La nueva temporada comienza unos minutos después de que Patrick Jane dispare a Red John en medio de un concurrido centro comercial. Un hecho que lleva a Patrick Jane directo a la sala de interrogatorios. A pesar de poder enfrentarse a la cárcel, Patrick Jane se muestra calmado y sereno; después de todo, ha acabado por fin con la vida de su principal enemigo. Pero las pruebas no consiguen demostrar que el hombre a quien disparó sea el auténtico Red John. El móvil con el que el asesino habló con O'Laughlin y la pistola que utilizó para amenazar a Patrick Jane han desaparecido de la escena del crimen. Además, el supuesto Red John resulta ser un respetado hombre de negocios con muchas influencias. Finalmente, Pratrick Jane acaba entre rejas. Con todo el equipo del BIC suspendido por sus acciones, Patrick Jane debe encontrar una manera de salir de la cárcel y demostrar que el hombre al que disparó era el verdadero Red John.