공원에서 란카, 셰릴과 재회한 알토. 하지만 프론티어는 다시 바즈라의 습격을 받고, 세 사람은 곧바로 대피호로 피했다가 그 안에 갇혀버리고 만다. 오즈마가 이끄는 S.M.S가 바즈라를 격퇴한 덕분에 구출되는 알토 일행. 하지만 전투 도중 오즈마가 다친 걸 알게 된 란카는….
알토 앞에 다시 나타난 셰릴은 잃어버린 귀걸이를 찾아야 한다며 마크로스 프론티어 내부를 안내하라고 명령한다. 한편 가수가 되려는 꿈을 오빠 오즈마가 막으려 하자, 란카는 화가 나서 집을 뛰쳐나온다. 미호시 고교 정문에서 알토를 기다리던 란카는, 그녀를 찾으라는 오즈마의 명령을 받은 미셸과 만나고….
갤럭시 선단의 살아남은 함선들을 구출하기 위해 나선 알토 일행은 바즈라를 손쉽게 격파해 나간다. 하지만 그런 그들 앞에 바즈라의 거대 항모가 나타나, 알토의 후배 루카가 타고 있던 기체를 집어삼킨다. 루카를 구출하기 위해 적 항모에 잠입한 알토는 그곳에서 수수께끼의 발키리 ‘VF-27’과 마주치는데….
적도 여자도, 목표로 한 사냥감은 일발필중을 자랑하는 미셸이 전투 중 실수를 저질러서 알토가 맞을 뻔하게 된다. 귀함 후, 그 오발을 둘러싼 알토와 미셸의 주먹다짐이 벌어진다. 이들의 싸움을 지켜보던 S.M.S 픽시 소대 소속 클란은 알토에게 미셸의 슬픈 과거를 말해주는데….
위문 공연 차 행성 갈리아 4에 도착한 셰릴과 알토. 하지만 셰릴의 컨디션 난조로 공연이 중지되고, 이에 불만을 품은 젠트라디인들의 폭동이 발생해, 알토 일행은 인질로 붙잡힌다. 한편 마크로스 프론티어에서는 첫 공연을 앞두고 긴장한 란카를, 나나세, 미셸, 루카가 격려해 주는데….
바즈라에 대한 프론티어 사람들의 증오가 단숨에 끓어오른다. 알토와 루카 역시 자신들의 감정을 주체 못하고 신형 무기를 이용해 바즈라를 전멸시킬 생각만 한다. 하지만 미시마의 음모를 파헤치던 오즈마는 진정한 적이 무엇인지 깨닫기 시작한다. 그리고 셰릴은 과거와는 달라진 기분으로 다시 노래한다.
프론티어 선단 내 자원이 마침내 바닥나기 시작한다. 식량은 배급제가 됐고, 산소 농도는 점점 떨어진다. 그런 가운데 알토는 V형 감염증을 앓고 있는 셰릴에게 손수 만든 요리를 대접하면서, 잠시 평온한 시간을 보낸다. 하지만 그 직후 알토는 빌러와 미시마한테서 바즈라의 생태와 란카 노래의 비밀에 대해 듣는데....
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