迷宮ザガンを攻略し、シンドリア王国での宴を満喫するアラジンたち。 そこでアラジンはシンドバッドから、『三人のマギ』について聞かされ、シンドリア王国のマギとしてレーム帝国に行くことを持ちかけられる。 アラジンはその言葉に対し、自分はシンドリアのマギではないと微笑む。 宴の中、アラジンはアリババに、この世界を終わらせないことを誓う。 「……でも、僕はこれからどこに向かって進めばいいんだろう？」

マグノシュタットの魔法学校へ行くことを決意したアラジンは、自分も共に行くというアリババの誘いを断る。 その態度に納得がいかず悶々とするアリババ。 一方、アラジンの決意を知ったモルジアナは自らの故郷である暗黒大陸への思いを強くし、白龍・紅玉もシンドリアを発つことを決意する。 それぞれが、それぞれの進むべき道に向かい、動き始める―――。

シンドリアを出て、船旅を始めるアラジン・モルジアナ・白龍。 ついにアリババと仲直りできないままだったと語るアラジンたち。しかし、その背後でうごめく影が…。 実はアリババも隠れて同じ船に乗り込んでいたのだ。 一緒に行くと言い出せないまま出航してしまった船の中、アラジンたちとの仲直りをもくろむアリババだったが…。

ラジンたちの乗った船を襲う、子供ばかりの海賊たち。 アリババや白龍の抵抗むなしく、魔法道具を操る海賊にアラジンがさらわれてしまう。 一旦港に入港したアリババたちは、その海賊が「オーム・マドーラ」と呼ばれ、襲った町から貧民街の子供をさらっていることを聞かされる。 そして海賊船の中で目を覚ましたアラジンは、子供たちのマゴイを使って動く巨大な魔法装置を目の当たりにしていた。

オーム・マドーラの島にたどり着いたアリババたちは、海賊を蹴散らしアラジンの救出に向かう。 しかしその道中ではまだ幼い子供までもが、マドーラのことを守ろうとアリババたちに刃を向ける。 スラムからさらわれた子供たちは洗脳され、マドーラを母と慕っているのだった…。 一方その頃、アラジンはマドーラの術にかけられ、母の記憶を呼び起されていた。

オーム・マドーラの術にかかり、アリババたちに襲いかかる白龍。 その身を魔装に包んだ白龍の心は、兄たちを失った幼い日の憎しみに燃えていた―――。 我を失い猛攻をしかけてくる白龍だが、ついにマゴイを使い果たし気を失ってしまう。 戦いの隙をつき逃げようとしたマドーラと海賊たちも、待ち受けるアクティア海軍に捕えられる。 しかしそんな中意識を取り戻した白龍は、移送されようとするマドーラを庇うように立ちはだかる…！

アリババはレーム帝国の帝都レマーノへ、 モルジアナはレーム南部のカタルゴへ、 そしてアラジンはマグノシュタットへ。 別れを前に、三人はアクティアでの最後の夜を楽しんだ。 二人と別れマグノシュタットに向かうアラジンは、ある人物の乗った馬車に同乗することに。 アラジンと同じくマグノシュタットに向かうという、その人物とは…？

魔法に満ちた国・マグノシュタットの魔法学院に入学したアラジン。 しかし入学時の実力別クラス分けでは、最低ランクの「コドル６」に分類されてしまう。 早速翌日から授業がスタートするが、アラジンたちのクラスで行われるのは「身体強化」のものばかり…。 「一ヶ月間、己を信じ、妥協を許さなかった者にのみ魔法の指導をさずけよう！」 マイヤーズ教官の厳しい特訓に、アラジンは耐え抜くことができるのか！？

盗賊に身ぐるみはがされながらも、どうにかレーム帝国にたどり着いたアリババ。 早速シャンバル剣闘士養成所に入ろうとするが門前払いをくらってしまい、生き倒れそうなところをナンド三兄弟に助けられる。 ようやく食事にありついたアリババは、ナンド三兄弟の経営する店で無一文になっている全裸の男と出会う。 その男こそ、魔力操作の一族『ヤンバラ』の剣闘士、シャンバル・ラマーだった。 シャンバルに認めてもらうため、アリババはシャンバルの弟子・トトと刃を交えることに…。

闘技場で始まる、巨大なマウレニアヒヒ・ガルダとアリババの試合。 魔具の使用が許されないという過酷な状況で、アリババはガルダの凶暴な拳に追いつめられる。 それは、たとえ勝負がついても降参など認められない、命をかけた闘いだった…。 危機に瀕したアリババの脳裏に次々と仲間たちの笑顔が走馬灯のように現れるなか、アリババに背を向けるある人物が浮かび上がる。 そしてアリババは思い出す。 幼い頃、剣術も何もなく、ただ生きるために必死で戦っていた日々を―――。

故郷・カタルゴの地に立つモルジアナ。 しかしそこにはファナリスは一人もおらず、夢に描いていたような場所ではなかった。 失意のモルジアナは、トランの民の村で研究者として暮らすアブマド・サブマドに再会する。 そこでトランの長老から、暗黒大陸の裂け目「大峡谷」を越えた先にはファナリスがいると聞かされるが、しかし大峡谷に足を踏み入れた者は二度と戻っては来ないという…。 それでもモルジアナは、自らの本当の居場所を探しに大峡谷に行くことを決意する。

皇帝崩御の知らせに一族が集結した煌帝国。 白龍も眷属を引き連れ帝都に降り立ち、白瑛とともに兄・紅炎と対峙する。 しかし白龍は「世界をひとつにするために一人の王が必要」と語る紅炎の言葉に、頷くことはなかった…。 翌日、兄弟全員が揃った場で前皇帝の遺言状が明かされる。 そこに書かれていたのは、皇太后・練玉艶を新たな皇帝とするという衝撃の言葉だった。

マグノシュタットの魔法学院で、一学年の修了式・イクティヤールが行われる。 高度な魔法を習得したアラジンは首席修了間違いなしと言われていたが、皆の予想に反し、選ばれたのはティトス・アレキウスという少年だった。 スフィントスと共に二学年に進級したアラジンは、高飛車な態度をとるティトスの怒りを買い、諍いを起こしてしまう。 そこに現れた学長のモガメットは、アラジンとティトスに実戦試験を行うように命じる。

けがをしたアラジンを見舞い、病室を訪れたティトス。 実はティトスは、レーム帝国のマギ・シェヘラザードの密命を受けマグノシュタットにやってきたのだった。 自身の使命を告白したティトスに、アラジンもマギであることを明かし、助け合っていこうと呼びかけるが、ティトスは答えずに部屋を去る。 翌日、スフィントスと共にマグノシュタットの街を見物に行こうとするアラジンの前にティトスが現れ、これまでと一転して友好的な態度をとる。 そして3人は魔法道具に満ちた街を満喫する。 しかしアラジンは幸福に暮らす人々を目の当たりにしながら、立ち入ることの許されない“５等許可区”の存在が気にかかっていた…。

５等許可区に住む非魔導士の人間からマゴイを吸い取ることで成り立つマグノシュタットの街。 その残酷な仕組みを知ったティトスは、衰弱していく少女・マルガを救い出そうとし、5等許可区を管理し非魔導士を差別する魔導士たちに反抗する。 そんなティトスとともに戦おうと、マギとしての力を解放しようとするアラジン。 しかしそこにマイヤーズが仲裁に現れ、アラジンとティトスはモガメットの元に連行される。

特別講義でモガメットは学生たちに、非魔導士の人間は魔導士によって管理されるべきと語る。 ５等許可区の現状を知るティトスとアラジンは反論するが、しかし「魔導士の国を作る」というモガメットの言葉に他の生徒たちは心を動かされている様子で…。 講義の後モガメットはティトスに、「マルガを連れ出し地上で暮らしてもよい」と語る。その真意とは？

ティトスはモガメットに対して、自分はシェヘラザードの魔法により作られた分身であること、そしてその命があと一月ほどで尽きることを明かす。 悲しみのあまりティトスのルフが濁りそうになったその瞬間、気を失ったティトスの意識はシェヘラザードと同調する。 シェヘラザードはティトスを介し、レーム帝国の属州になるようモガメットに語りかけるが、モガメットはその要求をはねのける。 そして翌朝、全魔導士たちを集めたモガメットはレーム帝国との開戦を宣言する―――！

ついにレーム帝国とマグノシュタットによる戦争が始まった。 魔導士たちの強大な魔法によりレーム軍の進行を阻むマグノシュタットに対し、レームは化学の力による火薬兵器で結界を攻撃する。 それぞれが理想とする国のあり方を掲げ、衝突するシェヘラザードとモガメット。 そんな中アラジンは、モガメットの『力』を止めるべく前線へと急いでいた。

魔法によりファナリス兵団を撤退させようとするマグノシュタットの魔導士たちを、力魔法の金属器と眷属器により次々と倒していくムー・ロゥロゥ・ミュロンたち。 ついにその力が結界を破ろうとした時、彼らと対峙するアラジンはマギとしての力を解放し、3体の巨人を喚び出しその行く手を阻む！

全身魔装したムーによる極大魔法を食い止めようとするアラジンだったが、その力の前に劣勢に立たされてしまう。 しかしそこに現れたアリババが、アモンの剣によりムーの極大魔法を防ぐ。 中立地点で話し合いをすることになったアラジンとシェヘラザード、そしてアリババとティトス。 互いについて和やかに語り合う4人だったが、一方マグノシュタットでは、魔導士たちの死傷に心を痛めるモガメットがいた…。

かつてモガメットは、全ての人間を守るという理想を抱いていた。 しかし今、戦争で傷を負った魔導士たちと、魔導士にすがるしかない非魔導士の国民たちを目の当たりにし、自分が守りたいものは魔導士だけだと胸に誓う。 そしてモガメットは黒いジンを操るため、自ら堕転することを決意する。 モガメットの精製した黒いジンは、マグノシュタットを目指す紅覇率いる煌帝国軍へと向かう！

黒いジンと戦う魔装したアリババのもとに現れた紅炎に、アリババはバルバッド王国王子として対峙する。 紅炎は眷族と共に次々と黒いジンを倒していくが、モガメットは黒いルフを意のままに操り、非魔導士の王たちを滅ぼそうとする。 シェヘラザードの立つレームの艦隊にも無数の黒いジンが襲いかかるが、そこにティトスの姿はない…。 ティトスは、自らが一番守りたいものに悩み、家で一人震えていたのだった。 しかしティトスと出会って救われたというマルガの言葉に勇気づけられ、ついに立ち上がる。

空にできた暗黒点を塞ぐため、アラジンは金属器使いたちのジンを呼び出す。 「依り代」が悪意の化身を引き下ろしてしまえばこの世界は滅んでしまうと語るジンたち。 その言葉から、アラジンがアルマトランのことを知る存在であると理解した紅炎は、この世界の真実を全て明かすよう迫る。 そんな紅炎にアラジンは、「依り代」を壊すのを手伝ってくれれば全てを話すと約束する。 紅炎は紅明・白瑛・紅玉を呼び出し、煌帝国の金属器使い総力戦で「依り代」の破壊に向かう！

七海連合の金属器使いを引き連れて現れたシンドバッドと、ユナンと共に現れたモルジアナ、さらにムーなどレーム帝国の金属器使いたちも「依り代」との戦いに参戦する。 しかしアリババたちの魔力はこれまでの戦いの中ですでに尽きかけてしまっていた。 そこでシェヘラザードは、その身体に蓄積された魔力を全て一度に放出するという最後の超律魔法を発動させ、金属器使いたちに魔力を分け与える。 シェヘラザードの力を得、各国の金属器使いが極大魔法を駆使する。 ダメージを受けながらも倒れない「依り代」。アラジンはその核となった堕転したモガメットの内へと、「ソロモンの知恵」を使い語りかける―――！