东京帝国大学次元物理学宇宙理论学教授沫岛黎士，头发乱乱的，不擅长与人接触，上课时没什么人气，被研究室的学生助手认为不受欢迎是十分可惜的存在，明明有作为学者被世界广泛认可，拥有天才头脑IQ245，被认为是诺贝尔奖的热门候选人，是研究时空隧道“虫洞理论”的顶尖次元物理学研究者这天，根据黎士的研究理论，得知自己100%会在数小时后被杀，数十小时后自己的未婚妻大型IT公司工作的安堂麻阳也会被杀，黎士做好了觉悟给麻阳打了电话，“我会被杀掉，你也会被杀，你的生命，就算我被杀也绝对会保护你，100年后也一直，一直保护你 ”麻阳以为黎士是在开玩笑，但是之后，黎士消失了并失去了联络，才有些相信并且担心起来，麻阳的同事查到并告诉麻阳黎士搭乘了飞往印度的飞机，时间到时，电视上播出了飞机坠毁爆炸的新闻，得知黎士的死讯麻阳难以接受的同时，她也遭到了暗杀者的袭击，出现在麻阳面前的是和黎士容貌一模一样的智能型机器人 ARX II-13.从100年后而来受委托人委托不惜一切保护麻阳，得知黎士被杀，自己被一次次救下的麻阳说出了这么痛苦想死的话，此时，机器人拿出了枪。

　　麻阳的部下星找到了在椅子上悲伤的麻阳一起回到公司，逃过死亡的麻阳又一次被新的暗杀者盯上并侵入公司，黎士的妹妹七濑濑岛麻阳公司找麻阳哭诉说麻阳是世界上唯一的亲人了，暗杀者盯住了七濑，谎称有侵入者危险跟在七濑身后，给麻阳发了短信，当麻阳赶到时，暗杀者威胁麻阳不死要杀了七濑，此时，安堂机器人赶到救了她们，同时，警察厅发现了黎士被炸毁的碎片，并发现了智能型机器人 ARX II-13.和麻阳在一起，询问是否是教授，此时无奈的麻阳只能暂时承认，谎称被抢劫，刑警的芦苇质疑并送两人回家，担心被发现的两人只得留在屋里，第二天，电视上播出了黎士海活着的新闻，麻阳的母亲和七濑纷纷前来看望……愧疚的麻阳决定告诉七濑真相，但知情的人会被杀死。

　　智能型机器人 ARX II-13.来到东京帝都大学打算杀死七濑，此时麻阳用自己的生命威胁并让七濑保证不会告诉别人才得以幸免，生活在一起的两人，由于智能型机器人 ARX II-13.充电而无法使用电器做饭洗澡而怒火的麻阳，打算拆掉他，而因为杀人未遂被关进监狱，此时暗杀者再一次行动……对为自己盖被和在睡梦中回忆过去而呜咽的安堂，麻阳第一次质疑到机器人是否有感情，对于修理钟表的机器人，麻阳再一次质疑了这点，而此时七濑被警察询问回来的是否是自己的哥哥，七濑约出麻阳商量打算告诉警察，谁知竟是暗杀者假扮，此时机器人赶到救了麻阳，麻阳问机器人是否痛苦，而他只是说自己没有感情系统，回到家中，七濑打来电话说知道了哥哥在和100年后的人通信（E-mail)……

　　受到生命威胁的麻阳，对于保护自己的机器人抱有复杂的感情，这时，七濑打电话来说发现在哥哥的电脑里找到了和100年后的通信的内容，但暂无法解析……电视上播放了，麻阳和黎士的好友也是次元物理学家的桐生贵志在美国失踪的新闻，而此时桐生贵志和沫岛黎士研究所的学员一起竟带着一大块牛肉来访，同时，刑事的苇母衣朔与从监狱出狱相识的恐怖分子·川岛见面…被推下水投入炸弹生死未卜，而另一方面，桐谷健太发现了机器人不是黎士的秘密并向麻阳询问……桐生贵志临走前让麻阳来取留给沫岛黎士的牛肉，谁知枪声响起，桐生贵志竟是被派来的暗杀者同时也是安堂以前给了安堂味觉的伙伴，但是失去了记忆，机器人表示不想和他作战，但系统自动启动...机器人.把沫岛黎士的婚戒交给麻阳，麻阳再一次感到眼前这个机器人是有感情的，邀请一起来吃早饭并给了他名字……

　　负责修理Lloyd的小药丸因对Lloyd和麻阳的关系心生嫉妒而拒绝帮Lloyd修理。小药丸趁Lloyd全身不能动的时候欲消除其记忆进行初始化，Lloyd在与麻阳的接触中对其感情不断升温。麻阳带给Lloyd的安心感，Lloyd为了留住二人的回忆不惜拒绝修理，甚至影响到了任务的执行。随后，赶去救麻阳的Lloyd甚至无法启动战斗模式阿修罗系统，安堂面临最大的危机。二人对阵黎士喜欢的游戏——象棋。麻阳给Lloyd讲述和黎士的回忆，气氛温馨融洽，感情和战斗系统二者只能选其一，遍体鳞伤，随着对麻阳的感情萌芽，Lloyd的身体发生异变，但他仍毫不迟疑奔向麻阳身边，继续守护着她，二人关系密切会阻碍Lloyd执行最重要的任务——「守护」吗

　　没有了小药丸的Lloyd独自处理伤口，发现了苇母在麻阳门前……此时麻阳的母亲打来电话说自己生病了想看到麻阳和黎士的婚礼，麻阳只好请求Lloyd一起去拍结婚照，一直被麻阳妈妈和麻阳叫黎士的Lloyd，产生了嫉妒的心理，离开了拍照现场也没有回到麻阳家里，麻阳回到家四处找不到Lloyd，给七濑打了电话…Lloyd与暗杀者打斗，暗杀者称自己有家人，Lloyd放走了他，苇母问Lloyd究竟是谁举起枪，而Lloyd想起麻阳说过杀了他他女儿会伤心，便暗暗地受抢了，此时麻阳被暗杀者追杀，Lloyd赶到……敌人破坏了黎士的系统，所以Lloyd已经没有委托人了，但LIoyd有了自我意识，强行执行了原子还原处理，可惜因自己受伤过重被强行初始化……

　　洛依德以自己的意识，为保护麻阳而战，因受到致命的损毁而无法动弹。就在此时，刑警苇母竟现身协助，让麻阳十分惊讶。麻阳为了修理洛依德，连络黎士的妹妹七濑，但七濑却冷漠以对。苇母建议可以找星帮忙...

　　麻阳将无法动弹的洛依德藏在家中，而SIT则决定强行攻坚，就在千钧一发之际，洛依德恢复意识救了麻阳。正当麻阳为洛依德恢复系统运作而开心不已，却发现洛依德失去所有记忆，回到一开始执行保护任务的冰冷机器人...

　　七濑因为多重人格而住院。此时谜一般的美女高中生出现在病房，并唆使七濑，结果七濑变身凶暴人格，打伤医疗人员逃亡。正当麻阳等人分头去找七濑，却遭到暗杀者的袭击。洛依德为了保护麻阳，启动阿修罗系统，未料这次的暗杀者比以前更加升级...。

　　七濑的凶恶人格「沫嶋黎子」所创造出的谜样美少女「ARX IX−THE LAST QUEEN」），为了实现自己的野心，陆续袭击麻阳的同伴七濑、苇母、星等人。为了阻止LQ，洛依德挺身而出。面对史上最强的LQ，连阿修罗系统都无法启动的洛依德，该如何迎战？