A kardassziaiak Bajorról történt visszavonulása után a bolygó körül keringő egykori bányászállomás a Föderáció felügyelete alá kerül. Jöttüknek nem egyértelműen örül a bolygó lakossága, ám a bajoriak ősi vallásának papjai úgy vélik, az állomás Föderációs személyzetének élére kinevezett fiatal tiszt az, akire Bajor népe már hosszú ideje vár. Az új parancsnok azonban cseppet sem örül mindezen fejleményeknek, még azután sem, hogy alárendeltjei segítségével sikeresen megtalálja azt, amit a bajori legendák a Próféták lakhelyének, az Égi Szentélynek neveznek, és ami valójában egy, a galaxis távoli szegletébe vezető stabil féregjáratnak bizonyul.

A kardassziaiak Bajorról történt visszavonulása után a bolygó körül keringő egykori bányászállomás a Föderáció felügyelete alá kerül. Jöttüknek nem egyértelműen örül a bolygó lakossága, ám a bajoriak ősi vallásának papjai úgy vélik, az állomás Föderációs személyzetének élére kinevezett fiatal tiszt az, akire Bajor népe már hosszú ideje vár. Az új parancsnok azonban cseppet sem örül mindezen fejleményeknek, még azután sem, hogy alárendeltjei segítségével sikeresen megtalálja azt, amit a bajori legendák a Próféták lakhelyének, az Égi Szentélynek neveznek, és ami valójában egy, a galaxis távoli szegletébe vezető stabil féregjáratnak bizonyul.

Egy, a Gamma Kvadránsból az állomásra vetődött hajótörött gyilkossági ügybe keveredik. Sisko úgy dönt, ha sikerül megállapítaniuk, honnan érkezett, kiadják szülőbolygójának, mert valószínűnek tűnik, hogy ott is keresett bűnöző. Az idegen azonban nem csak ezzel hívja fel magára Odo figyelmét, ugyanis egy különleges nyaklánc van a birtokában, amiben mintha egy miniatűr alakváltó lény rejtőzne. A bűnöző hazakísérésére Odot jelölik ki, akinek dolgát a férfi azon állításai, melyek szerint tudja, hol élnek Odohoz hasonló lények, valamint a gyilkosság áldozatának bosszúszomjas ikertestvére nehezíti.

Sisko felajánlja az állomásra látogató Kai Opakának, hogy tesznek egy rövid kirándulást a Gamma Kvadránsban. Kevéssel azután, hogy megérkeznek, jeleket észlelnek egy ismeretlen naprendszerből, és mikor megpróbálják kideríteni eredetüket, egy idegen védelmi rendszer támadja meg, és kényszeríti földre a runaboutot. A kényszerleszállás során a Kai meghal, a túlélők pedig két, egymással régóta háborúban álló csoport között találják magukat, akiket különös 'átok' sújt: minden gyilkos csata után 'feltámadnak', hogy újra meg újra megvívják értelmetlen háborújukat.

O'Brien, miután visszatért egy biztonsági képzésről a paradaiak anyabolygóján, akik az állomáson akarnak megtartani egy hosszú háborúnak véget vető békekonferenciát, úgy érzi, mintha mindenki őt figyelné, nem bíznának benne. Arra kezd gyanakodni, hogy az állomás tisztikara valamiféle összeesküvésben vesz részt a paradaiak ellen, ám mikor nyomozni kezd, rá kell jönnie, hogy rajta kívül mindenki benne van a dologban. Végül megszökik az állomásról, hogy figyelmeztesse a paradaiakat, ám mint kiderül, azok kezdettől fogva tudtak mindenről.

O'Brien és Sisko egy ismeretlen földi kolóniára bukkannak egy lakatlannak vélt naprendszerben. Mikor lesugároztak, hogy körülnézzenek, az kell tapasztalniuk, hogy a felszerelésük, beleértve a kommunikátoraikat is, nem működnek, így nem tudnak felsugározni a hajójukra. A bolygón tíz éve kényszerleszállást végrehajtott hajó utasai is ugyanígy jártak, ám a túlélés érdekében ki kellett alakítaniuk egy, a technológiától független életmódot. Vezetőjük arra próbálja rávenni az újonnan érkezetteket, hogy hagyjanak fel a megmentés reményével, és csatlakozzanak végleg a közösséghez.

Egy fiatal trill jelölt érkezik az állomásra, azért, hogy Dax felmérhesse felkészültségét a szimbiótával történő egyesítésre. Arjin, aki arra számított, hogy Curzon Dax lesz a 'vizsgáztatója', kezdetben nem igazán tudja, hogy viszonyuljon Jadziához. A páros felderítőútra indul a Gamma Kvadránsba, ám nem sokáig időzhetnek ott, mert egy ütközést követően valami az űrkompjukra 'ragad'. Miután visszatértek az állomásra az ismeretlen lelettel, az váratlan növekedésnek indul és hamarosan az egész állomást veszélyezteti. Dax kideríti róla, hogy a különös objektum egy proto-univerzum, amelyből életre utaló jeleket is fog, így megsemmisítéséről szó sem lehet, vissza kell vinni oda, ahol találták.

A lányuk nélkül nyaralni induló O'Brienéket ijesztő meglepetés éri: egy kardassziai hajó tartóztatja fel őket, és Milest a vád ismertetése nélkül letartóztatják. Hamarosan kiderül, hogy a főmérnököt azzal vádolják, hogy foton robbanófejeket csempész a fegyvermentes övezetbe, amelyeket a kardassziaiak persze 'meg is találtak' a hajóján. Odo és Keiko Cardassiára utaznak, Sisko, és a többiek pedig az állomásról irányítva a nyomozást, igyekeznek tisztára mosni O'Brien nevét, ami a fölöttébb sajátos kardassziai igazságszolgáltatás miatt eleve esélytelennek tűnik.

Sisko, Jake, Nog és a csapathoz kéretlenül csatlakozott Quark tanulmányi kirándulásra indulnak a Gamma Kvadránsba. Eleinte minden rendben levőnek tűnik, leszámítva Quark folyamatos panaszáradatát, ám egy este egy ismeretlen fajba tartozó, menekülő nő esik be a táborukba. A jövevényt néhány fegyveres követi, akik nem csak őt, de Siskot és Quarkot is magukkal viszik. Jake és Nog, akik épp nem voltak a táborban, mikor az eset történt, megpróbálnak az eltűntek nyomára bukkanni, de mivel a fegyveresekkel nem tudnák felvenni a harcot, inkább a segélykérés mellett döntenek, és elindulnak hazafelé az űrkomppal. Félúton találkoznak a megmentésükre küldött hajókkal, és miközben sikerül kimenekíteniük Siskot, Quarkot és az idegent a bolygóról, akik eközben egyébként megszöktek a közvetlen fogságból, a Gamma Kvadráns titokzatos urai, a Domínium, eléggé egyértelműen tesz tanúbizonyságot szándékait illetően: jem'hadarnak nevezett harcosaik egy öngyilkos akcióval megsemmisítik a küldetést vezető USS Odysseyt.

Stardate: 48213.1. Odo has found his home and is introduced. Meanwhile Sisko finds out peace talks between the Dominion and the Federation have already started.

Stardate: 48467.3. Thomas Riker, impersonating Will Riker, steals the Defiant in order to fight with the Maquis. Sisko assist Gul Dukat on Cardassia Prime in stopping the ship entering Cardassian territory.

Stardate: 48521.5. After chasing a fugitive into a cave, Kira gets stuck and is slowly encapsulated by a growing crystal stone while Odo tries to figure out how to free her.

Stardate: Unknown. Dax asks the crew to join her Zhian'tara ritual. The memories of her former hosts will take over their bodies. Nog is preparing for Starfleet Academy.

Stardate: 48959.1. The Defiant is off to show the Federation's presence to the new Tzenkethi government. While underway the ship malfunctions and Bashir is suspected of sabotage.

Stardate: Unknown. Melanie, an aspiring writer, wants to know why Jake Sisko stopped writing at 40. Jake tells how his father died in an accident and then suddenly reappeared.

Stardate: Unknown. An alien entity has possessed Keiko's body and is holding it hostage until O'Brien completes an assignment for it.

Stardate: Unknown. Driven to desperation by the Dominion, the Maquis launch a massive bio-weapons strike towards Cardassia. Sisko must trust the traitor Eddington to try to stop them.

Stardate: 51825.4. Jake and Nog's runabout comes under attack from the Jem'Hadar. They are rescued by the Valiant, a ship manned by Red Squad, a elite group of young Starfleet cadets.

Stardate: 52576.2. When the ship Worf was serving on is attacked in battle and all search efforts are abandoned, Ezri takes a runabout in search of him against Sisko's orders. Meanwhile, Sisko proposes to Cassidy Yates.

Stardate: 52861.3. Odo begins his recovery from the deadly disease as Dr. Bashir informs him of Section 31's intentions of wiping out his race. A resistance mission goes bad for Kira and Garak and they end up hiding in the basement of the house that Garak grew up in, where they learned that Legate Damar has apparently become a casualty of war, despite him also hiding with them. Quark is chosen by the Grand Nagas as his successor upon his impending retirement to Risa.