打倒黑暗的媒介。但是由於力量被削弱，使得在媒介中心之人，莫迦梅特產生了迷惘。阿拉丁和雅姆萊赫趁機進入到媒介之中，企圖喚回莫迦梅特。