Entrez dans un monde où s'est déroulée une guerre à grande échelle entre samouraïs et bandits mécanisées connus sous le nom de Nobuseri. Les samouraïs ont mené une bataille perdue d'avance et se sont retirés. La guerre se termina par une paix fragile. Maintenant, les Nobuseri tourmentent un petit village en prenant toute leur nourriture et des fournitures de temps à autre. La tâche de la défense est donné à une prêtresse de l'eau, Kirara Mikumari, sa soeur Komachi, et son ami Rikichi. Les trois agriculteurs doivent trouver des samouraïs pour les aider à repousser les Nobuseri. Mais, peuvent-ils trouver des samouraïs qui les aideraient gratuitement ? Et combien de temps ont-ils avant le retour des Nobuseri ?

Lorsque Ukyo, le fils de l'empereur, kidnappe Kirara, c'est à Rikichi et Komachi que revient la charge de la sauver. Ils recrutent le jeune aux cheveux verts Katsushiro ainsi que le grand samouraï mécanisé Kikuchiyo. Mais ces samouraïs sont-ils assez forts pour battre les gardes du corps de Ukyo?

Après le sauvetage de Kirara, Kambei décide de les aider étant le premier samouraï recruté. Pendant ce temps, Katsushiro et Kikuchiyo commencent à se diriger vers la base. Ils rencontrent Gorobei, un amuseur de rue. Il demande à Katsushiro de jouer à son jeu de flèches. Si Katsushiro gagne, Gorobei se retrouvera mort. Dans le même temps, Ayamaro, le père de Ukyo, envoie des assassins contre le samouraï Kambei.

Kambei et Gorobei renvoient facilement les assassins envoyés par Ayamaro. Irrité, Ayamaro décide alors d'envoyer ses propres gardes du corps, deux samouraïs qui lui sont fidèles. Est-ce que Kambei sera capable de vaincre Kyuzo qui manie deux épées ?

Kirara et le samouraï continuent à chercher de l'aide supplémentaire. Après de longues journées infructueuses, ils finissent par rencontrer un samouraï qui coupe du bois. Le samouraï est très habile à la fois à l'épée et avec les machines. Cependant, il n'a jamais tué un homme. Se joindra t-il à eux ? Pourra t-il rester fort au milieu de la bataille ?

Un homme, émissaire imperial, est assassiné et les samouraïs sont accusés puis capturés. Kambei et les autres doivent trouver un moyen de s'échapper. Peuvent-ils réussir sans aucune perte dans leurs rangs ?

Avec Ukyo à leurs trousses, Kambei et les autres rendent visite à son vieil ami Shichiroji dans une auberge de la ville de Kougakyo. Shichiroji leur montre un passage secret qu'ils peuvent utiliser pour s'échapper. Pourront-ils distancer Ukyo ? Est-ce que Shichiroji se joindra à eux ou restera t-il avec Yukino ? Et qu'est-il arrivé à Kikuchiyo ?

Le groupe se repose chez Honoka, une fille rencontrée qui travaille pour les gardiens. Lorsque les Nobuseri arrivent, les samouraïs décident de ne pas interférer dans leur commerce avec les gardiens. Cependant, Rikichi et Kikuchiyo ne sont pas de cet avis...

Suite à la capture de Kikuchiyo par les Nobuseri, Kambei trouve un moyen de le sauver. Malheureusement pour les autres samouraïs, les Nobuseri leur ont tendu une embuscade...

Avec les Nobuseri sur leurs traces, Kambei divise l'équipe en trois groupes. Chaque groupe prendra un chemin différent pour rejoindre le village de Kanna. Kambei fera équipe avec Kikuchiyo, Katsushiro et Komachi tandis que Gorobei, Heihachi et Rikichi prendront une autre route. Shichiroji, Kyuzo et Kirara prendront une troisième voie. Mais Kirara n'a toujours pas pleinement confiance en Kyuzo et ses intentions...

Les samouraïs arrivent au village de Kanna et constatent que la plupart des habitants semblent avoir disparus. Alors que Kambei devise avec le chef du village Kikuchiyo, il apprend que les femmes du village ont dû se cacher avec le riz. Il raconte cela aux autres samouraïs et ils décident de préparer le village pour la bataille à venir avec les Nobuseri. Mais un traître se cache au sein du village...

Après la découverte du traître, les samouraïs sont en désaccord sur son sort. Pendant ce temps, Katsushiro tente de faire face à ses sentiments concernant la première vie qu'il a prise. Plus tard, Kikuchiyo révèlera un secret étonnant.

La bataille commence ! Alors que les Nobuseri approchent du village, les samouraïs terminent les derniers préparatifs. Seront-ils prêts à temps ? La première vague de bandits sera t-elle repoussée ?

Ukyo est informé de tout, y compris de la bataille que livre les Nobuseri au village de Kanna. Pendant ce temps, les samouraïs poursuivent avec leur tentative pour se faufiler dans le navire ennemi. Est-ce que leur plan pour sauver le village de Kanna va réussir ?

Après avoir vaincu le navire Nobuseri, les samouraïs retournent au village et se préparent pour leur prochaine bataille contre les bandits. Alors que tout le monde se prépare, Heihachi a un tête à tête avec Katsushiro. Ailleurs, Kambei et Shichiroji font de même. Combien de temps la paix durera ?

Les samouraïs se préparent à la prochaine attaque des Nobusari qui sont désespérés suite à la perte de leur navire. Lorsque l'attaque commence enfin, l'un des sept livrera son dernier combat...

Avec un des sept samouraïs mort et deux partis, Katsushiro Kikuchiyo reviennent sur les événements et les expériences passées avec le groupe en se demandant ce qu'ils doivent faire ensuite.

Kambei rencontre les gardiens et affirme qu'il a tué l'émissaire Amanushi dans la maison de Ayamoro. Kambei se fait ramener à la capitale en tant que prisonnier. Voilà le plan pour sauver les femmes kidnappées par les Nobuseri.

Alors que Katsushiro, Kikuchiyo, Kirara et Komachi ont l'intention de sauver Kambei des Amanushi, Ukyo est choisi comme le successeur des Amanushi avec une découverte choquante. Encore plus choquant est ce qu'il se prépare à faire !

Avec Ukyo comme le nouveau Amanushi, son plan commence à se révéler. Il met des samouraïs dans chaque village de l'empire et leur ordonne de suivre le modèle des «sept du village de Kanna". Pendant ce temps, il ordonne aux Nobuseri de poursuivre leurs raids, mais confie secrètement à Tessai qu'il envisage de les éliminer. Kambei attend son exécution mais a t-il un plan ? Par ailleurs, Katsushiro et les autres se dirigent vers la capitale.

Kambei parvient à dominer son bourreau devant la foule mais est rapidement dissuadé de toute autre action lorsque Ukyo annonce qu'il pardonne aux samouraïs et qu'il libére les femmes kidnappés. Cela se produit au moment où Katsushiro arrive pour sauver Kambei. Quel est le plan de Ukyo?

Les samouraïs commencent à se diviser encore plus suite au départ de Katsushiro. Les choses empirent quand Ayamaro informe tout le monde du plan de Ukyo. Quel sera le prochain plan d'action des cinq samouraïs restant ?

Katsushiro et les villageois de Kanna se préparent pour la bataille à venir. Kambei et les autres organisent un moyen de parvenir à la capitale. La bataille finale est proche !

Kambei et les autres arrivent juste à temps. Après un assaut frontal sur la capitale, les samouraïs réussissent à pénétrer à l'intérieur. Seront-ils capables de tuer Ukyo? Ou ne seront-ils même pas en mesure de l'atteindre ? Pendant ce temps, Katsushiro et Heihachi pensent à détruire la capitale. Vont-ils réussir ?

La bataille finale a lieu et seuls quatre samouraïs restent ! Est-ce qu'ils vivront assez longtemps pour voir la fin de la bataille ? Est-ce que Ukyo sera finalement tué ? Est-ce que la capitale sera arrêtée ou le village de Kanna détruit ?