Hollywoodstar Halle Berry brilliert in ihrer ersten Serienhauptrolle als Astronautin, die nach einer 13-monatigen Weltraummission wieder zur Erde zurückkehrt. Noch ahnt niemand, dass Mollys Schicksal die gesamte Menschheit beeinflussen wird. Dr. Molly Woods hat für die ISEA an einer wissenschaftliche Mission auf einer Weltraumaußenstation gearbeitet. Nach 13 langen Monaten alleine im Alls, ist sie nun wieder mit ihrem Mann John und ihrem Sohn Ethan vereint. Molly muss sich jedoch erst wieder an ihr Leben auf der Erde gewöhnen. Bei ihrer Abschlussuntersuchung stellt ihre Freundin Sam fest, dass Molly schwanger ist. Was jedoch völlig unmöglich ist, da sie die ganze Zeit alleine auf der Mission war.

John zieht mit seinem Team in das neu eingerichtete Labor, das Yasumoto gesponsert hat. Alle sind von der technischen Ausstattung und den damit verbundenen Möglichkeiten begeistert. Inzwischen vertraut sich Molly ihrer Freundin an. Sie erzählt von ihrem Blackout im Weltall und, dass sie eine Begegnung mit ihrem Kollegen Harmon Kryger hatte, der laut ISEA angeblich tot sei. Kryger habe sie gewarnt, absolut niemandem zu vertrauen, schon gar nicht der Firma.

Ethan hat seinen ersten Schultag. Alles scheint gut zu laufen, bis die Eltern seiner Mitschüler misstrauisch werden. Sie haben Angst, dass Ethan ihren Kindern etwas antun könnte und wollen ihn der Schule verweisen lassen. John und Molly versuchen die Eltern umzustimmen. Auch Julie hat Bedenken wegen Ethans Schuleintritt. Außerdem versucht Molly, von Kryger weitere Informationen zu bekommen. Sie fährt zu seinem Wohnwagen, trifft dort aber niemanden an. Ein seltames Symbol an der Wand des Wohnwagens macht Molly stutzig.

Durch Sams Warnung ist es den Woods gelungen zu flüchten. Gegen Mollys Bedenken hat John auch Ethan mitgenommen. Bei Mollys Vater wollen sie untertauchen und Mollys altes Büro nutzen, um ein paar Tests durchzuführen. Mollys Verhältnis zu ihrem Vater ist belastet, da er früher Alkoholiker war. Die Woods ahnen jedoch nicht, dass die Agency ihnen auf die Fersen ist. Inzwischen wird Sam gegen ihren Willen festgehalten und von Alvin erpresst.

Die neuen Testergebnisse zeigen Mollys Schwangerschaft nicht an. John ist verwirrt, er weiß nicht, ob er den Aussagen seiner Frau noch trauen kann. Molly und John sind so mit ihren Problemen beschäftigt, dass sie kaum noch Zeit für Ethan haben. Bis dieser plötzlich an einer mysteriösen Krankheit leidet. John weiß zunächst nicht, wie er Ethan helfen soll.

Zu Johns und Mollys Überraschung hat Ethan erstmals einen Alptraum gehabt. John ist überrascht, denn eigentlich ist Ethan darauf nicht programmiert worden. Zur weiteren Überprüfung nimmt er Ethan mit ins Labor. Inzwischen will Molly herausfinden, warum Sam sie so belogen hat. Molly entschuldigt sich bei Sam und versteckt einen Sender bei ihr, mit dem sie alle Gespräche abhören kann. Und Kryger ist es gelungen, Gordons Fingerabdrücke zu stehlen. So gelangt er unbemerkt in den Serverraum der ISEA, um brisante Daten zu stehlen.

Nach seiner Krankheit darf Ethan endlich wieder in die Schule. John ist verblüfft, als er Ethan mit zwei Mädchen japanisch reden hört. Als Yasumoto davon erfährt, will er sich persönlich davon überzeugen und lädt die Woods zu einem Abendessen ein. Inzwischen versucht Gordon Kern von Kryger zu erfahren, wo das belastende Video geblieben ist. Und Molly will sich mit Derek Pearce treffen, um mehr über die Weltraummission zu erfahren. Doch sie kommt zu spät.

Ethan macht übermenschliche Fortschritte in seiner Entwicklung. John ist beunruhigt, und will ihm einen neuen Chip einsetzen. Doch er hat keinen Zugang mehr zu Ethans neuronalem Netz. Inzwischen wird Molly mit ihren Informationen für Yasumoto und Sparks immer mehr zur Gefahr. Deshalb wollen sie den „Nachkommen“ zu einem Alternativstandort verlegen. Kern, Kryger und Molly wollen dies nützen, um den „Nachkommen“ zu entführen. So weit kommt es aber nicht, da im Sicherheitstrakt alles aus den Rudern läuft.

Dem „Nachkommen“ ist es gelungen aus dem Brutkasten zu fliehen. Mit seinen Fähigkeiten macht er sich Sparks zu nutze. Dieser will seine anscheinend zum Leben erweckte Tochter Katie nicht verlieren. Er fährt mit Katie und dem „Nachkommen“ zu einem abgelegenen Campingplatz im Wald. Währenddessen macht sich John Sorgen um Molly. Er bittet Yasumoto um Hilfe. Dieser schlägt vor, dass Ethan vorerst bei ihm wohnen soll, bis sich die Dinge wieder geklärt haben.

Yasumoto ist wie Molly daran interessiert, den „Nachkommen“ zu finden. Deshalb soll Dr. Mason sie bei ihrer Suche unterstützen. Inzwischen hat Alan Sparks seine Frau Anya zum Campingplatz gerufen und präsentiert ihr die junge, wieder auferweckte Katie. Auch Kern und Kryger sind Sparks auf der Spur, durch Anyas Auto kommen sie Sparks Versteck immer näher. Und John wird gegenüber Yasumoto misstrauisch. Er sucht nach einem Weg, um Ethan hinaus zu schmuggeln.

Kryger hat den Angriff nicht überlebt. Sparks ist mit seiner Familie und dem „Nachkommen“ geflohen. Doch Molly und Kern sind Sparks weiter auf der Spur und finden ihn in einem Motel. Er ist allerdings alleine. Der „Nachkomme“ ist mit Anya und Katie verschwunden. Währenddessen erfährt John, dass Yasumoto ohne seine spezielle Medizin bald sterben muss. Und Odin, der sich Ethans Vertrauen erschlichen hat, will unbemerkt an seine Schaltkreise gelangen.

23 Monate nach ihrem angeblichen Tod auf der Weltraumstation Seraphim, gibt Katie ein Lebenszeichen von sich! Auf der Erde versucht inzwischen Molly von Sparks die Wahrheit zu erfahren. Obwohl sie ihm Bilder seiner toten Ehefrau Anya zeigt, schweigt Sparks. Er ist davon überzeugt, der „Nachkomme“ werde Anya zurückbringen. Und Odin vergrößert seinen Einfluss auf Ethan. Er suggeriert ihm, dass seine Eltern Ethan in Wirklichkeit gar nicht wollen. Ethan ist verwirrt, wem er von nun an glauben soll.

Um die Welt vor einer weiteren Infizierung zu retten, ist Molly zur Seraphim ins Weltall gereist. Dort trifft sie auf Katie, die sich sehr verändert hat. Währenddessen will John nachsehen, was Odin Ethans Schaltkreisen angetan hat. Doch dazu müsste er Ethan abschalten. Inzwischen hat es der „Nachkomme“ geschafft, in die ISEA einzudringen. Alle Menschen die mit ihm in Berührungen gekommen sind, wurden von ihm infiziert, damit er ihr Bewusstsein steuern kann.

Nach den letzten traumatischen Ereignissen sind sechs Monate vergangen. Molly lebt nun in einer psychiatrischen Klinik, um das Erlebte zu verarbeiten. Als sie aus den Nachrichten vom Tod einer Frau erfährt, die mit aufgeplatztem Bauch aufgefunden wurde, erinnert sie das nur zu gut, an ihre eigene mysteriöse Schwangerschaft. Sie will weiter nachforschen und beschließt deshalb, die Klinik zu verlassen. Bei ihrer Rechereche lernt sie den Cop JD Richter kennen, der eigentlich auf ihren Fall angesetzt wurde.

Molly und JD sind mitten in den Recherchen, um den mysteriösen Tod der kürzlich verstorbenen Frau aufzuklären. Sie stoßen auf eine weitere Schwangere, die unerklärliche, doch lebensbedrohliche Symptome aufweist. Molly nehmen die jüngsten Ereignisse so sehr mit, dass sie an ihrer geistigen Gesundheit zu zweifeln beginnt. Unterdessen leider Julie unter Ethans rebellischem Verhalten.

Die quälende Ungewissheit hat ein Ende: Molly erfährt, was wirklich mit ihrem Sohn geschehen ist. Unterdessen beschließt Julie, Ethans Gedächtnis zu löschen – mit ungeahnten Konsequenzen.

Sie tauchen unverhofft auf und machen Mollys Alltag zum Albtraum: Blackouts! Sie macht sich auf die Suche nach dem Grund für ihre Gedächtnislücken. In der Zwischenzeit hilft sie der Regierung, den DNA-Code der Sporen zu knacken.

Molly will gemeinsam mit JD die wahren Umstände für Johns Tod herausfinden. Obwohl JD nach den intensiven letzten Monaten Ruhe und einen geregelten Alltag braucht, bietet er Molly seine Hilfe an. Mithilfe eines ehemaligen Mitstreiters namens Ray, findet er heraus, dass John im Auftrag der Regierung ermordet wurde. Unterdessen stellt Molly erschrocken fest, dass ihr Sohn Ethan umprogrammiert wurde und nun Julie als seine Mutter annimmt.

Molly driftet immer mehr von ihrer eigenen Persönlichkeit ab, ihr ganzes Wesen zieht in die Richtung ihres außerirdischen Sohnes. Sie hört Stimmen, hat unbändigen Hunger und ein starkes Verlangen nach Sex. Gemeinsam mit JD findet sie ihren Sohn Ahdu, der ihr erklärt, dass die außerirdische Spezies nichts Böses im Sinn hat, sondern friedlich mit den Erdenbürgern zusammenleben möchte. Molly traut seinen Worten jedoch nicht …

Julies Forschungslabor hat eine Armee von Kriegsrobotern in Menschengestalt hervorgebracht, die sich auf die Suche nach dem Camp der Außerirdischen machen sollen. Unterdessen vermittelt Molly zwischen der Regierung und den Außerirdischen. Dafür gibt es zwei Beweggründe: Wenn die Regierung das Virus gegen die „Fremden“ loslässt, wird auch Molly sterben. Außerdem glaubt sie daran, dass ein friedliches Zusammenleben zwischen Menschen und der fremden Spezies möglich ist.

Die Humanich-Armee macht sich auf den Weg, um das Versteck der Außerirdischen zu zerstören. Hinter dem Auftrag steckt Shepherd, der nicht an ein friedliches Zusammenleben zwischen Außerirdischen und Menschen glaubt. Während die Roboter viele Außerirdische töten, sorgt das freigelassene Virus für weitere Opfer unter der fremden Spezies. Auch Molly ist infiziert und ihre Verwandlung in einen Außerirdischen ist nicht aufzuhalten.

Es steht nicht gut um Molly. Shepherd und Nate versuchen zwar mit allen Mitteln, ihren Gesundheitszustand zu verbessern, doch nichts schlägt an. Molly wünscht sich, ihren Sohn Ethan noch einmal zu sehen, bevor es mit ihr zu Ende geht. Julie und Charlie programmieren den Roboterjungen daraufhin wieder zurück, so dass die Erinnerungen an die gemeinsame Zeit mit seiner Mutter wieder präsent sind.

Molly kämpft ums Überleben und wird von furchtbaren Albträumen geplagt. Schließlich gelingt ihr das Unfassbare: Sie kann sich durch eine Reaktivierung wieder ins Leben zurückholen. Nun versucht sie gemeinsam mit JD und Ethan, Terra von der Zerstörung des Virenraums abzuhalten, während Lucy Nate umbringt. Als Molly Terra ausfindig macht, ist sie gerade dabei, den Knopf zu drücken, der das Virus auf die Menschheit loslässt …

Lucys Verhalten wirft immer mehr Fragen auf. Sie berichtet Charlie und Julie, dass sie ihre Instruktionen von einer höheren Stelle erhält. Die beiden machen sich auf die Suche nach dem mysteriösen Auftraggeber und finden ihn in Calderon, einem ehemaligen Mitarbeiter von John, der aus dem Untergrund agiert. Sie beschließen, Lucy in eine Falle zu locken und ihre Programmierung zu löschen, doch die Humanichs-Frau ist zu schlau, um darauf hereinzufallen.

Um die Welt vor dem Untergang zu bewahren, müssen Molly, JD und Charlie Taalr infiltrieren und unschädlich machen. Dieser hat eine riesige Humanichs-Armee erschaffen, die er auf die Menschheit loslässt – bewaffnet mit dem tödlichen Virus. Molly überredet Fiona, sie im Kampf gegen Taalr zu unterstützen. Fiona zeigt vollen Einsatz und setzt dabei ihr eigenes Leben aufs Spiel …

Molly macht einen grausigen Fund: Ihr Freund JD ist tot, alle Reanimierungsversuche schlagen fehl. Sie beschließt, ihm eine Injektion mit ihrem Blut zu verabreichen. JD kommt tatsächlich wieder ins Leben zurück, läuft aber Gefahr, sich in einen Hybriden zu verwandeln. Im Kampf gegen Taalr begegnet Molly ihrer Humanich-Kopie, die sie kurzer Hand außer Gefecht setzen kann. Lucy wechselt die Seiten und unterstützt Charlie, Julie, Ethan und Molly im Kampf gegen Taalr.