Seis meses después de abandonar Ceuta, Morey sigue obsesionado con la muerte de Abdu, mientras el CNI consigue evidencias que acusan a Khaled tras detectar en Malta la presencia de un hombre relacionado con Hakim. El joven agente de Inteligencia regresa clandestinamente a Ceuta, donde se reencuentra con Fátima. Convencido de que la célula terrorista Akrab sigue activa y de que Khaled planea un atentado, Morey pide ayuda a Fran, que ha perdido el apoyo de sus superiores debido a una cruenta guerra entre bandas rivales. Mientras en El Príncipe, Fátima parece felizmente casada mientras su esposo Khaled se ha convertido en el gran benefactor del barrio.

Morey decide regresar a la comisaría para tratar de proteger a Fátima de Kahled, uno de los cabecillas de Akrab. Sin embargo, después de todo lo ocurrido, no va a ser tan fácil acercarse a la mujer de su vida, y mucho menos abrirle los ojos.

El agente del CNI logra reunirse con la hija mayor de la familia Ben Barek, sin embargo el recibimiento no es del todo como se esperaba. Morey apenas tiene oportunidad de hablar mientras Fátima rompe en lágrimas y reproches ante el que era el amor de su vida. El agente intenta decirle la verdad sobre quién es Khaled, pero Fátima no está dispuesta a escucharle y a dejarse herir de nuevo por el hombre que mató a su hermano Abdu.

Cuando parece que Fátima nunca abrirá los ojos, un miembro de la organización terrorista Akrab le descubre la verdadera identidad de su marido y los macabros planes que intenta ejecutar.

Por otra parte, Didi, uno de los yihadistas implicados en la explosión, se presenta en la residencia de Khaled y Fátima implorando perdón. Tras conocer este hecho, el CNI aprovecha la ocasión y utiliza a Didi, que compartió con Abdu su última jornada, para que Fátima se convenza de quién es su marido realmente. Paralelamente, Morey recela de Hidalgo, sospecha que se certifica cuando el CNI confirma sus temores. Entretanto, Faruq informa a Fran sobre una entrega de droga que llegará próximamente a Lamela, desafiándole a poner fin a sus provocaciones. Poco después, la Inteligencia española pide a Fran que utilice la información del soplo para ganarse a Lamela, pero el veterano policía no está dispuesto a servir a los intereses del implacable narco gallego.

Tras la muerte de Didi, Fátima se resiste a creer que su vida junto a Khaled sea una mentira, pero cada nueva indagación le confirma que Morey está en lo cierto. La única solución pasa por detenerle y destapar las acusaciones que pesan contra él. No va a resultar fácil: Khaled disfruta de apoyos con los que su mujer no contaba. Por otra parte, el operativo para intervenir un alijo de Lamela ha puesto a Fran en entredicho. El veterano policía se ve acuciado por Aníbal, cuyas exigencias no puede satisfacer. Por último, para hacer frente al chantaje de su prima, Leila se ve obligada a sustraer dinero a Faruq, que culpa del robo a sus hombres, aunque sospecha que la versión de su esposa no es del todo cierta.

La visita de Nasser propicia la colaboración de Fátima con los espías, en una jugada arriesgada a la que Morey se opone pero que es la única posibilidad de conocer cuáles son las verdaderas intenciones de Khaled. La joven se presta a colaborar con la esperanza de que la información que consiga sirva para terminar con la pesadilla en que se ha convertido su matrimonio. Fran revuelve la ciudad para encontrar a su hija secuestrada. Culpa a Morey y a Serra de lo que pueda sucederle a Ruth por haberle exigido que proteja los delitos de Lamela. Para liberar a su hija, el policía tendrá que enfrentarse con Aníbal.

Faruq se encierra con Khaled y parece dispuesto a matarle en venganza por la muerte del niño que esperaba Leila. Fátima hará todo lo posible para impedirlo, pero no podrá evitar que el destino de su marido quede en manos de su hermano.

Entretanto, aunque Morey ha comprobado que Nasser está muerto, siguen llegando mensajes desde su móvil que anuncian un atentado inminente. El CNI y la comisaría no tendrán otro remedio que desplegar un operativo y estar alerta por si finalmente sucede la tragedia anunciada.

Por su parte, Fátima está dolida y decepcionada con Morey, pero la inminencia del posible atentado la obliga también a estar alerta. Un golpe de mala suerte hará que se cruce con Yasin cuando éste ya ha empezado a ejecutar su plan de envenenar el agua potable de la ciudad

Morey comprueba que el agua nunca ha estado envenenada, pero Yasin echa la culpa del fracaso del atentado a la intervención de Fátima, cuya cabeza exige a Khaled. La vida de la joven está en peligro y su marido se ve obligado a recurrir a la policía y al CNI para garantizar su protección, en un operativo que fortifica la casa y que también servirá de cebo para el terrorista. Khaled es sincero en la defensa de su mujer porque la ama y porque no quiere que un nuevo episodio de violencia perturbe su matrimonio. Sin embargo, descubrirá un hecho que va a provocar que, después de haberla salvado, decida que Fátima debe morir….

Khaled deja claro a Morey que ahora que Fátima está embarazada no tolerará ninguna infidelidad. Mientras, prepara una reunión con Marwan con el objetivo de justificar sus últimas acciones y ganarse de nuevo su confianza para ultimar un gran atentado, el definitivo.

Entretanto, Morey recibe un nuevo mensaje anónimo que le informa de que Bastian, el espía francés, ha muerto en el curso de una operación en otro país. El agente del CNI se pone en marcha para enterarse de quién le envía estas informaciones y, cuando lo averigua, se sorprende de saber que es alguien muy cercano. Pero lo que Morey desconoce es que con sus pesquisas lo que ha hecho es sentenciar la vida de su “garganta profunda”.

Mientras en el CNI y en la comisaría están preocupados porque Sergio, el joven yihadista nacido en el barrio está reclutando a través de vídeos en redes sociales a varias adolescentes de todo el país que se han dejado seducir por su atractiva imagen. Entre ellas está Nasirah, la mejor amiga de Nayat. Fátima descubre que Nasirah oculta una pistola en su mochila y todos los Ben Barek se vuelcan en la pequeña de la familia con el temor de que sus conatos de rebeldía adolescentes sean un signo de algo más peligroso.

Fátima ve un vídeo protagonizado por Nasirah -la amiga de su hermana que ha desparecido- en el que insta a las jóvenes musulmanas a que se unan a la lucha armada. La pieza corre como la pólvora a través de las redes sociales de los chicos y chicas musulmanas del barrio y Fátima, temerosa de que Nayat siga los pasos de su amiga, la interroga abiertamente acerca de sus intenciones y pide ayuda a Morey para evitar que su hermana termine como Abdu. Tras una primera reacción airada, la joven se muestra colaboradora y tranquiliza a su hermana mayor diciéndole que en absoluto pretende seguir los pasos de Nasirah. Sin embargo, Nayat no ha calibrado los peligros a los que se enfrenta y está cada vez más decidida a encontrarse con su amor adolescente.

Tras la muerte de López, Serra se muestra muy afectado y pide a Fran que encuentre a los responsables. Ante la deriva que están tomando los acontecimientos Morey se pone en guardia, consciente de que él puede ser el siguiente. La reaparición de Hidalgo en Ceuta en sustitución de su compañero asesinado activará todas sus alertas.

Po otra parte, Faruq queda en evidencia delante de Khaled cuando el dinero que le tiene que entregar desaparece. Será Paco, al que Aisha ha hecho un hueco en casa de los Ben Barek, el que salve la situación, para disgusto del Tripas y del resto de los miembros de la banda.

Entretanto, Raquel le dice a Fran que está decidida a llevar ante la justicia al verdadero asesino de su hijo y sus cómplices, lo que significaría el fin de la carrera de Quílez como policía.

Frustrado por el intento fallido de liberar a Nayat, Faruq accede a colaborar con el CNI en su lucha contra Khaled, a cambio de traer de vuelta a Nayat. Faruq exige protección y ayuda para llevarse a toda su familia de Ceuta. Fátima intenta recuperar a su hermana presionando a Khaled, que decide finalmente intervenir, aunque ello suponga desobedecer las órdenes de Marwan.

Tras enterarse de que el embarazo de Fátima es un engaño, Khaled le provoca un accidente para simular la pérdida del bebé. Tras el incidente, Fátima toca fondo y, sin Morey, no encuentra razones para seguir batallando. Entre tanto, un par de chavales roban parte de los explosivos de Khaled para reventar un cajero. La noticia de la explosión hace temer al terrorista que sus auténticos planes puedan descubrirse.

Entretanto, tras delatarse ante Robledo, Serra se esconde y busca el modo de destapar la trama negra del CNI. El agente propone interrogar al integrista Fouad, al que trasladan desde la cárcel en un operativo para el que cuentan con el apoyo de Fran y Mati. Sin embargo, las cosas no salen según lo esperado, lo que acaba por desatar aún más la impaciencia de Serra. Por su parte, Faruq convence a Morey de que el joven Hamza puede ser útil para buscar los explosivos. Pero la cabeza de Morey está en otra parte: después de pasar la noche junto a Fátima, no puede soportar que pase un día entero sin saber de ella.

Morey viaja a Madrid tras conocer la muerte de Serra e intenta que la dirección del CNI suspenda el anunciado encuentro hispano-marroquí de Granada, pero Robledo mueve todos los hilos que puede para que salga adelante. Aunque Morey contará con una ayuda póstuma de su jefe, las noticias van a terminar por volverse en su contra.

Morey es obligado a abandonar Ceuta y se abre una investigación sobre su supuesta corrupción y sobre la revelación pública de su identidad. Pese a la prohibición, el agente no puede permanecer inactivo ante las noticias que le llegan de El Príncipe y se embarca en una maniobra desesperada para tratar de que no lleguen a término los planes de Khaled

Todos los medios hablan de la desarticulación de Akrab gracias a un colaborador de los servicios secretos franceses cuya identidad no ha sido desvelada. Khaled es considerado un héroe y recibe felicitaciones de las más altas instancias. En esta situación, Morey se encuentra sin salida y llega a dudar de sí mismo: quizá todo el mundo tenga razón y su empecinamiento en ver a Khaled como un terrorista sólo obedece a sus deseos de huir con Fátima.

Morey y Fran consiguen reducir a Ismail y sus cómplices y desactivar a tiempo la bomba de los aljibes, aunque albergan la sospecha de que puede haber un plan alternativo organizado por Khaled cuya amenaza resulta invisible para autoridades e invitados al encuentro hispano marroquí. Fátima llega con Khaled al palacio granadino donde tendrán lugar los actos centrales, con la presencia de los reyes de España y Marruecos.

Khaled huye de Granada tras los atentados llevándose consigo a Fátima, mientras Morey y Fran inician una frenética persecución. El joven agente del CNI sabe que si el terrorista logra cruzar la frontera con Marruecos nunca más volverá a ver a su amada.(Fin De Temporada y Serie)